Basic Information

Symbol
PCYT2
RNA class
mRNA
Alias
Phosphate Cytidylyltransferase 2, Ethanolamine CTP:Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Phosphorylethanolamine Transferase ET Ethanolamine-Phosphate Cytidylyltransferase EC 2.7.7.14 Ethanolamine-Phosphate Cytidylyltransferase: EC 2.7.7 SPG82
Location (GRCh38)
17:81900958-81911461
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002861.5
Sequence length
5089.0 nt
GC content
0.6437

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2461.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2539.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1076.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((((((((((((.((((((((((..((((........(((((.(..((((((..((...))...))))))).)))))(((((((((...((((.((((((.((((..((((((((..(((........)))..)))))).))..))))((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((..(.......)..)))))))))).))))).(((((..(((...))).))))).((...((((.((((......((((((....))))))....((((((.((((((.((.((((.((.((.(((.((......))))).))))))))))........((((.((((((((((((.((((....((((((...))).))).....))))))))))......))))))...))))(((((((((......(((.(((((((..(((..((((((((((((((((.....((((((.(((((((.((((((..((.((..((((.(........)..))))..)).))..)))))).)))))))((.((((..((((...((((.(((((((.((...((..((((((((......(((...((((((.(.(((((((((.............))))))))).)...((((.....))))...(((((((....)))))))(((((.((..((((((.(((.((.(((.....((((((((((..((((((...(((((.((.(((((......).)).)))).))))).))))))..))))))))))(((((((((..((((........)))).(((((......)))))......((((((((((((((....))))))))).))))).)))))))))((....))....((((((.(.((((((.(((((.(((.(...((.((((((((((((((...(((..((.......((((((((...)))))))))))))...))))))))).((((........)))).......((((...))))...((((((..((..........((((((..((((((................))))))..))))))...............(((((((((......))).))))))))..))))))((((.(((((.((((.(((....(((((((.((.(.(((........)))).))...((((......))))))))))).))).)))))))))))))))))).)).)))).))))))))))).))))))).(((((((.(((..((((........((((.((((((((.......)))))))).))))....((.(((((........))))).)).(((((((((.((((....))))..))))))))).))))..))))))))))))).)).))).))))))..)).))))))))))).)))...(((((.((....)))))))......))))))))..))...)))))))))...)).))...)))).)))).))))))))....)))))).(((((((......(((((((((..((((....(((((....)))))))))..)))))))))(((((.....))))))))))))..)))))))))).......((((......))))..)))((((....))))......))))))).)))))))))))).))))))))))))(((....))))))).))))....)).)))))))..))........((((((...))))))....))))))).))))).....((((((((...))))))))(((......)))((...)).(((......))))))))).)))))))))))))..))))..))).)))).)))..).)).))))))))))))))))(((((((......((((((..(((((((.((((((((((((..(((((((((((.....)))))......(.(((.(((((........)))))))).)(((.(((((((....))))))).)))((((..((((((((((((((((...(((((...((((......)))).)))))..(((((((.....).)))))))))).)))))...)))))))...))))...((((((..(((.((((...)))).)))....)))))).......((((((.(((.(((..(((..((.(((((((.((((((...(((((((((((.((.(((.((....)))))..((((.