Basic Information

Symbol
ASAP1
RNA class
mRNA
Alias
ArfGAP With SH3 Domain, Ankyrin Repeat And PH Domain 1 KIAA1249 CENTB4 ZG14P DDEF1 PAP 130 KDa Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate-Dependent ARF1 GTPase-Activating Protein Arf-GAP With SH3 Domain, ANK Repeat And PH Domain-Containing Protein 1 ADP-Ribosylation Factor-Directed GTPase-Activating Protein 1 Development And Differentiation-Enhancing Factor 1 ARF GTPase-Activating Protein 1 PIP2-Dependent ARF1 GAP Centaurin, Beta 4 DEF-1 PAG2 130 KDa Phosphatidylinositol 4,5-Biphosphate-Dependent ARF1 GTPase-Activating Protein Development And Differentiation Enhancing Factor 1 Differentiation-Enhancing Factor 1 AMAP1
Location (GRCh38)
8:130052104-130443762
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018482.4
Sequence length
6259.0 nt
GC content
0.4437

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1699.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1818.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1715.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...(((........)))((((((((((((((((((..(((((.(((((.((.(((..((.(((.((((((((((.((((((.(((.((((....(((.....)))....)))).))).))))))))))))..)))).)))...))..))).)).)).))).)).)))...))))..(((...((.((((((((...(((((((((((((.(((((.(((((.(((..((((((((.(((((((......(((.(((..(((......((.....))(((((......)))))))).))))))..))))))))))))))).))))))))..))))).)))).))))).......(((..((...((((((........(((((((((....))))).....))))......)))))))).)))((((........))))(((((.(((((.....)))))..).))))....................(((((((.(.(((.((...............)).))).).))))))).((.(((((.((..((((.......))))..))))))).)))))).)))).(((((...(((((((.(((((.(..((....(((..((..((((.(..(((((..((((((.((((.((.....((.(((((...((((.((((((((......(((...)))..)))))))).))))))))).))....)).......)))).)))))).))))).).)).))..))..)))....))..).)))))...)))))))..)))))......))))))..)))..............)))))))))..)))))......(((((...(((((......)))))..))))).((((....)))).((((((....))))))......))))).......((.(((((.((((.(((((.....((((((.......(((((..........(((((((....))))))).(((((....)))))..(((((((..((((((((((....(((.((((((...)))))).))).....((((((.(((......((..((((((((((...............((((((.(((...((((.((((((......))))..)).)))).)))))))))((((((((....((.((..(((((((((((((...(((((((((((((..((((.((((((............(((.((..((......((((((..(((.(((.((((((.(..((((((........)))).))...((((..........)))).........)))))))))))))..)))))).......))..)).)))..........((((((((.(((((.........................))))))))))))).))))))....((((((.((.......((((..(((.(((((......((((((........)))))).(((((((.(((...)))..(((((....(((((((((((........((((((.((((.(((.(((....))))))(((.((((...)))).))))))).))))))....(((((((((((((((((..(((......)))....(((.(((...(((...(((.(((.......((((((((.(((.........))).))))..((((........))))...(((((((.....(((((((((..((((((((((((..(((((....)))))....))))).(((............)))..(((((..........((((((((.(((((((((.((........))..))))))))).....(((.(((((((((((((((((...))))))))))....(((((..(((...............))))))))((..........))))))))).)))(((......))).......))))))))((((...(((((.....(((((((.....(((((((((((((((((.(.((.(((...((((.(((((.......((((((..((((.(((((((((.((..((((((.((.......(((((((...(((((...((((.((((.(((((((..(((.(((.((((((((((.....)))))))...(((.((((((..((((((((((((((.(((..((((.(.(((.((....)).))).).))).)....)))))).))....)).))))).))..)))).)).))).))).))).))).)))))))))))...))))....))))).))).))))(((((.((.....)).))))).......)))))))).)))))))).))).)))).)))))))))))................)))).))).)))))).))))........)))))))))).....)))))))....((((((.......(((((...)))))........((((((((((((.......((((((.....))))))...........