Basic Information

Symbol
PHC1
RNA class
mRNA
Alias
Polyhomeotic Homolog 1 HPH1 RAE28 EDR1 Early Development Regulator 1 (Homolog Of Polyhomeotic 1) Early Development Regulatory Protein 1 Polyhomeotic-Like Protein 1 Polyhomeotic Homolog 1 (Drosophila) Polyhomeotic-Like 1 (Drosophila) Polyhomeotic-Like 1 MCPH11 PH1
Location (GRCh38)
12:8913827-8942938
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004426.3
Sequence length
5390.0 nt
GC content
0.5247

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1883.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1975.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1456.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((...)).)))))..............))))))))..(((((((((...((((........))))..(((((((((.(((((..(((((......))))).)))))(((.((((.((((.(((.((((...)))).).)).)))).)))).)))..(((.(((((((((((((.......))))).)))).)))).)))((((.((...((((.(.(.(.((((((((((...))).).)))))).)))))))...)).))))...((.((((((.....)))))).)).))))))))).....(((((.(.(((...(((.((....)).)))..))).).))))).(((((.(((.(.((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))).))))........))))))))).))))))))......))))))))).(((..((((.(((((((..((...))..))))))).((((((((((.((((((((..(((((......((((..(((....)))..))))....)))))..)))))))).)...)))))))))...(((((.....(((((((((....))).(((((.(((((.........(((((((...........((.((((((((((..(((.((.(((.(((((((((((....((((((((.(((...((((......(((((....)))))....).)))..(((((.((((((((((((((((.((((((........))))))........((((.((..((((.(((....)))..))))..))))))...((((.....)))).........((((((..((((((.(((((((((((..((.((..((((((.((....((((((((((((.((..(((....))).))))))))((((.((((((((((...((.(((....))))))))))...)).))).))))...............)))))))))).))))....)).))..)))))......)).))))))))))))))))....((((((((((((.((((.....)))).........((((((((.((.(((....))).)).))))))))....((((((.................)))))))))))))).)))).))))))....))))...)))))).)))))))).))))).))).....)))))...)))))))))...))...)))..)))))))))).))(((((((.....))).))))..))))))).(((((.((.((((((.(.....).).))))).)).))))).(((.......)))......(((..(.(((.....))).)..)))...))))))))))((..(((((((((.(((....(((((...(((((((((..(((.(((((.((((.((((.((((.((...............((..(((.........)))..)).((....))..........(((.((((((((...((((((((((........))))))))))....((((((((((((((..((((.((.(((....))))).....((((((.((((((((...((((((((((.((....)).)).......((....))......(((((.((((...((((((.......(((((..(((.((.((..((((...(.((((((((((((((.....((..(((.(((((((.....))........((((.(((.((....(((.((((......................)))).)))....)).))).)))).................((((.(((((.....((((.(((.(((((.....))))).)))..)))).((((((((.(((.....((((((((....(((((((..(((((((((........)))...))))))....)))))))...))))).)))....)))))))))))((((((((...(((....)))....)))))))))))))..)))).(((((.....)))))....(((((((.....(.(((((.(((((.((((((.((((((......((((((((((((((((....(((((((......)))))))((((((..((.((....((((((.....)))))))).))..))))))..))))))(((..((((((((((.....(.(((((((.((((...(((....)))((((..((((((...........)))))).))))....(((((.(.....).)))))...(((((((...((((..(((...((....)).))).))))...)))))))))))))))))))))))).)))))...)))......((((...))))))))))))))........))))))..)))))).))))).))))).).........(((((((((.(((((...((((((....))))))..........((((........))))....))))....(.(((........))).)((((((......(((((.(((((..(((.....)))))))).)))))