Basic Information

Symbol
PHC2
RNA class
mRNA
Alias
Polyhomeotic Homolog 2 HPH2 EDR2 Early Development Regulator 2 (Homolog Of Polyhomeotic 2) Early Development Regulatory Protein 2 Polyhomeotic-Like Protein 2 PH2 Polyhomeotic Homolog 2 (Drosophila) Polyhomeotic-Like 2 (Drosophila) Polyhomeotic-Like 2 Polyhomeotic 2
Location (GRCh38)
1:33323623-33431095
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001385109.1
Sequence length
3993.0 nt
GC content
0.6036

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1576.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1646.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1044.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((..(((.(((.(((.((....)).))).))))))...(((..(((((((((((((((((.((....((((((((...(((((((((((((((((((.(((((((((..(((((....).))))...)).))).)))).))(((((((((..(((.(.(((.(((((((((((...(((.((((((.((..(...((.(((((.((((((.((((((((((((((..(((..(((.((((((.((..(((((((((....((((((((((.((((((.((((((((....)))).......((((..(((.((((((....(((((.(((......((((((((....(((.((((.(((............))).)))))))...)))))))).........((((((.(.((((((........)))))).)...)))))).....(((((..(.((((.(((((.....(((((...(((((((((...((((....((..(((((((.(((.........))).))....))))).))..)))).)))).)))))(((((((((((((((((((((((.(((((((((.((((((.((((((.(.(((((((..((((((..((((((....))))))..........((((.((((((..(((((((((.(((((((((.(((.(((((((..(((((..(((((......((((((..(((((((......)))))))..........((..((((...)))).))..))))))(((((((((..(((..(((((...(((((((((..............(((((.....)))))...............(((...(((((((..((((...(((((..............)))))..)))))).)).)))..)))........))))))))).))))))))(((((((..........)).)))))......))))))))).....)))))((((((....))))))((((((.((((((.(((((((..........((((((((((.((....))))))).(((((((...(((((((((((((....((.((.(((((.(((((((((((((.............(((........)))...(((((((........(((........)))..............))))))).......(((......))))))))).........))))))).)))))))))))))))...).)))))))))))))..((.((((..........)))))).......)))))..((((((.((((.(((...)))..)))).)))))).(((((((((((((((((..........(((((...((((.((.....(((......)))...)))))).)))))((((..(((.........)))..)))).))))))))).))..))).)))...(((((.(((.....))))))))......))))))).))))))))))))((((((..((((((((.(((((......))).))....))))).)))....))))))........)).)))....)))))))...)))))))))))))))))))))...........(((((((((((..........))).)).)))))).(((.((((....(((((((((((((((...((.(((..........(((...((.(((.((((.....)))).))).))...))).((((..((((((((....(((((........))))).......))).)))))..)))).........((((........)))).(((((....)))))..............)))))))))).....))))))))))...))))))))))))).))))..)))))))))).))).)...)))))).)))))).(((.....))).)).))).))))(((((((((.((.((....))))..))))))....)))........))).)))))))))).((((((((.(((..............))).))).))))).((((.((....)).))))..))).)))))))(((((((.......)))))))((((((...))))))...((((((((..((((((......)))))))))))))).........((((((((...)))))))).....)))))..))))).).)))..)..)))))...........(((....))).......))).)))))..)))))))))..))))............(((....)))...).))).))))))..)))))))))))))))))))...........(((....))).)).))))))..(((((((((.....))))......)))))..........))).)))....))))((((((.(((......))).))))))(((((((.(((..(((((((..(((((((...((((((((.(((....)))..((((....)).))))))))))((((((.((((((.....))))))......))))))((((((....((......))...))))))((.((((.......)))).))...((((..((((((((((.(((((...(((....)))..)))))))...........))).)))))