(((((..((((....))))..))).))..............((..((((((.........))))))..))..((((((((..((((.....((((...((((.............(((..(((.........)))..))).............)))).))))..(((.....((....))......)))..........)))).)))).(((((........)))))...........))))..)))))))))))).....))))))))))).)))).......(((((.......)))))))))).........((((((..(((.......)))...)))))).))))))))))))))))))))))).............(((((.(((.(((..............))).))).....)))))..))))))).))).)))..)))...))).......(((((....)))))..)))))).....(((((((((.((..((((((((..(((..(((((......((..((((((...))))))..))....)))))((((..((.((((((.........)))))).................))..))))...((((.((((...........((..((......))..)).....(((((((((....((....))...)))))).)))(((((((.....((.(((((.....(((((((((((((....((.((((.......((((........))))(((.((.(((....))))))))...................)))).))..)))))))(((((.(.((..........((((((....................)))))).........)).)))))).(((((.....))))).((((..(((((((.(((..((((((..((((.(((.((....)))))))))...))))))((.((((((.((((.(((((((((......)))))..(((((((((..(((.(((((......))))).))))))))))))......))))))))..)).((((.(((((............(((((...(((((((((((..((((.(((((............))))))))).)))))......(((.(..((((((.....)))).))..).))).......)))))))))))...))))).)))).....)))).))))).)))))))....))))..))))))))))).))....((((.(((.....))).))))...((((....))))...........)))))))....((((........))))..............))))..))))..)))..)))))))......)..)))))))))))....(((((..(((.(((((......))))).)))..)))))(((((.............)))))....(((.......)))...))))))))))))))))))))))....)))))..)))))))((((......)))).))))).)))))))........))))))))...(((......)))......(((((((((((((...((.(((((((((.(((......((((...........)))).....))).)))....)))))).))...))))(((((((.(((((((((.(((((.(((......))))))))....((((((....(((((......((.((((.(((.......(((.......(((.........))).....))).......))))))).)).......)))))..((((((((.((.((((((((.(((..(((((.(((..(((((.(((((........))))).....(((((...)))))....)))))..)))))))).................(((((..((((.......((((((......((((...))))....))))))......))))....)))))...((((((((((((...)))))).....((((((((...))))))))....(((.....)))))))))...))).))))))))..))...))))))))..........(((((((((...(((((...))))).))))))))).....((.((.(((((......))))).)).))......))))))(((((.....)))))..((((((((((((..(((......(((((((.(....((((((((((((((((.((((..........((((((((((((....(((........)))..))))))))).)))((((((((....((........))....))))))))...............))))..))))))).........(((((.((........)).)))))..)))))))))....).)))))))...(((((.....)))))..(((.((((((..(.((((.....((((((...))))))..((.((((((((((((((.((((((.((((((................(((((((((((.(((((.((.....))..)))))(((((((((((.((.((((....................((((........)))).........)))))).))))).))))))....))))))))))).(((.(((((.(((...))).))))).))).............(((((.(......))))))............)))))).))))))))))).))))))))).))...)))).)..)))))).)))((((......))))...))))))))))).))))(((((......)))))...((((((((..(((..((((((((((((((((.........))))).))(((((........)))))))))))))).)))...))))))))...............)))))))))...)).)))))..)))))))))))))....))))))))))).))............(((((((((((((..........(((((((((((((((((..((((...((((.(((((........))))).)))).))))..................(((.............))).......................)))))))))....))))))))(((....)))...((((((.((.(((.((((........))))...))))).))))))(((((........(((((..(((((((((((((((((.......)).))))))))))))))).))))))))))......((((........))))))))))))....)))))...........(((((((((.........((((((((....))))))))...(((((....(((((((............))))))))))))....)))))))))..))))))))))))).)).))....))))))))(((((...))))))))))....)))))..)).....))))))))).((((((.......))))))...............((((((.......))))))))))))))))))))))).))))).......))))))