Basic Information

Symbol
PHF19
RNA class
mRNA
Alias
PHD Finger Protein 19 PCL3 TDRD19B MTF2L1 Tudor Domain Containing 19B Polycomb-Like Protein 3 DKFZP727G051 Polycomb-Like 3 Polycomb Like 3 HPCL3
Location (GRCh38)
9:120855651-120894896
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015651.3
Sequence length
4149.0 nt
GC content
0.5664

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1668.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1734.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 848.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..((....)).))))))).(((((.((....(((((((.......)))))))..........(((((((..((((((((((......))))))(((((.........((((..((((((((((....))))).)))))..))))...((((.(....).))))(((((.....))))))))))(((.((((.((((...(((((.....((((((.(((...(((.(((((((((.((.((((((((...(((((((((.....)))).)))))..((((..(((..((((((((((((((........))))))....))))))))...)))..)))).....((((((((((((((.(((...((((...((((((.(((((.........(((.((.(((.....))))).)))..((((((((((((((((..((((...))))(((.((((..(((((((..(((((.....(((((.((((..............)))).)))))...)))))..)).))))).(((((...)))))(((((((..(((((((.....)))))))..((((((((.((.....)).)))))...))).....(((((.((..(((..(((((.((.((((((((((((....).))).).)))))))..)).))))).)))...)).)))))...((....))...)))))))..)))).)))..((((.((((((...)))))..).))))(((((((((.(((....)))...)))))))))))))).........)))).)))))))))))))))))).....))))...)))..)))))........)))))))))....(((((((.((....)))).)))))(((((((...)))))))..((((((........)))))).((((((......((((......))))(((((((((..(((((((.(((......(((((((.(((..((.(((((...)))))))..)))..)))))))...))).)))).))).)))))))))..)))))).)))).))))...)).)).))))))))))...))).)))))).....)))))...))))..)))).)))..)))))))))))....(((....)))..)).)))))....(((((((((((((((....(((..((((((((((.((.((((((....((((((((.((((..((((..((((((((.............))))))))..))))..)))).................(((((.(((((((..((......))))))))).))))).........((((..............(((((((.((((.((((((((.....(((((...))))))))))..))).)))).))).))))))))...))))))))...........((((((..(((((((((.(((((..(.(((((..(((...(((((...........))).))...))))))))..)..)))))..)))))))))...........(((((....)))))...)))))))))))).))..))).)).)))))...))))).)))))))((...((((((....))))))..))...(((((...(((.......)))......(((((((((.((((((((((((((..................)))))))).))))..........(((((((..(((((((((((..((((((((......(((((((.(((((...))))))))))))..(((((((((.....(((((.(((((.(((((((.....))))).)).)))..)).)))))(((..((((...))))...))).((((.((((.((((((((((...)))).((((((((.....))))))))(((((((.(((..((((((((((((((...((((..((((((((((...(((((((((.....)))))..))))..))))...)))))))))))))))))))....((((((....))))))......))))).)))((((....)))).)))).)))..................))))))))))..))))(.((((((....((((..(((.((((((....(.(.((((.(((((((((((((..(((((((..(((((((((.(((.....)))(((((.((((((...)))))).)))))((((((((.((((((((......)).)).)))....).)))))))).((((((....))))))......(((((..((((((((..(((.(((((((((((((..((((((.((........))))))))..))))))))).........((((((((((((...))).)))))))))(((((((((((((((((((....((((((.(((((...(((((.(((((..(((..(((((....)))))(((((((((((.(((((.(.....(((((((....((((((((....).))))))).((((((..((((........))))..)))))).....))))))).......).))))))))))...))))))..((((((....))))))..((.(((((((((..((((.((((((.(((.(((.(((((......(((((.(((......((.(((((((..((.........))..))))))).)).....))))))))........)).))).)))..))).))))))...