Basic Information

Symbol
PHC3
RNA class
mRNA
Alias
Polyhomeotic Homolog 3 EDR3 HPH3 Early Development Regulatory Protein 3 Early Development Regulator 3 Polyhomeotic-Like Protein 3 Homolog Of Polyhomeotic 3 Polyhomeotic Like 3 FLJ12967 FLJ12729 Polyhomeotic Homolog 3 (Drosophila) Polyhomeotic Like 3 (Drosophila) PH3
Location (GRCh38)
3:170086732-170181768
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024947.4
Sequence length
12652.0 nt
GC content
0.3784

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3561.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3806.95 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2858.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001308116.2 NCBI
AGUGAUGGAGGAGAGAAGAUGGCGGAAGCGGAGUGAGUGACUAGAUGAU… 12667 nt 0.3785
NM_024947.4 NCBI
AGUGAUGGAGGAGAGAAGAUGGCGGAAGCGGAAUUUAAGGACCAUAGUA… 12652 nt 0.3784
Summary

Predicted to enable chromatin binding activity and histone binding activity. Predicted to be involved in negative regulation of DNA-templated transcription. Located in nucleoplasm. Part of PRC1 complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans identified that the host gene PHC3 produced 12 circular RNA species across specific peripheral blood mononuclear cell subsets in critically ill patients with sepsis due to community-acquired pneumonia [Khan et al. DOI:10.1186/s13054-020-03146-4].