Basic Information

Symbol
PFN1
RNA class
mRNA
Alias
Profilin 1 Epididymis Tissue Protein Li 184a Profilin-1 Profilin I ALS18
Location (GRCh38)
17:4945652-4950517
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005022.4
Sequence length
807.0 nt
GC content
0.5824

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-285.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -297.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 141.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(((((((.(.((..((((.....)))).((((((....(((((.....((......)).)))))))))))...)).).))))))).((.(((((((((((((..(((((((((((..((((((((..((((((....((((((.........(((((((((((((((...((((...((((((((((..((.((((...........))))..))....))))).))))).))))....))))))))).............)))))))))))))))))))))).....(((.(((.((....)).))).)))))))..)))..)))))......)))))))))............))))))).))..((((((..((((..((.((...((((...((((.((((((((...)))))).....(((((..(((.....)))))))).(((....))).((((....))))..(((((((.....(((.((((.((.((((.....)))))).)))).)))...))))))))).))))...)))).))))..).)))....))))))....))))))......))).................(((..(((((((................((((.......)))).........................(((((..(((((..(((((((......))).).))))))))..))))).........)))))))..))).......(((((...(((((((((((((........)))))))))))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(,((((((.(((((((.(.((..((((.....)))).((((((....(((((.....{{......)}.))))))))))).,.)).).))))))).{{.((((((((((((({.{{,((((((((..((((.((({{(((((({{{...,{||||...,.,,,{{,,.(((((((((...((((...((((((((((..((.((((...........))))..))....)))))},)))).))))....))))))))),,,,,.{{{{...,,,)))))))))}}})))))}).....))))|||.{{....}}.,},,)))))))..)))..)))))......}})))))))............))))))).}|,.((((((..((({,,((.({...((((...((((.((((((((,....(((((((..((((.{,((((.((.(((((.{.....}.))))).)).))))}))))..))))))).....(((.((((.((.((((.....)))))).)))).))),))))))..,)).))))...)))).))}}.,),)))....)))))).,,.))))))......|}...,..............(((..(((((((................((((.......}},,..........,|....,,,......(((((..(((((..(((((((......))).).))))))))..))))).........)))))))..))){{{,,...,|||,,.{|||{((((((((........)))))))))}}}}..,,},.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001375991.1 NCBI
ACAGCGAGCGGAGCCGCGGUCCGGACGGCAGCGCGUGCCCCGAGCUCUC… 1437 nt 0.5372
NM_005022.4 NCBI
ACAGCGAGCGGAGCCGCGGUCCGGACGGCAGCGCGUGCCCCGAGCUCUC… 807 nt 0.5824
Summary

This gene encodes a member of the profilin family of small actin-binding proteins. The encoded protein plays an important role in actin dynamics by regulating actin polymerization in response to extracellular signals. Deletion of this gene is associated with Miller-Dieker syndrome, and the encoded protein may also play a role in Huntington disease. Multiple pseudogenes of this gene are located on chromosome 1. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.