Basic Information

Symbol
PDCD6
RNA class
mRNA
Alias
Programmed Cell Death 6 ALG-2 PEF1B Apoptosis-Linked Gene 2 Protein Homolog Programmed Cell Death Protein 6 ALG2 Probable Calcium-Binding Protein ALG-2 Apoptosis-Linked Gene-2
Location (GRCh38)
5:271621-314974
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013232.4
Sequence length
1110.0 nt
GC content
0.5045

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-380.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -399.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 236.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001267556.2 NCBI
AGAGGCGGAAGCGGAGUCGGCCUGAGAGGUCUCUCGUCGCUGCAGGCGC… 1104 nt 0.5045
NM_001267557.2 NCBI
AGAGGCGGAAGCGGAGUCGGCCUGAGAGGUCUCUCGUCGCUGCAGGCGC… 906 nt 0.4945
NM_001267558.2 NCBI
AGAGGCGGAAGCGGAGUCGGCCUGAGAGGUCUCUCGUCGCUGCAGGCGC… 1025 nt 0.4820
NM_001267559.2 NCBI
AGAGGCGGAAGCGGAGUCGGCCUGAGAGGUCUCUCGUCGCUGCAGGCGC… 841 nt 0.4828
NM_013232.4 NCBI
AGAGGCGGAAGCGGAGUCGGCCUGAGAGGUCUCUCGUCGCUGCAGGCGC… 1110 nt 0.5045
Summary

This gene encodes a calcium-binding protein belonging to the penta-EF-hand protein family. Calcium binding is important for homodimerization and for conformational changes required for binding to other protein partners. This gene product participates in T cell receptor-, Fas-, and glucocorticoid-induced programmed cell death. In mice deficient for this gene product, however, apoptosis was not blocked suggesting this gene product is functionally redundant. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene, and a pseudogene of this gene is also located on the short arm of chromosome 5. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.