Basic Information

Symbol
PDE4D
RNA class
mRNA
Alias
Phosphodiesterase 4D DPDE3 CAMP-Specific 3',5'-Cyclic Phosphodiesterase 4D 3',5'-Cyclic-AMP Phosphodiesterase 4D PDE43 Phosphodiesterase 4D, CAMP-Specific (Dunce (Drosophila)-Homolog Phosphodiesterase E3) Phosphodiesterase 4D, CAMP-Specific (Phosphodiesterase E3 Dunce Homolog, Drosophila) Phosphodiesterase E3 Dunce Homolog (Drosophila) CAMP-Specific Phosphodiesterase PDE4D6 Phosphodiesterase 4D, CAMP-Specific CAMP-Specific Phosphodiesterase 4D Testicular Tissue Protein Li 136 EC 3.1.4.53 EC 3.1.4.17 EC 3.1.4 ACRDYS2 HSPDE4D PDE4DN2 STRK1
Location (GRCh38)
5:58969038-60522120
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001104631.2
Sequence length
8160.0 nt
GC content
0.4006

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2205.63 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2366.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2417.21
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001349243.2 NCBI
CUAUAGUUGGCGUACCCUGAGGCCUGCCAGUUCCUGCCUUAAUGCAUAU… 8085 nt 0.3796
NM_001364599.1 NCBI
ACAGUUUCCCUCUCGGUUUGGAAGAACAAAGCUUUUGUUAUUUAUGUUC… 8110 nt 0.3790
NM_001364600.2 NCBI
AGUGAUUACAGGUUUUAGAGAAGAGGAACAAUGCUUCCUCUGAGCCUGA… 1487 nt 0.4069
NM_001364602.2 NCBI
GCGGCGCAUUAGUUCCAAUAGUUUAACAGGCUGCUUUGUAGCACGGACA… 1598 nt 0.4449
NM_001364603.1 NCBI
GCGGCGCAUUAGUUCCAAUAGUUUAACAGGCUGCUUUGUAGCACGGACA… 8247 nt 0.3869
NM_001364604.1 NCBI
AGAGUUAAUGUACAGUACCACGGAGCCUGCAAGUGUCCUGAGCUGAUCA… 8824 nt 0.3785
NM_006203.5 NCBI
GGAUUCAAUACUUGUUGCAAUAAUUGCCCACGAUAGCUGCUCAAACAAG… 7777 nt 0.3743
Showing 11 to 17 of 17 entries
Summary

This gene encodes one of four mammalian counterparts to the fruit fly 'dunce' gene. The encoded protein has 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity and degrades cAMP, which acts as a signal transduction molecule in multiple cell types. This gene uses different promoters to generate multiple alternatively spliced transcript variants that encode functional proteins.[provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in human brain samples using RNA-seq data and machine learning identified the PDE4D as one of 99 key genes for classifying Major Depressive Disorder (MDD) and its suicidal subtype (MDD-S) [Verma & Shakya DOI:10.007/s11571-021-09724-8]. The PDE4D was found to be involved in the morphine addiction pathway, and a Random Forest classification model utilizing these genes achieved a test accuracy of 61.11% for distinguishing between control, MDD, and MDD-S groups.