......(((((((((....))))))))).....))))))))).)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(({(,,,{((.,,,,,,.|||(((({((((((((({(((,,{{(((,((({{{((,(((,.((,(((.(((({(((((.((((((,{((.((((,,..(((,....}))...,)))).))).)))))}}))}||..||||,|,}...,),}))).)),)),)}},))}}),.,,)))).,((.......|||}||||,,.|||||((((((((.(((((,(((((.(((..((((((((.(((((((,,.{{.(((.((({,(({,,,,{{({.,.||}}||{{|....,}))}}}))).)))))},.))))))))))))))).))}))))}..))))).)))).))}},....||||{{..{{.{.((((((..,.....(((((((((....))))).....))))...,..)))))).).))}((({,,,.....}}}}(((({.(((((.....)))))..}.))))................,||,||{{{{{.(,({{.{,..,|,.......,,.}}.}}}.}.))))))}.||.{{|||,|{..,,,,....{{{|,|,..,,}})))}}}))}).}}}}{{{{||,..(((((((.(((((.,..,{{,..{{|,,{{..((((.,..(((((..((((((.((((.,,.....{{.(((((...((({.((((((((......{{{...)}}..)))))))).})))))))),||,,..,,..,}}},)))).)))))).))))).}.)).))..))..}}}....}},.}.)))))...)))))))..}}}},.,....}}|}|,,.}})}|,,.,,,......)))))))))..}))))......{{{{{..,{{{{{|,,,..})))),,)))),..{{|.,..,,,}.((((((....))))))......}}}}}....,}}||.(((((.((((.(((({.....{(((({.......((({{..,,......(((((((....))))))).(((((....)))))..(((((((..((((((((((...,(((.((((((...)))))).)))..,({{(((({,(((......((..((((((((((..,....,,......{(((((.(((...((((.(({(({......})))..)).)))).))))))))}((((((((....((.((..(((((((((((((,(((((((((((((((((((((.{((({{........{,,.(((,((..((......((((((..(((((((.((((((.,.{({{(((.....,,,},}},)},..,,||...,,.....(((.....}}}..,})))))))))))..)))))).......}|,,}}.|||,,{||.....((((((((.(((((......,,.........,,,.....))))))))))))).}|||}|.,..|||,,({{{{{..,{,,{,{{,,..,}},,|......{(((((........)))))}||}||{.{,||,{,{{{((((((,,..,.{((((({...{((.,....,,,,,|..||,}||.,{}|}}}},}))))}|{}||,{,..,,||{||||||,,||||}|{.{{{|,{{{{{{,(((,..,,..||}...}})}|,{|||,,{{(((,{.({.,,{{{{{|||||,,,,||{..{{(|({(|,....,|||}},}}}},.||||}}}}...,))}}...(((((((.....(((((((((..(((((((..(((.{(((((....{{{{|..{{{.....(((..,.........))}.....}}}..}}}}}..((((((((.(((((((((.((........))..))))))))){{,..({{.(((((((((((((((((...))))))))))....(((((..(((....,.....,....)))))))){{..........}}))))))).))){{{......})}...,}}.)))))))).|,{,,..{(({.....(((((((.,,,,(((((((((((((((((.{.({.{({,..,{((,.(({.......{((((((..((((.(((((((({{((..(((((,{((.......{((((({...(((((...((((.(({{{(((((((..(((.(((.((((((((((.....)))))))...(((.((((((..(((((((((({(((.(((..((((.{.(((.{{....)).))).).))).)....)))))).),...|))}}}}}).))..)))).)).))).))).))).))).)))))))))))...))))....))))).))).))},(((((.((.....)).))))).......)))))))).)))})))).))).)))).)))))))|}||.,.......{{.,,.....,.,)).))}))).}))},...,,,,}))))))))).,...)))|||,..{{{,,,..|||...|||||..||}}}))}.}))))),.|||,.|||,........((((((.....))))))...........|,..,..}}})))},,,||........}}............{{..((((((.........))))))..||...,||((({.{({{{,..,,}}},..,}},......{{{{{{..(((..,,{........{|||..}}},,,,.........(((((((......((((((,,,,,({{,..,,{(.{,,,....,||}.........(((((........))))),,,,.......}}....}))))))))))}...}.)))))).....)))))))..,,.,,{{|.,.....})))))}||||...,}}}.((((((..(((.......)))...)))))).))))))))))))))))))))))).........{,..(((((.(((.(((....{{,...,,}.))).))).....)))))..}},,},..|,..,,|}}},}...........{{{({{{{,(({|(,,,,,,,{{{{,,,,{{||.|,{{|,||,{{...,,,..,,,..,|||{..,,,,{{..{,,,||}}.},}|||,.||,...|}|||,....}}}.((((((.........))))))..,{{,,..............,,,{,{,.....{{{,.........,.,|..((....,.},..,......(((((((((....{{....},...)))))).)))|{{..||||}.....,|}|,.,}},...,}}||||||{....||.|||{.,,....((((........)))}.||||,{((({{{(,,,{{.........,...},.))))..)))}.,,.,|}|||||{,,...{{{{...}))),,.|{{{{{....,,...,,,,...,,.,))))))..,,,,,..,))}}))}|{{{{.....}})}}.}}}||}}}}})}}).....,.{(((((..((((.