Basic Information

Symbol
PIGX
RNA class
mRNA
Alias
Phosphatidylinositol Glycan Anchor Biosynthesis Class X PIG-X GPI Alpha-1,4-Mannosyltransferase I, Stabilizing Subunit Phosphatidylinositol-Glycan Biosynthesis Class X Protein FLJ20522 Phosphatidylinositol Glycan, Class X GPI-Mannosyltransferase Subunit
Location (GRCh38)
3:196639775-196736007
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017861.4
Sequence length
3038.0 nt
GC content
0.4187

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-894.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -951.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 828.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001166304.2 NCBI
AGCUGGGAACCGCGGGCGCUAGGCGCGCGCACCCAGCACUCGGUCCCAG… 3092 nt 0.4185
NM_017861.4 NCBI
AGCUGGGAACCGCGGGCGCUAGGCGCGCGCACCCAGCACUCGGUCCCAG… 3038 nt 0.4187
Summary

This gene encodes a type I transmembrane protein in the endoplasmic reticulum (ER). The protein is an essential component of glycosylphosphatidylinositol-mannosyltransferase I, which transfers the first of the four mannoses in the GPI-anchor precursors during GPI-anchor biosynthesis. Studies in rat indicate that the protein is translated from a non-AUG translation initiation site. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

A study in human postmortem prefrontal cortex identified gene modules associated with schizophrenia symptoms, where the PIGX was included in the blue gene module, which is located in the 3q29 deletion region and overlaps with the Multiple Sclerosis signaling pathway [Miyahara et al. DOI:10.1038/S41398-023-02449-8].