..))))............)))))))..))))).))..))))))).)))))))))))))(((((....)))))..(((((.((((((.(((((((.((...(((...(((......)))...)))(((....))).))))))))).))).))).)))))......)))))).))))))).)..)).)).)))).)))))))))))).)))))))))....(((....)))(((((((.((((((...((.(((..(((...((((((((..((((..(((...)))..)))).(((......)))))))))))....))).))))).)))))).)))))))...((((((((........))))).))).)))))))))..((((((....))))))......(((((((.......((((((......)))))).....))))))).................)))))))))..))))))))..))))))))............))))))))))))))........((((..(((((............))))))))).(((((.((((((((((((.(((((....)))))(((((....)))))...((((((.((((.((.......)).))))((..(((((((((.(((......)))..((((((((((((.((.(((.((((((((((.((((((........((((..(((((((((((....(((((............(((((.(((.....((((....)))).(((((......)))))..((((((........((.((((((.(((.........................))).))))))..)))))))).)))))))))))))...)))))))))))...)))).(((((((.(((...(.((((((...)))))).).)))..)))).)))(.(((((((((((((((...))))).)))).))).(((....)))....))).).)))))).))))).........)))))..))).)).))))))))))))....))))))))).))(((((((.....(((((((((.(((.......)))..)).)))))))....))))))).))))))(((((((((((((..(((((.(......).)))))..)))))))))).))).....))))).)))).))).)))))....))))).))).((((((((((.........))))))))))(((((((........))))))).)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((({,.(((.(((.(((.((....)).))).)))))).,.(((..(((((((((((((((((.(({...((((((((...(((((((((((((((((({,{((((({({..(((({..,,||||||...||,|||.}}}).))(((((((((,.(((.(.(((.,((((((((((...(((.((((((.((..(...((,({(((.((((((.(((({(((((.,,,,,,{,{{(((((,(.,((.({.(((((((.......}||}||.||.||,.|,}|||}((((,..,||||{{{,,..,{{((,(({,,,((({.,.,||{,..(({,,,|,|((((((((....(((.((((.(((...,........))).)))))))...)))))))){{....|..((((((.,.((((((........)))))).}...)))))),,,,,{{{{{,{(.{{((.({(((.....({{((.,,((((((((({{.,{((,,,,({..(((((((.{{{....,,,,,||,.},.{,{|||||.}}..,}||{|||},|||||((((((((((,((((((((((((.(((((((...((((((.((((((.{.(((((({,.((((((..((((((....))))))..|,.,,,..((((.{{(({{.,(((((((((.(((((((({,(((.({(((((,.(((((,,((((,.{{{..(({(((,.(({{{((.,{{,.}||||}}..,,},....||,,{(((...}})),}|..}}))))(((((({((..(((.,(((((...(((((((((...........,..{((((.,,..,}}))..,...,,......,(((...(((((((({({((.,.,(((,......,,.....,)})))..)))))..))}}))..}})........))))))))).))))))}}{(((({{......,...}|,||||}....,,))))})))).....}}}})((((({....}))))}((((((.((((((.(((((((..........(((({(((({,{,,..,||||||},(((((((...(((((((((((((,,..({,((.(((((.(((((((((((((.............((,...||...})},..(((((((........(((........)))..........},..))))))).......{||,.....))})))))))))}}.....,}|})).})))))))}}}}})).,.}.)))))))))))))..{||(|||,.......,,)}},}}}},}}|.})))}..((((((.((((.(((...)))..)))).)))))).,{((({{{{|||{{||{.,,},..||.,||||,,,||{({({...||{(({...,.||,...)).})),)))))|{{||,((({,,.......,,..,)))})))))))}}.}}..})).))}...(((((.(((.....))))))))......))))))).))))))))))))((((((..((((((((.(((((......))).))....))))).)))....)))))).,,...,.)),)))....))))))}...))))))))))))))))))))),}....,,,,,{{{{,((((((..........))},))},)))))}(((,((((....((((((((((,{{,,...((,,{.,,,.|||,..,,|.,.}|}|||}||{{,,..,||}}.|||,,,...,)),{(((..((((((((.....{(({..{{{{..,})))}})...}))).)))))..)))).........(((({.,......}))}||((({...|||}|......}}}..}}}).,}}})),,.....))))))))))...))))))))))))).)))}..)))))))))).))).)...)))))).)))))).,{{.....,}}.}..))).))))(((((((((.((.({....}),.}}))))))....}}}........))).)))))))))|.((((((((.