....))))))........).)))))))))((((((((......)).))))))((((((.....))))))((((((...)))))))))))))....))))).)))..))...))))))))))).........))).).....))))..)))))))..(((((((.........))))))).)))))...))))))......)))))))))........))))))))))))).....))))))))).(((((.((((((((.((...(((.......(((((...))))).........(((((((.((....)).))))))).....(((.((((((..((((..((((((.............))))))(.(((.((((((((.....))))....))))))).).......(((((....((((...............))))..)))))......))))...))))))))).(((((...(((...((((....)))).)))..)))))))).))))))))))..))))).......((.(.((((((((((((((((((((((.((((((...(((((.((((........)))).)))))))))))))))..((.(((.((((((((((((...((((.((((((.((((((..(((((.........(((((((((......)))).)))))))).))..)))))).))....))))((((((((.(((((.....(((....))).....((((((((.((((((..............))).))).))).......)))))...((((((((....)))))).))..))))).)))).))))......)))).)))))..)).))))).))).))...)))))))))).))))))))).))..))))..))))).)))))))))((((((((((((((((((.((((((((..((.((((((..((((.....)))).......................................(((((...)))))((((((((((....))).)))))))..((((((((((((..((((...))))..)))))......((((((....))))))((((...)))).)))))))..)))))).)).)))))))))))))))).)))...((((((.((..(((.....((((.((.(((.((....)).))).)).))))....)))))))))))))))))).(((((.(((((........)))))..)))))((((......))))..(((....)))((((((.......))))))...(((((((((......)).)))))))....)))))))).))))))))))))).)))).))))))))..)))))))))))))).........)))))))).))))..))........(((((((((.((((((((.((((((((((((...(((((((...((((....))))....))))))).))))))))))))..((((((...(((.((((...)))).)))))))))........((((((((...)))))))).((((.......))))(((...((((((.(((((....((((((......((((((((((((((((....((((((.(((((((.(((.((((((....(((((((...))))))).......)))))).))).)))))))......)))))).............((((((((((((.((....))............((((((((........((((((((.(((((((...........................((((((....(((((((((...)))))))))))))))....(((((.....)))))....((((((............((((((......((((((.((..((((((....))))))....)).))))))......))))))...((((((....))))))))).)))))))))))))))))))))))))).............)))))))))))))))).)))))))..)))))......(((((((...(((.(((((((((((....))).((((((..((((((((((((((...((....))..)))))....)))))........(((.(((((((((((........))))....(((((....))))).....((((.(((.(((((((((..(((((.....)))))..(((..(((((((.....)))))))..))).....((((.....)))).(((...(((.(((....)))...)))...)))..))))).))))...))).))))(((((........))))).((((......)))).))))))).))).......))))..)))))).......(((....))).....((((((..(((.(((((.((.(((........((((.....))))..))))).)))))...)))..))))))...............))))))))..)))..((((((..(((......)))....))))))..)))))))........))))))....))))).))))))....)))......((((((((((.(.....((((........))))).)))).)))))))))))))).))))))))).......))))))....)))))..............((((.((((((((.......)))))))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((((...))}}))))},,....,,.....|}}}||||..(((((((({,{{((((.,....,.}}}}.,(((((((((.(((((..(((((......))))).)))))(((.((((.((((.(((.((((...})))|),}}.}))).)))).)))..{((.(((((((((((((.......))))).)))).)))).))|((((.((...((((.(.(.{.((((((((({...})).).)))))).))}))))...}}.)))),..((.((((((.....)))))).)).))))))))),,,..(((((.(.(((...(((.((....)).)))..))).}.))))).(((((.(((.(.((((((((((((((((((((.{({.....})}.)))))))).))))......,.)))))))))})))))))).,....})))))))}.,{,..((({.(((((((..((...))