(((.((....)))))))))...))))))},||||{{{|||{}||||{{||||||...(((((((..((((((((((((({,{((({(((,(({(({{{{{(({..{{{{{{,,..,...,,.|||,,.}}}},..||||{..,,,|||||{{|||.,.}}}|||(((({{,((((.(((((............))))))))){||||,..{{({,{{{{{{((((({,.({{{{{|.{{((((({.....(((((.((.((......(((((((((((((...{(,(.(({{..(((((((((......)))))))))}}.,)),...((((.(((.....))).))))...((((....))))...((((((((((((.{{.(((((((.,,.....,,,.............,}}|))}}}})},..((((((..{{{(........)))}...))))))..(((((..(((.(((((......))))).)))..)))))(((((..{......}.}.)))))....(((.......))}...{(((.(({{(((((....((.(((,...}))).))....)))))))).))))((((({..((((....}))).....)))))),...{{{..,,,,}||{||,..,,,....,}}))},,,},...)))))))))))).....((((...........)))).,,,.,.....,..,))...)))))))))))))..((((((((.......((((,,(((......)))))))))))))).)))).))))))).............{((,.....,,,.,,,..,|||||||,.,,|||||{|,..,)}),}}}}.,,.}}}||}|...,.,{(((((({{{..{(({(({,.((({{(({.,(({.(((({,{,,..,{||,.,,|||}.}},..,}}}}}.,.,,(((({...}))))....}}||||||,||||||...,,............{{{((..((((.......((((((.,,,..(({{..,)}}).,..))))))......))))..,,}}}||(((((({..,{,|||,,,||||},.....((((((((...))))))))....|||,,,,,)}}}))}}}....,}.}))))))}}}))}}|}}}}}}})}...,.,,..(((((((({...{{(((,..}}))),)))))))))...,,||,|,.{{|||,,,..,})))).})}))....,,|||},.{{{||,..,.}}}})..,{{|{{||||||,{{,.......{{{{{{{.{....{{{{{{||||||||||.||||,.........{{{(((((((((.....((,....,}},,,}.))))))))),)))|{||||{|,,|}||,.....,,))....}}}}}}},,,{{,..,{|{,...}}}},,||||}}|,{,,,,,,,(((((.((........)).))))}...}))))))).,,,),))})))}...(((((.....)))))..{((.{{{(((.,(.{{|(,,,,,(((((,..,||||||,.((.((((((((((((((.((((((.((((((...,{......,,,,,{((((((((({.(((((.((.....))..)))))(((((((((((.(,{((((....................(({{........}}}}...}}}...)))))).))))).))))))....}))))))))),.(((.(((((.(({...})).))))).))).............(((((.(......,))))),,,,})}}.},.)))))).))))))))))))))))))))).))...}}}},),,)))))),))){(((......)))}...,,,}))))})),))),{{{{{.,,,,,)))))}.,|(((((((..(((..((((((((((((((((.........))))).))(((((......,.)))))))))))))).)))...)))))))}.....,,,,,.......}}}}}}}..,)).))))))))))..))))))).,,,.||,.}}},}}),,}},.........,}{(((((((.........,)))}}}}}...............((((...((((.(((((........))))).)))).))))....,,}))}},,,)),)))},)))),,,...,,}),......,,.)))))))))))...{((((((((..((((({{{.{(((....)))}..((((((.((.(((.((((........))))...))))).))))))((({{....,...{((((..(((((((((((((((((.......)).))))))))))))))).))))}|||}|,,...,((({........)))).,}},}))}}}))))))..))))))))},,,,{((......}},..,(((((((....)))))))|...{((((.,,,{((((((.,.....,,,,.))))))}))))),,.)))))))}.,,,))))))))))))).)).))....))))))))|||||..,)})),)))))....)))))..)).....))))))))))|((({{.......}}||}},,.{{,,.,{{....,{|||{,,,,...))))},))))))))))))))))).})))).......)))))}......(((((((({....})))))))).....))))))))).)))))},..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001247996.2 NCBI
ACAUGGUCGCCCGCCCCUUCCUGCGCCGCGCUCGGCUCCCGCGCCUCGC… 6361 nt 0.4425
NM_001362924.1 NCBI
CCCUUCCUGCGCCGCGCUCGGCUCCCGCGCCUCGCCUGGCCUGGCCGCU… 6268 nt 0.4421
NM_001362925.2 NCBI
ACAUGGUCGCCCGCCCCUUCCUGCGCCGCGCUCGGCUCCCGCGCCUCGC… 6097 nt 0.4391
NM_001362926.2 NCBI
ACAUGGUCGCCCGCCCCUUCCUGCGCCGCGCUCGGCUCCCGCGCCUCGC… 6088 nt 0.4391
NM_018482.4 NCBI
ACAUGGUCGCCCGCCCCUUCCUGCGCCGCGCUCGGCUCCCGCGCCUCGC… 6259 nt 0.4437
Summary

This gene encodes an ADP-ribosylation factor (ARF) GTPase-activating protein. The GTPase-activating activity is stimulated by phosphatidylinositol 4,5-biphosphate (PIP2), and is greater towards ARF1 and ARF5, and lesser for ARF6. This gene maybe involved in regulation of membrane trafficking and cytoskeleton remodeling. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.