Basic Information

Symbol
PDGFA
RNA class
mRNA
Alias
Platelet Derived Growth Factor Subunit A PDGF1 Platelet-Derived Growth Factor Alpha Polypeptide PDGF-A Platelet-Derived Growth Factor Alpha Chain Platelet-Derived Growth Factor Subunit A PDGF Subunit A PDGF A-Chain Platelet-Derived Growth Factor A-Chain Platelet-Derived Growth Factor A Chain PDGF-1
Location (GRCh38)
7:497258-520695
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033023.5
Sequence length
2742.0 nt
GC content
0.5762

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1104.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1151.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 878.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001395363.1 NCBI
GCCUCGGCCGGAGGUGGCGCUCUGUGCGCCCCACGGAUCCCGACGCGGG… 2264 nt 0.5252
NM_001395364.1 NCBI
AUCCCCGGGAGCUUUGCUGUGAUGAAUGACUUUCCACAGCCCCCGUCGU… 1961 nt 0.4850
NM_001395365.1 NCBI
GCCUCGGCCGGAGGUGGCGCUCUGUGCGCCCCACGGAUCCCGACGCGGG… 2138 nt 0.5131
NM_001395366.1 NCBI
GCCCGCUGCCGCCGCUGGGGCCCGAGAGAGGCGAGCCGGCGACGGCGGC… 2231 nt 0.5267
NM_002607.6 NCBI
ACACGCGCGCCCUGCGGAGCCCGCCCAACUCCGGCGAGCCGGGCCUGCG… 2811 nt 0.5731
NM_033023.5 NCBI
ACACGCGCGCCCUGCGGAGCCCGCCCAACUCCGGCGAGCCGGGCCUGCG… 2742 nt 0.5762
Summary

This gene encodes a member of the protein family comprised of both platelet-derived growth factors (PDGF) and vascular endothelial growth factors (VEGF). The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate platelet-derived growth factor subunit A, which can homodimerize, or alternatively, heterodimerize with the related platelet-derived growth factor subunit B. These proteins bind and activate PDGF receptor tyrosine kinases, which play a role in a wide range of developmental processes. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the PDGFA mRNA was elevated at 2 and 24 hours after a 14–15 psi blast exposure [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].