((((((((((.....(((...((((((.........((....))...........))))))..)))))))).)))))...)))).))))))))).))(((....)))))).))))).))))).(((.(((((.......))))).)))(((((..........((((((...(((....)))....))))))..........)))))..)))))))))))....)))))))).)))....)))))))).)))).)))((((.(((((((.(........).))))))).)))).......)))))))).))))).....((((((((((((..(((((.((.......((((..(((((.(((((...))))).)))))..))))........)).)).))).))))).)))))))..)))))))))...))))....(((((((((..(((....)))))))))))).........)))..)))))).....)))))))...)))).).)..)))))).)))..))))..)))))))))))))))).(((((((((.(.((((((.(((.(((.(((((...))))))))))).)).)))).).))))))))).....(((((((((((..((((...((((((((((((((......))))..))).))))))).))))......((((........))))(((...(((((...(((((((((......)))).))))))))))..))).))))))))))).((((.(((((((...(((((((......(((((.(((((((((.....(((((......)))))....((.(((((((.((...))))))))).)).((((((((((.((((((((..((.((.(((((.(((..(((((((((((((((((((..((..(((((((((((((.....))))))...((((((((((.((......)).))).))))))).)))))))..))..))......)))))((((..((((((((((.((........)).)))))..)))))..))))........))))))).....)))))..))).))))))).)))))))))).))))))))))....))))))))))))))(((...((....))..)))..)))).))).....))))))).))))..))))))))..(((((((((..........)).))).)))).......)))))))).........))).))))))).....(((((((...)))))))...)).)))))))))..(((((.((((......)))).))))))))))...................))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.,{{....}).))))))).(((((.((.{{.(((((((.......}))))))..........(((((((..((((((((((......)))))}(((((.........((((..((((((((((....))))).)))))..))))...((((,,....}.)))){((((.....))))})))))(((.((((.((((...(((((.....((((((.(((...(((.(((((((((.((.(({(((((...(((((((((.....)))).)))))..{(((,.(((..((((((((((((((........))))))....))))))))...)))..)))).....((((((((({{(({.{{(|,.{(((.,.{(((({.((((......,,,.(((.((.(((.....))))).))).{((((((((((((({{(,,((((...)))))|{||(((..((((((({{((((,....,|{{||,,|||}|}}.,,,...|.{||||,}|||}...)))}},,)),)})}}.{{{((,,.|}||},(((((...(((((((.....)))))))...))|||(({((,....}}|}}|||,{{,{|.{{.{((((({(,..(((..(((((.((.((((((((((((....).))).).)))))))..)).))))).)))...,,{||||,...,,..}}))}.})))))))..)),)},),.}|||,}}|{{({...))))}..,..,,,(((((((((.{((....}}),..))))))))))))))},}},.,}.)))).))))))))}}}|}}}||}.....}})},,,))),.}}}))|......,)))))))))....((((({{.((....}))).)))))(((((((...)))))))..((((((........)))))).((((((..,..{{{{{..,,..})}|(((((((((..(((((((.(((......(((((((.(((..((.(((({...)))))))..)))..)))))))...))).)))).))).))))))))),.)))))).))))},})}...)).))}})))))))))...))).)))))).....)))))...))))..)))).)))..)))))))))))....{{{....)))..)).))))).,..(((((((((((((((....(((..((((((((((.((.((((((....((((((((.((((..((((..((((((((.............))))))))..))))..))))..............,..{{(((.{((((((,,{,.....,)}))))))).))))),....,....{{{.,..,.........(((((((.((((.((((((((.....(((({...}))))))))).,)),.)))).))).))))...,...))))))))...........((((((.,(((((((((.((((({{(.{((({.,(((...(((((...........))).))...))))))))}},..)))))..)))))))))...,.......(((((....)))))..,)))))))))))).))..))).)).)))))...))))).))))))){(,,.((((((....))))))..})|},(({{{,..(((.......)))......{((((((((.({((((((((((((......,,..........)))))))).)))).........,(((((((..(((((((((((..((((((((......((((((,,(((((...)))))))))))).,(((((((({.....(((((.(((((.(((((((.....))))).)).)))..}),)))))(((..((((...))))...})).{(((.((((.((((((((((...)))),{{((((((.....))))))|||{(((((.{((..