Basic Information

Symbol
PER3
RNA class
mRNA
Alias
Period Circadian Regulator 3 Cell Growth-Inhibiting Gene 13 Protein Period Circadian Protein Homolog 3 Circadian Clock Protein PERIOD 3 Period Circadian Clock 3 Period (Drosophila) Homolog 3 Period Homolog 3 (Drosophila) Period Circadian Protein 3 FASPS3 GIG13 HPER3
Location (GRCh38)
1:7784291-7845181
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377275.1
Sequence length
6365.0 nt
GC content
0.4649

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1891.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2009.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1583.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001289861.2 NCBI
GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… 6400 nt 0.4686
NM_001289862.2 NCBI
ACUCGCGCGCGGCAGAGGAGCCCCGCGAGCCCUGCCCUCGGCCGGAGUC… 6319 nt 0.4621
NM_001289863.3 NCBI
GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… 6379 nt 0.4683
NM_001289864.3 NCBI
GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… 6515 nt 0.4698
NM_001377275.1 NCBI
GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… 6365 nt 0.4649
NM_001377276.1 NCBI
GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… 6341 nt 0.4644
NM_016831.4 NCBI
GACCGGCACGCGGCGAGCCUCGAGACUGCGCGAGGGCGGCCCCGGGGGC… 6430 nt 0.4691
Summary

This gene is a member of the Period family of genes and is expressed in a circadian pattern in the suprachiasmatic nucleus, the primary circadian pacemaker in the mammalian brain. Genes in this family encode components of the circadian rhythms of locomotor activity, metabolism, and behavior. This gene is upregulated by CLOCK/ARNTL heterodimers but then represses this upregulation in a feedback loop using PER/CRY heterodimers to interact with CLOCK/ARNTL. Polymorphisms in this gene have been linked to sleep disorders. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PER3 is a previously established mRNA biomarker used in combined models for trace deposition timing, showing rhythmic expression [Lech et al. DOI:10.07/s00414-017-1638-y]. In a separate investigation, human research identified the PER3 as a circadian rhythm-related differentially expressed gene (CRDRG) that was differentially expressed between sepsis and control groups, with its expression validated by RT-qPCR [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993].