Basic Information

Symbol
PDX1
RNA class
mRNA
Alias
Pancreatic And Duodenal Homeobox 1 IDX-1 STF-1 PDX-1 IUF-1 GSF Islet/Duodenum Homeobox-1 Insulin Upstream Factor 1 Glucose-Sensitive Factor MODY4 IPF1 Insulin Promoter Factor 1, Homeodomain Transcription Factor Somatostatin-Transactivating Factor 1 Pancreas/Duodenum Homeobox Protein 1 Somatostatin Transcription Factor 1 IPF-1 Pancreatic-Duodenal Homeobox Factor 1 Insulin Promoter Factor 1 PAGEN1 IUF1 STF1
Location (GRCh38)
13:27920000-27926313
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000209.4
Sequence length
2603.0 nt
GC content
0.5901

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-953.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -999.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 699.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000209.4 NCBI
GAGAUCAGUGCGGAGCUGUCAAAGCGAGCAGGGGUGGCGCCGGGAGUGG… 2603 nt 0.5901
Summary

The protein encoded by this gene is a transcriptional activator of several genes, including insulin, somatostatin, glucokinase, islet amyloid polypeptide, and glucose transporter type 2. The encoded nuclear protein is involved in the early development of the pancreas and plays a major role in glucose-dependent regulation of insulin gene expression. Defects in this gene are a cause of pancreatic agenesis, which can lead to early-onset insulin-dependent diabetes mellitus (IDDM), as well as maturity onset diabetes of the young type 4 (MODY4). [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.