Basic Information

Symbol
PGA5
RNA class
mRNA
Alias
Pepsinogen A5 Pepsinogen 5, Group I (Pepsinogen A) Pepsinogen-5 Pepsin A-5 Pepsin A Pepsinogen-4 EC 3.4.23.1 Pepsin A-4 Pg5
Location (GRCh38)
11:61241175-61251444
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014224.5
Sequence length
1382.0 nt
GC content
0.5695

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-469.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -494.20 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 285.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014224.5 NCBI
GCACCUUCCUCCCAUCUUGCCUUCUCCCUCGAGUUGGGACCCGGGAAGA… 1382 nt 0.5695
Summary

This gene encodes a protein precursor of the digestive enzyme pepsin, a member of the peptidase A1 family of endopeptidases. The encoded precursor is secreted by gastric chief cells and undergoes autocatalytic cleavage in acidic conditions to form the active enzyme, which functions in the digestion of dietary proteins. This gene is found in a cluster of related genes on chromosome 11, each of which encodes one of multiple pepsinogens. Pepsinogen levels in serum may serve as a biomarker for atrophic gastritis and gastric cancer. [provided by RefSeq, Jul 2015]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PGA5 is expressed in stomach tissue with an average read count of 23,954 and was part of a targeted 46-plex mRNA panel for definitive organ identification using massively parallel sequencing [Hanson and Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319]. A review further confirms the PGA5 is used in targeted MPS assays for stomach tissue identification within forensic transcriptome analyses [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2021.102486].