..))))))).((((((((({.((((((((..(((((......((((..(((....)))..))))..}.)))))..)))))))).}...)))))))))...(((((.....{{{{(((((....))),|||{{,{{{{{,........(({{{{{...,,.,,,,.{,.((((((((((..(((.((.{{{.(((((((((((,,.,(((((((({(((,.,{{{{......,|{{|,,,})))}|....,.|||.,(((((.((((((,,{{{.,,...((((((........)))))}.....,..((((,{(..((((.(({....}))..))))..))))))|..,(((,,,{{||||...{{(,{(({{{||}}||..,,|||||{{.((({{{...,,,,.,{||,,{{{,..,|))}}}|,||{{({,.,.|,}}.)}}|}|||{{{{((({.{{,((({{{||,.,,.{||,,,,))}},}||||||.,},)))}))))},.,||,,|,....{(({{..|||,..((((((..(((((.|((((((.....{{{,,...))),,...))))))|(((((((((((,{{{{.....)))).........((((((((.((.(((....))).)).))))))))....((((((....,.......}....)))))))))))))).)))}...)))))...)))))).)))))).))))))}),))))).))).,.,,)))))...))))))}))...})...)))..)))))))))).})||||(((.....))).|,||,.||||||}.(((((.((.{((((,{{.....}.).))))}.)).))))).(((.....,.||}......(((..(.(((.....))).}..))}..,}|||}}||}},(,.(((((((((,{.({{..(((({..,(((((((((..(((.(((((.((((.((((.{{(({((((((((((((((...((..(((.........)))..)),((,.{{{{{{{.{{,{{((({.,.,........(((((((||,..((({....,))).|}.}}}}|||,((,((((,((..{,,,.(({((,{{{{|||.,.....((((((.(((({{{(...((((((((((.((.{,.||.||.......||....}}.||...{||{(,{(((.,.((((((.......(((((..(((.(,{((..((((,,,(.{(((((((((((((.....{(..(((.(((((({,,...}}........((((.(((.((....(((.((((......................)))).)))....)}.))).)))}.................((((.(((({.....({((.(((.(((((.....))))).)))..)))).(((((({({(((.....({((((((....(((((((..(((((((((........)))...))))))....)))))))...)))))}}))....)))))))))))((((((((.,.(((....))).,..)))))))))))))..)))).(((((.....)))))....(((((({.......(((((.(((((.((((((.((((((......((((((((((((((((....(((((((......)))))))((((((..((.((....((((((.....))))))}}.))..))))))..))))))(((,.((((((((((.....{.(((((((.((((,,.(((....}))|{({..{{{{{{{{,....,,,.)}}))),}}}}.,,.(((((.(.....).)))))...(((((((...((((..(((...{{....}}.))).))))...))))))}})))))))))),))))).))))),..))}......((((...))))))))))))))...}....})))))..)))))).))))).))))),).........(((((((((.,{,,,.,.((((((....))))))..}}......((((........})))....,|||....,}|,.,},..,{,.....((((((......(((((.(((((..(((.....)))))))).)))))....)))))),|...,,.}.)))))))))((((((((......)).)))))){(((({.....}))))}((((((...))))))))))))).,,,))))).)))..))...))))))))))).........,)).),....))))..)))))))..(((((((.........))))))).)))))...))))))....,.)))))))))...}}.,,))))))))}})),....}))))))))).(((((.((((((((.((.,,{((.......{(({,...|)))}.....,...(((((((.((....)).))))))).....(((.((((((.,((((..{(((((..{...,....,,)))}}|||{({.{{((((((.....)))),,.,})))}}|{|..,,{|,|||,|},,|{{{{,{|,.,,..,,,,..,}}}..})))),..}},)))}...}}))))))}.(({{{..,|||...((((....)))).}}),,))))}})).))))))))))..)))))......{(({({(((((,({{{((((((((((((.((((((...(((((.{(((........)))}.))))))))))))))))....}.})}}))},|}))},......)))}|},|,{((({(,.(((((,,.......(((((((((......)))).))))))}}.))..}})))}))})))..))))).,},.}},))})||.........,.{{{....})},},.,.}}}))),..|{{{{{{{....,.{|{...))).....{{{{{{.((((((((((....)))))}...,.((({,..||||,,((((.({....}).))))..,|,,||||,{{|}},,.})))})))))),)))))))}}}))..))))}}))}}}.))))))),))}}...,((((((((({{{(((((((({.((.((((((..,,,{.....,}},.........,...............,,............(((({...}))))((((((((((....)))))))))))..((((((((((((.,({(,....}},}}))))}......((((((....)))))){{{(...}}))})))))))..)))))).)).)))))))))))))))).)))...