Basic Information

Symbol
PDZD2
RNA class
mRNA
Alias
PDZ Domain Containing 2 KIAA0300 PDZK3 Activated In Prostate Cancer Protein PDZ Domain-Containing Protein 2 PDZ Domain-Containing Protein 3 AIPC Plakophilin-Related Armadillo Repeat Protein-Interactive PDZ Protein PDZ Domain Containing 3 PAPIN PIN1
Location (GRCh38)
5:31639121-32110933
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_178140.4
Sequence length
11984.0 nt
GC content
0.5209

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4273.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4491.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2797.31
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_178140.4 NCBI
GAGGCUCGGCGGAUCCCCUGCGCAGCGAGGCGAGGAGCGGACCCCAGCG… 11984 nt 0.5209
Summary

The protein encoded by this gene contains six PDZ domains and shares sequence similarity with pro-interleukin-16 (pro-IL-16). Like pro-IL-16, the encoded protein localizes to the endoplasmic reticulum and is thought to be cleaved by a caspase to produce a secreted peptide containing two PDZ domains. In addition, this gene is upregulated in primary prostate tumors and may be involved in the early stages of prostate tumorigenesis. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that PDZ domain containing 2 (Pdzd2) was identified as a downregulated gene in skeletal muscle following incised injury, showing a 9.965-fold downregulation at 12 hours post-injury compared to controls using DNA microarray analysis [Gaballah et al. DOI:10.1016/j.forsciint.2016.06.027].