Basic Information

Symbol
PDE1A
RNA class
mRNA
Alias
Phosphodiesterase 1A Dual Specificity Calcium/Calmodulin-Dependent 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase 1A Phosphodiesterase 1A, Calmodulin-Dependent 61 KDa Cam-PDE EC 3.1.4.17 Calcium/Calmodulin-Dependent 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase 1A Calcium/Calmodulin-Stimulated Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase CAM-PDE 1A CAM-PDE-1A Cam-PDE 1A EC 3.1.4 HSPDE1A HCAM-1 HCam-1 HCAM1
Location (GRCh38)
2:182139968-182523359
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001363871.4
Sequence length
5037.0 nt
GC content
0.3780

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1281.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1380.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1491.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001003683.3 NCBI
AGAGAGGAAUUCAGCUUCUUCUGGAGCGCGAAAGUCAUUCACGUUUCUC… 2136 nt 0.4171
NM_001258312.3 NCBI
AGUAGUACAGUAGCAGGCUCACAUGAGCAUCAUCAUGGGGUCUAGUGCC… 4713 nt 0.3694
NM_001258313.3 NCBI
CUUUCGGAGCUUGACCAGCAUGUGGAAGGAGAGCUCUCAUGGCUGCAAU… 2332 nt 0.4271
NM_001258314.3 NCBI
ACUUGUUCUACCUACACUGUAUCUGAUCACUGCAUAAGAGAUAGUAGAA… 2004 nt 0.4022
NM_001363871.4 NCBI
CUUUCGGAGCUUGACCAGCAUGUGGAAGGAGAGCUCUCAUGGCUGCAAU… 5037 nt 0.3780
NM_001395258.2 NCBI
UCCUUCUCUCUCUCAUAAACACACACACACAAAUCUAUUCCCUUUUCCU… 4893 nt 0.3699
NM_001395259.2 NCBI
AUCAGUUGAUGUACAUAUUCUUGCAAUAACAACCUGUGGAGCUGUGUUC… 4742 nt 0.3690
NM_001395260.2 NCBI
AGAGAGGAAUUCAGCUUCUUCUGGAGCGCGAAAGUCAUUCACGUUUCUC… 4841 nt 0.3716
NM_001395261.2 NCBI
AGUAGUACAGUAGCAGGCUCACAUGUACGGAUUGUUCUUGUGAGGAGCA… 4733 nt 0.3697
NM_001395262.1 NCBI
AGUAGUACAGUAGCAGGCUCACAUGUACGGAUUGUUCUUGUGAGGAGCA… 2028 nt 0.4152
Showing 1 to 10 of 18 entries
Summary

Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) play a role in signal transduction by regulating intracellular cyclic nucleotide concentrations through hydrolysis of cAMP and/or cGMP to their respective nucleoside 5-prime monophosphates. Members of the PDE1 family, such as PDE1A, are Ca(2+)/calmodulin (see CALM1; MIM 114180)-dependent PDEs (CaM-PDEs) that are activated by calmodulin in the presence of Ca(2+) (Michibata et al., 2001 [PubMed 11342109]; Fidock et al., 2002 [PubMed 11747989]).[supplied by OMIM, Oct 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.