((((((((((((((...((((..((((((((((...(((((((((.....)))))..))))..))))...)))))))))))))))))))..,.{{{{{|....})))))......))))},))|((((....)))),)))).)))}},...,,,,...},,,.))))))))))..)))}{.((((((....((((..(((.((((((...,{.{.(((({(((((((((((((,.(((((((..(((((((({,(((.....)))(((((.((((({...}))))).)))))((((((((.{(((((((......)).)).)))....).)))))))).((((((....))))))......(((((..(((((((({.(((.(((((((((((((..((((((.((........))}})))),,))))))))),|.{{{...((((((((((((...))).))))))))){|||{||{(((((((((((....((((((.(((((,{..(,((.,{((({{(({..{((((....))))}(((((((((((((((((.(.....(((((((.{.,((((((({....}.))))))).(((({(.,((((........}))),,)))))).,.,.))))))).......}.))))))))))...))))))..((((((....))))))..{{.(((((((((..((((,((((((.(((.(((.(((((......(((({{(((......((.(((((((..((.........))..))))))).)).....)))))))).......,)).))).)))..))).)))))).,.((((((((((.....(((...((((((..,......({....))...........))))))..)))))))).))))}...)))).))))))))).)){{{....)))}),.||||},||||||(((.(((((.......))))).))),{{{{.........,||||||}..||,}}..,,,....},})))}}}}.....,),,))..)))))))))))....)))))))).)))...,}}}}}}}}.)))).)))(((({((,((((.(,.....}.},))),))).))))......,)))))))).))))).....{(((((((((((.,((((,.,|},}|..,(({{,,((({{.(({{{,..|}}}|,}}}})..})))},,.,,},}),)).,}}})))))}}}))))}..,))))))))...))))....(((((((({,.{{{....)))))))))))).........))).,)))))).....))))))),).)))).}.)..)))))).)))..))))..))))))}})))))))).(((((((((.(.((((((.((,,(((.((((,...})))))))))).)),,))).}.))))))))).....(((((((((((..(((({..((((((((((((({......})))..))).))))))){{(((,({..,{,,..,}}.,,..}))))}},.,((((...(((((((((......))))},)))))))))))))}.))))))))))).{(((.(((((((...(((((((.,,{..(((((.(((((((((..{{.(((((,...,.)))))....({.(((((((.({...})))))))).}}.((((((((((.((((((((,.{(.((.(((((.(((..(((((((((((({{(((((.,((..{{((({{((((((.....)))))),,.((((((((((.((......)).))).))))))).}))))})..}),,))),,,..}}}}}((((..((((((((((.((........)).)))))}.,))))..))))........))))))).....)))))..))).))))))).)))))))))).)))))))))),,..)))))))))))))),||},.((....)),.,,,..))))}})).....))))))).))))..))))))))..((((,{{,,..,,......)).}},.)))).......)))))))).........))).))))))).....||||{,....}})}}}}.,,}).)))))))}}..(({{{.|{{|......)))).))))))))))..,,,.,,,.,,,,.....))))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001009936.3 NCBI
ACUCGGCCGGGCAGCCGCGGGCCGAGCGCAGCCGCCUCCGCCACCGAUG… 848 nt 0.5767
NM_001286840.1 NCBI
ACCAGUAAGUCGUGUAUUUAGCAUUCAUUCAUCAAAGCCUCCGGAUGCC… 4181 nt 0.5578
NM_001286842.1 NCBI
GAGGGCGGGGCCUCGGGGGGCGGGCCCGGAAGGUUAGACCUUGGGGCGA… 3547 nt 0.5591
NM_001286843.2 NCBI
ACUCGGCCGGGCAGCCGCGGGCCGAGCGCAGCCGCCUCCGCCACCGAUG… 834 nt 0.5767
NM_015651.3 NCBI
ACUCGGCCGGGCAGCCGCGGGCCGAGCGCAGCCGCCUCCGCCACCGAUG… 4149 nt 0.5664
Summary

Enables methylated histone binding activity. Involved in negative regulation of gene expression, epigenetic. Located in ESC/E(Z) complex. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PHF19 was commonly up-regulated in liver tissue following Kupffer cell-specific and endothelial cell-specific exposures to α-particles, as identified through oligonucleotide microarray analysis and validated by real-time PCR [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078]. This up-regulation was part of a broader inflammatory response and chromatin regulation pattern induced by radiation exposure, with the gene expression profile differing from that caused by chemical hepatotoxicants.