Basic Information

Symbol
PDCD10
RNA class
mRNA
Alias
Programmed Cell Death 10 TFAR15 CCM3 Cerebral Cavernous Malformations 3 Protein TF-1 Cell Apoptosis-Related Protein 15 Programmed Cell Death Protein 10 Cerebral Cavernous Malformations 3 Apoptosis-Related Protein 15
Location (GRCh38)
3:167683298-167735039
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007217.4
Sequence length
2133.0 nt
GC content
0.3699

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-536.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -578.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 580.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_007217.4 NCBI
GGGUCCUUCCGGCGUCGCCGGAGUGAAUUGAUCCGGGAGUUGAAGAGGG… 2133 nt 0.3699
NM_145859.2 NCBI
GGGUCCUUCCGGCGUCGCCGGAGUGAAUUGAUCCGGGAGUUGAAGAGGG… 1925 nt 0.3444
NM_145860.2 NCBI
GGGUCCUUCCGGCGUCGCCGGAGUGAAUUGAUCCGGGAGUUGAAGAGGG… 1852 nt 0.3423
Summary

This gene encodes an evolutionarily conserved protein associated with cell apoptosis. The protein interacts with the serine/threonine protein kinase MST4 to modulate the extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway. It also interacts with and is phosphoryated by serine/threonine kinase 25, and is thought to function in a signaling pathway essential for vascular developent. Mutations in this gene are one cause of cerebral cavernous malformations, which are vascular malformations that cause seizures and cerebral hemorrhages. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PDCD10 was upregulated in common in white blood cells at day 1 post-injury following both burn and trauma-hemorrhage, where it was categorized as a cell death-related gene expression marker [Lederer et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00086.2007]. In human pediatric sepsis patients, direct RNA sequencing of whole blood revealed the PDCD10 exhibited decreased polyadenylation in viral compared to bacterial infection samples [He et al. DOI:10.1186/s12879-025-11078-z].