Basic Information

Symbol
PEPD
RNA class
mRNA
Alias
Peptidase D Xaa-Pro Dipeptidase Imidodipeptidase Prolidase Proline Dipeptidase X-Pro Dipeptidase Testicular Tissue Protein Li 138 Aminoacyl-L-Proline Hydrolase EC 3.4.13.9 PRD
Location (GRCh38)
19:33386950-33521823
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000285.4
Sequence length
1907.0 nt
GC content
0.5742

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-737.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -770.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 545.98
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000285.4 NCBI
GCACUUCACGUGACGCCGGUGCCGGGCGAACAUGGCGGCGGCCACCGGA… 1907 nt 0.5742
NM_001166056.2 NCBI
GCACUUCACGUGACGCCGGUGCCGGGCGAACAUGGCGGCGGCCACCGGA… 1784 nt 0.5818
NM_001166057.2 NCBI
GCACUUCACGUGACGCCGGUGCCGGGCGAACAUGGCGGCGGCCACCGGA… 1715 nt 0.5767
Summary

This gene encodes a member of the peptidase family. The protein forms a homodimer that hydrolyzes dipeptides or tripeptides with C-terminal proline or hydroxyproline residues. The enzyme serves an important role in the recycling of proline, and may be rate limiting for the production of collagen. Mutations in this gene result in prolidase deficiency, which is characterized by the excretion of large amount of di- and tri-peptides containing proline. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

A study in pigs (Sus scrofa) demonstrated that siRNA knockdown of the transcription factor HSF1 in adipose-derived stem cells under simulated cold stress led to decreased expression of its target gene PEPD [Yaping Guo et al. DOI:10.1016/j.jgg.2024.06.017].