(((((((((((((....)))))))))..)))).))))((((((((((.((((.(((.(..(((.(((........))).)))..).))))))).))).)))).))))).))))).))))))..)))))).))))))).))....((((((((.((((((.((((((.((.((((((.((....))..))))))...))))))))..))))))...)))).)))).(((((......)))))....)))..)))))).)))))))))))).......))))))))))))..))))))).....((((.(.(((((((((((((((((((((....)))))))))....)))))))))))).)))))((((((...(((.(((..((........))))))))((.((((((.........)))))).))......(((((((.((((((..((((((((((((.(((.((((....)))).......(((((.(((((((((..((((.....(((((...))))).)))).)))))))))))))).)))..)))))))).))))..))))))))).))))...)))))).((((.((((.((..((((((((((((((.((..((((((((.(((((((.(((...(((...((((...)))))))))).)))).))).))).))).))(((((((.((((..(((((....((((((..(((((....)))))..))))))....))))))))).))))))).((((......)))))))))))).....(((((((.(((((..............)))))....)))))))...))))))))...)).))))..)))).))))))...))))))).......(((.......)))((((((((((..((((((((((((.((.(((((((......))))).(((((((((((((((.((....))(((((((((((((((((((..((((((.((...((((((((..((((.((((((((.((((((....))))..((((((.(.(((.....)))))))))).(((((...(((.((((((......).))))).((..(((((((..(((((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((...(((...(((.((((((((.((((.(((((.((((.((((..((((((((((((....(((((((..(((((((.(.......(((((.(((((((((((((....))).))))((((.((((..((((((.....)))))).))))))))....))))))))))))))).)))).)))))))((((((.(((.(.....).)))))))))..((((((.((((((.((((((((((((.(((((((((((((.....)).)))))).)))))(((((((((.(((....(.(((.(((..(((((((.......)))).))).))).))).)..))).)))).))))))))).))))).)))..)))))).((((((.((((((..(((((.........)))))..)))))).....))))))...)))))))).))))))))))..))))))))((((.....))))..(((((((.((....)).))))))).(((((.((((.((..(((((((((((.((.(((((((.((((.((....(((((...(((((((((...............))).))))))..))))))).))))))))))))).).)))))))))).(((((((((((((.(((((.(((((..((((.....))))..)).))).)))))..(((..((((((((((((.(((((((.(.((((((((......))..((((((((.((((.(((....))).))))..))))))))..))))))).)))))))))))....(.(((.((.((((........)))).)).))))))))))))..)))...((....))))))))))).)))))))))).))))))))))))..(((((((((((.......)))...((((........))))))))))))....)).))))))))...))).)))))))))))))))...((((.(.(((((..((.....))..))))).).))))...((((((.(((((((((((..((..((((((((.((..............(((((...(((((..(((((((......))))))).)))))..((((.((((((((.(((....)))...))))))))))))..))))))).))))))))..))..))))..)))))))..)).))))(.(((((...))))).)..))).))))))))...))))))))))).((((.(((((......))))).((((((((.......))).))))))))).((((((((((...))))))....(((((......))))).)))).)))))..)))))))..)).)))...))))).)).))))..))))))))..))))))))..))))))))..))))))))))))))).)))))))).)))))))))))....(((((..(((((((...(((..(((((...(((...((...((((((((((..((...))..))))))))))))...)))....)))))..)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..((((((((.((((....((((...))))))))))))))))...)))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((((((((((((((((((.((((((((((..((((........,(((,{((((((((({{(({,.,,...))|||||{||}}}(((((((((.