Basic Information

Symbol
PHF3
RNA class
mRNA
Alias
PHD Finger Protein 3 KIAA0244
Location (GRCh38)
6:63635802-63779336
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001370348.2
Sequence length
18797.0 nt
GC content
0.3631

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4591.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4972.00 kcal/mol
Frequency: 1.22135e-268
Diversity: 5588.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001290259.2 NCBI
AGUGGGGUCACGUGACACGGCCCCUCUCCAGCUCCCGCGCCGCCGCCGC… 18990 nt 0.3634
NM_001290260.2 NCBI
GCUGAGGCGCGGGCGCGCAGGCCCGAGGCACGGCGGGCGCUGCCUGGAA… 2969 nt 0.3985
NM_001370348.2 NCBI
AGUGGGGUCACGUGACACGGCCCCUCUCCAGCUCCCGCGCCGCCGCCGC… 18797 nt 0.3631
NM_001370349.2 NCBI
AGUGGGGUCACGUGACACGGCCCCUCUCCAGCUCCCGCGCCGCCGCCGC… 18528 nt 0.3625
NM_001370350.2 NCBI
AGUGGGGUCACGUGACACGGCCCCUCUCCAGCUCCCGCGCCGCCGCCGC… 17014 nt 0.3614
NM_015153.4 NCBI
GGGCUGAAAGACACACAGAAGUCUUCAUGGAUAUAGUUGAUACAUUUAA… 18449 nt 0.3567
Summary

This gene encodes a member of a PHD finger-containing gene family. This gene may function as a transcription factor and may be involved in glioblastomas development. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2014]

Forensic Context

A review of human studies on biological age estimation identified the PHF3 as a gene associated with epigenetic aging clocks, being part of a top list of genes linked to 11 such clocks [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192].