Basic Information

Symbol
PHLDB2
RNA class
mRNA
Alias
Pleckstrin Homology Like Domain Family B Member 2 LL5beta LL5b Pleckstrin Homology-Like Domain Family B Member 2 Protein LL5-Beta FLJ21791 Pleckstrin Homology-Like Domain, Family B, Member 2 LL5 Beta LL5B
Location (GRCh38)
3:111732403-111976837
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001134438.2
Sequence length
6042.0 nt
GC content
0.4315

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1683.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1801.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2214.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001134437.2 NCBI
GUGACCACAGUCUGCAGAGGCCAGAGAGAGCAGGAAAGGAAAUGGAAAG… 5924 nt 0.4217
NM_001134438.2 NCBI
ACUGCGUUGCUGCGAACGUAGCUUUGAGAAGCUGGCGCCCAGUGAUGGG… 6042 nt 0.4315
NM_001134439.2 NCBI
GCUAGGGCGGCGGCGCCAGCGUAGAGCGGCGGUUUGGAGGAAAGAUGAG… 5782 nt 0.4203
NM_145753.2 NCBI
GUCUGGUGAGGAAAUCAUCACCCUAGGACGUAAACCCUCCCGCCCUUCU… 6015 nt 0.4304
Summary

Enables cadherin binding activity. Involved in several processes, including negative regulation of focal adhesion assembly; regulation of cytoskeleton organization; and regulation of embryonic development. Located in several cellular components, including basal cortex; cytoskeleton; and focal adhesion. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in humans identified the PHLDB2 as a single-gene blood biomarker, where a machine-learning classifier using differentially expressed genes differentiated healthy controls from methamphetamine-dependent subjects with 87% accuracy and methamphetamine dependents without psychosis from those with methamphetamine-associated psychosis with 95% accuracy [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67]. The PHLDB2 was specifically listed among the single-gene biomarkers for differentiating controls from methamphetamine dependents and for differentiating between the two methamphetamine-dependent groups.