(((..............))),))).))))).{{{{.{(,,..}}.))))..))).))))))){((((((.......))))))|((((({...}))))),.,{(((({((,,((((((......))))),}}}||}}}|,.,,....((((((((...}))))))).....))}))..}}}||.|,.||{,|..|||||{.{{{{{....,..}}.}))},,}}...))}.}))))},,}}}}},,,...||...,,.....}},|{{....))).,}),))),)}}},)||||}}|||||,,,)))))},.,.,,.,}},,|||,...}}}.))},,})},}||}},......}}}.}|}}|..,}}}})}}..........}|||||}...,,...((((((.(((......))).)))))){{{((((.(((..(((((((..(((((((.,.((((((((,(((,...}||,,{,{{...,)),},)}}}}}}},||||{.{(((((.....)))))}..,,,.||}|||{(((|{,.||||.}}.}}}}...)),))}}|.||||,}||||.}},,,{{..,((((..(((({((({{,(((({.,,{{{....)))..)))))))..,,....,,,))).)))))..)))).|..}}},,..,)))))))..))))).))..))))))).)))))))))))),(((((....))))).,{||||,|{{{{{.{{{{|||,||...}||...(((......))).,}}}|(({....))))))))))))),})),}}},))}}}}},...)))))).))))))).)..)).))})})).))))))))))))},,)))))))....{{{....}}|(((((((.((((((...((.(((..(((..,(((((((({.((((..(,.....,,..)))).,((......))))))))))).,..))).))))).)))))).)))))))...{(((((((........))))).))}.)))))))))..((((((....))))))......{{|||||,,.,.,,((((((......)))))}.|...)}})))),..}},..))}}}....}))))))))..))))))))..))))))))..,...}},...,})))))))))))),...(((((.{{..((((,......,,,,..,}})))))))(((((.((((((((((((.(((((....)))))(((((....)))))...((((((.((((.((.......)).)))){{..(((((((((.(((......)))..((((((((((((.((.(((.((((((((((.((((((,,.((.....}},|(,{(((((...(((((((.({......}).,,))))))(((((...((((....)))).(((((......)))))...(((.((((({(({..{......,.))))}}))))..))).....))))))))))),}...|(((((((((({......}))}},.....,|||.,,..,...))){{(((,,(({((({....{(((((...)))))}.{((....))),.,|,,,...||{(((((((((...))))).)))).)))})))}..}))))..)))))),)))))).))))),........}))))..))).)).))))))))))))....))))))))).}}(((((((.....(((((((((.(((.......)))..)).)))))))....))))))).))))))(((((((((((((..(((((.{......,.)))))..)))))))))).))).....))))).)))).))).)))))....))))}.))),((((((((((.,.....,.))))))))))|{(((((........))))))),,))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330488.2 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 3906 nt 0.6004
NM_001385109.1 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 3993 nt 0.6036
NM_001385112.1 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 4059 nt 0.6038
NM_001385119.1 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 4050 nt 0.6035
NM_001385120.1 NCBI
GUGAUUGCAGUGUUGUGCAGGAAGAGAGAGGGAGUGGAACAAAGACAGA… 3977 nt 0.5952
NM_001385121.1 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 3987 nt 0.6037
NM_001385122.1 NCBI
GUGAUUGCAGUGUUGUGCAGGAAGAGAGAGGGAGUGGAACAAAGACAGA… 3890 nt 0.5918
NM_001385123.1 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 3267 nt 0.5969
NM_004427.4 NCBI
GCAUUGUCUCCGCGGCGGCUGCAGCCCUCGAGCGCCCGCCGCGCGCGCG… 2564 nt 0.6026
NM_198040.3 NCBI
CUCCGCGGGCAGCGUCCGAGCAGCCAGCAGGGUGCGCGGCGCCGAGCCG… 3990 nt 0.6035
Summary

In Drosophila melanogaster, the 'Polycomb' group (PcG) of genes are part of a cellular memory system that is responsible for the stable inheritance of gene activity. PcG proteins form a large multimeric, chromatin-associated protein complex. The protein encoded by this gene has homology to the Drosophila PcG protein 'polyhomeotic' (Ph) and is known to heterodimerize with EDR1 and colocalize with BMI1 in interphase nuclei of human cells. The specific function in human cells has not yet been determined. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.