Basic Information

Symbol
PCMT1
RNA class
mRNA
Alias
Protein-L-Isoaspartate (D-Aspartate) O-Methyltransferase Protein-L-Isoaspartate(D-Aspartate) O-Methyltransferase Protein L-Isoaspartyl/D-Aspartyl Methyltransferase L-Isoaspartyl Protein Carboxyl Methyltransferase Protein-Beta-Aspartate Methyltransferase EC 2.1.1.77 PIMT Epididymis Secretory Sperm Binding Protein EC 2.1.1
Location (GRCh38)
6:149749431-149811421
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001360452.2
Sequence length
1686.0 nt
GC content
0.4205

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-496.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -529.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 495.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001252049.1 NCBI
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCA… 1704 nt 0.4266
NM_001252050.1 NCBI
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCA… 1646 nt 0.4265
NM_001252051.1 NCBI
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCA… 1646 nt 0.4283
NM_001252052.1 NCBI
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCA… 1599 nt 0.4271
NM_001252053.1 NCBI
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCA… 1065 nt 0.4779
NM_001360452.2 NCBI
GCAGUGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCAGUAACAGCGGCAGCUACAGCGG… 1686 nt 0.4205
NM_001360456.1 NCBI
GCAGUGGCGGCAGCGGCGGCGACGGCAGUAACAGCGGCAGCUACAGCGG… 1657 nt 0.4170
NM_005389.2 NCBI
GCGGCGUCACAGAGCGCAUGCGUGCCGCGGGGGAUGCCGGGAGCGCGCA… 1751 nt 0.4260
Summary

This gene encodes a member of the type II class of protein carboxyl methyltransferase enzymes. The encoded enzyme plays a role in protein repair by recognizing and converting D-aspartyl and L-isoaspartyl residues resulting from spontaneous deamidation back to the normal L-aspartyl form. The encoded protein may play a protective role in the pathogenesis of Alzheimer's disease, and single nucleotide polymorphisms in this gene have been associated with spina bifida and premature ovarian failure. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PCMT1 gene, identified as an overlapping differentially expressed gene from a microarray study on proximal chromosome 10, was overexpressed in the methamphetamine high drinking (MAHDR) line compared to the low drinking (MALDR) line in the ventral midbrain [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155]. In rats, the PCMT1 was significantly altered in expression in liver tissue on day 1 following a 20% total body surface area burn injury [Jayaraman et al. DOI:10.1016/j.jss.2007.05.025].