{{(((({(,(((,,,(((({((((((((..(((.{....},)))..)))))).))..,|||((((((((((((..,{{{|,,,(((((((.((((((((..(.......)..)))))))))).))))).,((((..(((...))}.))))|,,({(.,,,,}||,|......{{||||,,,,||||}|...,((((((.(,(((({(((((((.((,((.(((.((......}}))).)))))))).}........((((.((((((((((((.((((....((((({...})).)))..,,.))))))))))......))))))...)))){(((((,((..,,{.(,,,({,,((({{{{{..(((((((((,(((({{.,...|||{({.(((((((.(((({{.,{{.{(,,((((,,.,,,,,,,|,,}}||..}}.|}.,}}}}}).)))))})||,||{|,,||||...|||{.|||||||}{{..{(({{((,(,(((({.{{{(((...,,(((({(,(((,,,,||,,......)}}))),,))))))....}||||.}}}}))))...{((((({....))))))|(((((.((..((((((.(((.((.(((.....((((((((((..((((((...(((((.((.(((({......).)).)))).))))).))))))..))))))))))(((((((((..((((........)))).(((((......)))))......((((((((((((((....))))))))).))))).)))))))))((....))....((((((.(.((((((.(((((.(((.,...((.((((((((((((((...(((...,.......{(((((((...))))))))}))))...))))))))).((((........)))).......((({...})))..,((((((..((........{.((((((..((((((................))))))..)))))),.......,......(((((((((......)))}})))))))..))))))|(((.(((((.((((.(((....(((((((.((.,.(((..,,,,,.}))}.}},}.{{{{...,,,)))}))))))).))).))))))))))))}))))).)),}))).))))))))))).))))))).((((((,{(((..((((...,....((((.((((((((.......)))))))).))))...,{(.(((((........))))).)}.(((((((((.((({....))))..))))))))).))))..))))))))))))).)).))).))))))..)).)))))),})))})})...{(((,|((....))))))),..,},)))))))),,))..,)))))))))}}}}).||,.,|}}}.}))}.}}),)))),}}.,)))))}(((((((,.....(((((((((..((((....(((((....)))))))))..)))))))))(((({.....}))))))))))).}))))))))))}}..}}}))}}|||||}}.})|.|.}}))))}}.},}}......))))))).,|||||||||||{||,},||||||,(((....)))}},}.||||{{{,|{.},,})),}}}}}}......{(((({...))))))....}}},)))))),},||||}((((((((...))))))))|||}}}}},,,|(({..,,.|{|.,,...}},,))))}.}))))))))))))..))))..))).))))},))..).)).)))))))))))))))){((((((,.....((((((..(((((((.((((((((((((..((((({(((((.....))))}......(|(({.(((({...,,,..}|)))}}},}(((.(((((((....))))))).)))((((.{((((((((((((((((...(((((...((((......)))).)))))..(((((({.....}.)))))))))).)))))...))))))).}.)))),..((((((..(((.((({...}))).)))....))))))........,|||||{{...||||||,..,{.(((((((.((((((.,.(((((((((((.{{.(((.((....)))))..((((.(((((((((((((....))))))))}.,)))).))))((((((((((.((((,(,(,,..(((.(((........))).))).}).))})))).))).)))),})))}.))))),}))))),.)))))).))))))),||,...((((((((.((((((.((((((.((.((((((.((....))..))))))...})))))))..))))))...)))).)))),))}|{,,{(((((|,,,........,}}))).))))),}})))),},....))))))))))))..))))))).....(({{{(.(((((((((((((((((((((....)))))))))....)))))))))))).)))))((((({.,.(((.(((..((.,,....}))))))))((.((((((.........)))))).))....,.(((((((.((((((..((((((((((((.(((.((((....)))).......(((({,((((((((,..((((,,,.,{{{{{..,)))}).)))).}))))))))))))).)))..)))))))).))))..))))))))).)))).,,)))))}.((((.((((.((,.(((((((({(((((.({,.((((((((,(((((((.((({{,((,..,((({...))))},,}}}.)))).))),))).)}}.}}(((((((.((((..(((((.{..{(((((..(((((....)))))..))))))....))))))))).))))))).((((......)))).||||,,,.....{{||||,||||{,...