Basic Information

Symbol
PDE1A
RNA class
mRNA
Alias
Phosphodiesterase 1A Dual Specificity Calcium/Calmodulin-Dependent 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase 1A Phosphodiesterase 1A, Calmodulin-Dependent 61 KDa Cam-PDE EC 3.1.4.17 Calcium/Calmodulin-Dependent 3',5'-Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase 1A Calcium/Calmodulin-Stimulated Cyclic Nucleotide Phosphodiesterase CAM-PDE 1A CAM-PDE-1A Cam-PDE 1A EC 3.1.4 HSPDE1A HCAM-1 HCam-1 HCAM1
Location (GRCh38)
2:182139968-182523359
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001363871.4
Sequence length
5037.0 nt
GC content
0.3780

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1281.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1380.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1491.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001395263.1 NCBI
GUCAGAGUCUUCCCUCAGCUUUGUACAUCAGCACUGUUUUGAUAGAUAA… 2124 nt 0.4134
NM_001395264.1 NCBI
CUUUCGGAGCUUGACCAGCAUGUGGAAGGAGAGCUCUCAUGGCUGCAAU… 2041 nt 0.4321
NM_001395265.2 NCBI
AGUAGUACAGUAGCAGGCUCACAUGUACGGAUUGUUCUUGUGAGGAGCA… 4795 nt 0.3696
NM_001395266.1 NCBI
AGUAGUACAGUAGCAGGCUCACAUGUACGGAUUGUUCUUGUGAGGAGCA… 2768 nt 0.4003
NM_001395267.1 NCBI
GUCAGAGUCUUCCCUCAGCUUUGUACAUCAGCACUGUUUUGAUAGAUAA… 2864 nt 0.3994
NM_001395268.1 NCBI
CUUUCGGAGCUUGACCAGCAUGUGGAAGGAGAGCUCUCAUGGCUGCAAU… 3072 nt 0.4108
NM_001395269.1 NCBI
ACUUGUUCUACCUACACUGUAUCUGAUCACUGCAUAAGAGAUAGUAGAA… 2744 nt 0.3907
NM_005019.7 NCBI
GUCAGAGUCUUCCCUCAGCUUUGUACAUCAGCACUGUUUUGAUAGAUAA… 4829 nt 0.3698
Showing 11 to 18 of 18 entries
Summary

Cyclic nucleotide phosphodiesterases (PDEs) play a role in signal transduction by regulating intracellular cyclic nucleotide concentrations through hydrolysis of cAMP and/or cGMP to their respective nucleoside 5-prime monophosphates. Members of the PDE1 family, such as PDE1A, are Ca(2+)/calmodulin (see CALM1; MIM 114180)-dependent PDEs (CaM-PDEs) that are activated by calmodulin in the presence of Ca(2+) (Michibata et al., 2001 [PubMed 11342109]; Fidock et al., 2002 [PubMed 11747989]).[supplied by OMIM, Oct 2009]

Forensic Context

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