Basic Information

Symbol
PGK2
RNA class
mRNA
Alias
Phosphoglycerate Kinase 2 Phosphoglycerate Kinase, Testis Specific PGKPS EC 2.7.2.3 PGK-2 PGKB Phosphoglycerate Kinase Autosomal Pseudogene Epididymis Secretory Protein Li 272 Testicular Tissue Protein Li 139 DJ417L20.2 HEL-S-272
Location (GRCh38)
6:49785660-49787285
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_138733.5
Sequence length
1626.0 nt
GC content
0.4539

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-487.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -515.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 470.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_138733.5 NCBI
AAAGGCGUUAGAAGUCACCACCGACCCAGCCCCUCAACAGCAAGUUGGU… 1626 nt 0.4539
Summary

This gene is intronless, arose via retrotransposition of the phosphoglycerate kinase 1 gene, and is expressed specifically in the testis. Initially assumed to be a pseudogene, the encoded protein is actually a functional phosphoglycerate kinase that catalyzes the reversible conversion of 1,3-bisphosphoglycerate to 3-phosphoglycerate, during the Embden-Meyerhof-Parnas pathway of glycolysis, in the later stages of spermatogenesis.[provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that in skeletal muscle, the PGK2 protein exhibited higher expression in heavier co-twins compared to their leaner monozygotic twins, which was associated with upregulated glycolysis pathways in acquired obesity [van der Kolk et al. DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100226].