Basic Information

Symbol
PDE4C
RNA class
mRNA
Alias
Phosphodiesterase 4C DPDE1 3',5'-Cyclic-AMP Phosphodiesterase 4C CAMP-Specific Phosphodiesterase 4C PDE21 Phosphodiesterase 4C, CAMP-Specific (Dunce (Drosophila)-Homolog Phosphodiesterase E1) Phosphodiesterase 4C, CAMP-Specific (Phosphodiesterase E1 Dunce Homolog, Drosophila) Phosphodiesterase E1 Dunce Homolog (Drosophila) CAMP-Specific 3',5'-Cyclic Phosphodiesterase 4C Phosphodiesterase 4C, CAMP-Specific Dunce-Like Phosphodiesterase E1 EC 3.1.4.53 EC 3.1.4.17 EC 3.1.4
Location (GRCh38)
19:18207965-18248200
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001098818.4
Sequence length
5030.0 nt
GC content
0.5567

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1937.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2026.75 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1211.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000923.6 NCBI
AUGGGACCCAGGCAGGACUCCGCAGUGGUGCACCAUCUGGGCAUCGACA… 5342 nt 0.5629
NM_001098818.4 NCBI
CCAGCCUCCACGCAGUCCUGGCGAUGCAGGGCCCCCCCGCGCCCGCCCC… 5030 nt 0.5567
NM_001098819.4 NCBI
UUCGACGUGAUCAGACCCAACUCAGACCCGGUCAUACUUGGACCGAAUG… 5120 nt 0.5543
NM_001330172.2 NCBI
CUCCUGCCUGUCCUGAGCUUCCACAAAAGCACCAUCUGGGCAUCGACAG… 5341 nt 0.5623
NM_001369701.2 NCBI
CCAGCCUCCACGCAGUCCUGGCGAUGCAGGGCCCCCCCGCGCCCGCCCC… 4980 nt 0.5560
NM_001395274.1 NCBI
CCAGCCUCCACGCAGUCCUGGCGAUGCAGGGCCCCCCCGCGCCCGCCCC… 5774 nt 0.5696
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the cyclic nucleotide phosphodiesterase (PDE) family, and PDE4 subfamily. This PDE hydrolyzes the second messenger, cAMP, which is a regulator and mediator of a number of cellular responses to extracellular signals. Thus, by regulating the cellular concentration of cAMP, this protein plays a key role in many important physiological processes. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene.[provided by RefSeq, Jul 2011]

Forensic Context

A review of forensic epigenetic applications in human tissues indicates that DNA methylation at a CpG site in the PDE4C gene is an age-associated marker, with its methylation degree not being relevantly influenced by the state of decomposition in postmortem buccal swabs [Gerra et al. DOI:10.1007/s00414-024-03165-8]. Another review on molecular age estimation confirms that methylation at specific CpG sites in the PDE4C gene is utilized in age prediction models from human blood and buccal epithelium, with DNA methylation profiling established as the most promising method for accurate forensic age prediction [Zolotarenko et al. DOI:10.1134/S1022795419120147]. A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine exposure significantly downregulated the expression of the PDE4C mRNA in the nucleus accumbens, identifying it as a putative target gene for METH-regulated miRNAs such as mmu-miR-486-3p [Zhu et al. DOI:10.002/jnr.23605].