{(((((,((..((({{{,.(((({((.((,.,|}.}}))}),)}))})),}.}}})}))}}))))}))))))..)))))).{|||,.......,,..,..{((({,,,,......)))),.||,....,}},(((((,.....,((((((...(((((((((......))}}))))))....))))))))))))),}})})))).)))).))))))))..))))))))))))))....}}}}}),,})))),)))),.}}....,,,.{((((((({.((((((({.,(((((((((((...{((((((,..((((....))))..,.))))))).)))))))))))|.,|({{{{|..{{{.{|{|,,.}})),))))))))).,,.....,,{{{{{{...,}}|||||.((((.......)))).||,}|{(((({.(((((....{(((((.....,(((({((((((({(((....{{,,((,((((({{.{{{,((((({,.,.{((((({...,)))))}.......))}}}},|}|.}}}}}}|...,,.}}}}},....,,......,|(((((((((((,({....,,.,..........((((((({,.......{{(((({{{(((((((...|,......},,,,.....||,...((((((....(((((((({...}))))))))))))))....(((((.....)))))....|{||||||,,|,,{{{..(((({,{{{.{{,,(((,((({((,,,,,....}}))))}}}.,)},,))),....,})),,)),..((((((....))))))},},))}))))))))))))))))))))))).,.,,........))))))))))}|)))}.))))))),||}}}}.,,,,.{{({{{{,{,{((.(((((((((((....))),{{{{{{..{{{{{{{(((({{{.,.{{,.,,))..)))))...,))))),,,,,,,,{{{.{{{{|{||||{|,......}|}),,..{{{{{.,,,))})),,,..((((.(((.(((((((({..(((((..,,.})}})..(((..(((((((.....)))))))..))).....((((.....)))).(((...(((.(((....)))...)))...)))..}))))})}}}...))).))))(((((........))))).((((......)))),)))))})})))},,,,}}))))..)))))}....,{{(((....))}.}}}.((((((..(((.(((((.((.(((...,,.,.,{{,...,,}))}..))))).)))))...)))..)))))).............,,)))))))}..,}}..||||||}}{{{,,,..,})}.,,.}}))))..))))))),,,.....}}}))},,,,|}}}}.}})))}||,.,,..},...((((((((((.(.....(({{........))))).))))}})))))}))))))).}))}}}}}}...}},.,}))})....)))))........,,,,,,|{((.((((((((.......)))))))))))})))),,,....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001413748.1 NCBI
AAAUGCUAUCCAAAGGAAGUUACAUUAGGUUGCUGCUUUGAAAAUGAAG… 4642 nt 0.4946
NM_001413749.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4853 nt 0.5166
NM_001413750.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4847 nt 0.5168
NM_001413751.1 NCBI
AAAUGCUAUCCAAAGGAAGUUACAUUAGGUUGCUGCUUUGAAAAUGAAG… 4618 nt 0.4944
NM_001413752.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4829 nt 0.5165
NM_001413753.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4721 nt 0.5145
NM_001413754.1 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 4703 nt 0.5141
NM_004426.3 NCBI
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGC… 5390 nt 0.5247
Showing 11 to 18 of 18 entries
Summary

This gene is a homolog of the Drosophila polyhomeotic gene, which is a member of the Polycomb group of genes. The gene product is a component of a multimeric protein complex that contains EDR2 and the vertebrate Polycomb protein BMH1. The gene product, the EDR2 protein, and the Drosophila polyhomeotic protein share 2 highly conserved domains, named homology domains I and II. These domains are involved in protein-protein interactions and may mediate heterodimerization of the protein encoded by this gene and the EDR2 protein. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the PHC1 as a diagnostic marker for sepsis via machine learning, where it was part of a robust five-gene diagnostic model constructed using the xgboost algorithm [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993]. This model demonstrated excellent predictive performance, achieving an area under the curve (AUC) of 0.987 on a validation dataset.