Basic Information

Symbol
PGBD5
RNA class
mRNA
Alias
PiggyBac Transposable Element Derived 5 PiggyBac Transposable Element-Derived Protein 5 PiggyBac Transposase 5 DKFZp761A0620 FLJ11413 PiggyBac Domain Related Protein 5 PiggyBac Domain-Related Protein 5 EC 3.1.-.-
Location (GRCh38)
1:230314490-230426332
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001258311.2
Sequence length
10914.0 nt
GC content
0.5274

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4286.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4476.85 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3223.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001258311.2 NCBI
GGCAGCCGAGCGCCGGAGGCCGUGGAGAGGGCGGGCAGGGAGGCGGCGG… 10914 nt 0.5274
Summary

The piggyBac family of proteins, found in diverse animals, are transposases related to the transposase of the canonical piggyBac transposon from the moth, Trichoplusia ni. This family also includes genes in several genomes, including human, that appear to have been derived from the piggyBac transposons. This gene belongs to the subfamily of piggyBac transposable element derived (PGBD) genes. The PGBD proteins appear to be novel, with no obvious relationship to other transposases, or other known protein families. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PGBD5 was identified as a downregulated RNA marker (0.509-fold reduction) in lung tissue from hypothermia-induced death, classifying it as a candidate forensic biomarker for hypothermia [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2020.101789].