Basic Information
Symbol
PES1
RNA class
mRNA
Alias
Pescadillo Ribosomal Biogenesis Factor 1
NOP7
PES
Pescadillo Homolog
Pescadillo (Zebrafish) Homolog 1, Containing BRCT Domain
Pescadillo Homolog 1, Containing BRCT Domain (Zebrafish)
Pescadillo Homolog 1, Containing BRCT Domain
Location (GRCh38)
22:30576625-30607083
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_014303.4
Sequence length
2265.0 nt
GC content
0.5788
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-892.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-929.04 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
550.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GUCCUUGGCAGGGCACGUGCGGGAGGAAGUGGAGCUCCCUGUACGCGCG… | 2250 nt | 0.5787 | |
| AAAGAGCCCGGGACCAGCGCAGAGGGCCUGAUGCCUGAUCUGUCAAGUC… | 2710 nt | 0.5797 | |
| AAAGAGCCCGGGACCAGCGCAGAGGGCCUGAUGCCUGAUCUGUCAAGUC… | 2757 nt | 0.5789 | |
| GUCCUUGGCAGGGCACGUGCGGGAGGAAGUGGAGCUCCCUGUACGCGCG… | 2265 nt | 0.5788 |
Summary
This gene encodes a nuclear protein that contains a breast cancer associated gene 1 (BRCA1) C-terminal interaction domain. The encoded protein interacts with BOP1 and WDR12 to form the PeBoW complex, which plays a critical role in cell proliferation via pre-rRNA processing and 60S ribosomal subunit maturation. Expression of this gene may play an important role in breast cancer proliferation and tumorigenicity. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. Pseudogenes of this gene are located on the long arm of chromosome 4 and the short arm of chromosome 9. [provided by RefSeq, Aug 2011]
Forensic Context
A study in human forensic autopsy cases demonstrated that the PES1 was validated as one of three stable reference genes for RT-qPCR normalization in postmortem brain tissue analysis [Wang et al. DOI:10.1007/S00414-014-0972-6]. Another study in human cases of severe burns confirmed the PES1 as one of the most stable reference genes, with geNorm analysis ranking it highly for reliable mRNA quantification of edema-related markers, establishing its crucial role for accurate forensic molecular pathology [Wang et al. DOI:10.1007/S00414-013-0868-X].