Basic Information

Symbol
PDE4B
RNA class
mRNA
Alias
Phosphodiesterase 4B DPDE4 Phosphodiesterase 4B, CAMP-Specific (Phosphodiesterase E4 Dunce Homolog, Drosophila) CAMP-Specific 3',5'-Cyclic Phosphodiesterase 4B 3',5'-Cyclic-AMP Phosphodiesterase 4B CAMP-Specific Phosphodiesterase 4B Phosphodiesterase 4B, CAMP-Specific (Dunce (Drosophila)-Homolog Phosphodiesterase E4) Phosphodiesterase E4 Dunce Homolog (Drosophila) Phosphodiesterase 4B, CAMP-Specific Dunce-Like Phosphodiesterase E4 EC 3.1.4.53 EC 3.1.4.17 EC 3.1.4 PDEIVB PDE32
Location (GRCh38)
1:65792514-66374579
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002600.4
Sequence length
4531.0 nt
GC content
0.4626

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1418.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1507.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1159.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001037339.2 NCBI
AUCACAUACCCUAAAGAACCCUGGGAUGACUAAGGCAGAGAGAGUCUGA… 3884 nt 0.4367
NM_001037340.3 NCBI
AUUCUUCGAGUAUGCUGCUCUUGCUCUAAGACGCUCAUACAUUGGAGUC… 4234 nt 0.4348
NM_001037341.2 NCBI
GUGCGUAAUCCUUCAGCUCUGGUGGUAAGGGAGAUGCAGUGAGCUCCCG… 4298 nt 0.4397
NM_001297440.2 NCBI
GUGCGUAAUCCUUCAGCUCUGGUGGUAAGGGAGAUGCAGUGAGCUCCCG… 4059 nt 0.4388
NM_001297441.1 NCBI
GUAUUAAAAAGUGUCAGCAAACUGCAUUGAAUAACAGACAUCCUAAGAG… 3963 nt 0.4330
NM_001297442.2 NCBI
AUAAGUGCUUCAAACCAGCCAGCUGAAUACAUUUGGACAGGCUCUUGCU… 3720 nt 0.4261
NM_002600.4 NCBI
AGAGGACGAGAGAAGAGCUGAGGGGCGCGUCGCCAGCGCCUGUGUCUCC… 4531 nt 0.4626
Summary

This gene is a member of the type IV, cyclic AMP (cAMP)-specific, cyclic nucleotide phosphodiesterase (PDE) family. The encoded protein regulates the cellular concentrations of cyclic nucleotides and thereby play a role in signal transduction. Altered activity of this protein has been associated with schizophrenia and bipolar affective disorder. Alternative splicing and the use of alternative promoters results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the PDE4B as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. A study in zebrafish demonstrated that the PDE4B (Pde4b) was part of an 11-gene transcript set used in a perfectly-defined linear regression model to predict postmortem interval, with the set achieving an R² of 1 and a slope of 0.99 between predicted and actual times [Hunter et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2017.02.027].