||,}}}}}.},)))),..},)})))}},}.)))))))).,.)).))))..)))).)))))),..))})))},}},,..{{..{,,,,....((((((((((..((((((((((((.((.{,(((((......))))).(((((((((((((((.((....))(((((((((((((((((((..((((({{.(((.(((....))).))).}.((((((..(((((((,.((((,.((((((.(.{({...,.}}}|)))))).(((({.,((({{{{(({({{{.{{|{|,|||{(,.{(({...,}))}.,|))))),},)))),}}))|.}.,,}||{((((((((({,.{((...(((.((((((((.((((.(((((.((((.((((..((((((((((.......{,((((((.,.|(|,.....}}.}}((((((((((((((((((((((.(.((((.((((..(((((((((((((.((({({(((({|{(||.....)))),})))}).))||)|,..|)))).)).((((.(((.{.....).))))))))))))..))).).)))).).)))))))))))(((((((((((((.....))}))))))}}))))(((((((((.(((....(.(((.(((..(((((((.......)))).))).))).))).)..))).)))).)))))((((((.((({((((....)))).}.))).))))))((.(((((((....{....}..))))))).)).))))))))))),)))))).))))))))))..))))))))((((.....,,))}}(((((((.((....)).))))))).(((((.((({,((..(((((((((({.((.(((((((,((((.,({...{(({(,{,(({((({((.....,,.,,..,,,))}))}})})..))))}}}.))))))))))))).}.)))))))))).(((((((((((((.(((((.(((((..((((.....))))..)).))).)))))..{((..(((((((((((,{(((((((.(.((((((((......))..((((((((.((((.(((....))).))))..))))))))..))))))).)))))))))))....{.(((.{{.{(((........}}}}.}}.)))}))))))))..))},,.{{....))))))))))),}))))))))).))))))))))))..(((((((((((.......)))...((((......}.))))))))))))....)).))))))))...))).)))))))))))))})))))}))})))}}))))))).)))))}.(((((((..(((....(((((.(((((((((((..((..((((((({.((,,,..,.....}}.(((((.,,(((((..(((((((......))))))).))))).,|(((.((((((((.((,....,,..,.)))))))))))}..))))))).))))))))..))..))))..))))))).,(((((({,{(,,(({,.,,,}),},,}|((({{|{{{{,{..{||,|||,||.,.||.|||.|}}.,,,,||||.{{{||||{,.,...})))}))))))))))))))|(((((...)))))}....)))))....))).)))))))........{{..((((((.(((((..{.{{{{{.|.,,,...})))))}))))).)))))))).,)))))..))))))))))))))).)))))))).))))))))))),{,,{((((..{{{{(({.,.(({..{{{||...{|||||||||.((((((((((..((...))..)))))))))),,..,))),|{||}}}}..}))}}})))).}),},},)))))))))))))))))))))))).,||||{{{|,({{{,{{.{(((...|},,}))}))))))),...)))))..........................

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001184917.3 NCBI
GUCGCCGGGAGCUGCCAGGCUGUCCGCGCCGCCGCUGCGGGGCCAUGAU… 5143 nt 0.6438
NM_001256433.3 NCBI
GUCGCCGGGAGCUGCCAGGCUGUCCGCGCCGCCGCUGCGGGGCCAUGAU… 4927 nt 0.6464
NM_001256434.3 NCBI
GUCGCCGGGAGCUGCCAGGCUGUCCGCGCCGCCGCUGCGGGGCCAUGAU… 5141 nt 0.6438
NM_001256435.3 NCBI
GUCGCCGGGAGCUGCCAGGCUGUCCGCGCCGCCGCUGCGGGGCCAUGAU… 5373 nt 0.6438
NM_001282203.2 NCBI
GUUCUGGGUGGCGUCCUCGUCCGGCAUGGGCCGGGGCUGGCAGGCUGCG… 5515 nt 0.6450
NM_001282204.2 NCBI
GUUCUGGGUGGCGUCCUCGUCCGGCAUGGGCCGGGGCUGGCAGGCUGCG… 5231 nt 0.6450
NM_001330518.2 NCBI
GUCGCCGGGAGCUGCCAGGCUGUCCGCGCCGCCGCUGCGGGGCCAUGAU… 5023 nt 0.6448
NM_002861.5 NCBI
GUCGCCGGGAGCUGCCAGGCUGUCCGCGCCGCCGCUGCGGGGCCAUGAU… 5089 nt 0.6437
Summary

This gene encodes an enzyme that catalyzes the formation of CDP-ethanolamine from CTP and phosphoethanolamine in the Kennedy pathway of phospholipid synthesis. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.