Basic Information

Symbol
PHC1
RNA class
mRNA
Alias
Polyhomeotic Homolog 1 HPH1 RAE28 EDR1 Early Development Regulator 1 (Homolog Of Polyhomeotic 1) Early Development Regulatory Protein 1 Polyhomeotic-Like Protein 1 Polyhomeotic Homolog 1 (Drosophila) Polyhomeotic-Like 1 (Drosophila) Polyhomeotic-Like 1 MCPH11 PH1
Location (GRCh38)
12:8913827-8942938
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004426.3
Sequence length
5390.0 nt
GC content
0.5247

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1883.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1975.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1456.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413738.1 NCBI
AAAUGCUAUCCAAAGGAAGUUACAUUAGGUUGCUGCUUUGAAAAUGAAG… 5179 nt 0.5053
NM_001413739.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 5384 nt 0.5245
NM_001413740.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 5366 nt 0.5246
NM_001413741.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 5279 nt 0.5232
NM_001413742.1 NCBI
AAAUGCUAUCCAAAGGAAGUUACAUUAGGUUGCUGCUUUGAAAAUGAAG… 5023 nt 0.5033
NM_001413743.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 5234 nt 0.5225
NM_001413744.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 5015 nt 0.5194
NM_001413745.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4967 nt 0.5182
NM_001413746.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4949 nt 0.5179
NM_001413747.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4871 nt 0.5169
Showing 1 to 10 of 18 entries
Summary

This gene is a homolog of the Drosophila polyhomeotic gene, which is a member of the Polycomb group of genes. The gene product is a component of a multimeric protein complex that contains EDR2 and the vertebrate Polycomb protein BMH1. The gene product, the EDR2 protein, and the Drosophila polyhomeotic protein share 2 highly conserved domains, named homology domains I and II. These domains are involved in protein-protein interactions and may mediate heterodimerization of the protein encoded by this gene and the EDR2 protein. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the PHC1 as a diagnostic marker for sepsis via machine learning, where it was part of a robust five-gene diagnostic model constructed using the xgboost algorithm [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993]. This model demonstrated excellent predictive performance, achieving an area under the curve (AUC) of 0.987 on a validation dataset.