Basic Information

Symbol
PILRA
RNA class
mRNA
Alias
Paired Immunoglobin Like Type 2 Receptor Alpha FDF03 Paired Immunoglobulin-Like Type 2 Receptor Alpha Inhibitory Receptor PILR-Alpha Cell Surface Receptor FDF03 Paired Immunoglobin-Like Type 2 Receptor Alpha
Location (GRCh38)
7:100367530-100400096
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013439.3
Sequence length
1271.0 nt
GC content
0.5641

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-450.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -471.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 163.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_013439.3 NCBI
ACCCUGGAGGUGCACUGGUUUGGGGAAGGCUCCUGGCCCCCACAGCCCU… 1271 nt 0.5641
NM_178272.2 NCBI
ACCCUGGAGGUGCACUGGUUUGGGGAAGGCUCCUGGCCCCCACAGCCCU… 1052 nt 0.5608
NM_178273.2 NCBI
ACCCUGGAGGUGCACUGGUUUGGGGAAGGCUCCUGGCCCCCACAGCCCU… 1018 nt 0.5589
Summary

Cell signaling pathways rely on a dynamic interaction between activating and inhibiting processes. SHP-1-mediated dephosphorylation of protein tyrosine residues is central to the regulation of several cell signaling pathways. Two types of inhibitory receptor superfamily members are immunoreceptor tyrosine-based inhibitory motif (ITIM)-bearing receptors and their non-ITIM-bearing, activating counterparts. Control of cell signaling via SHP-1 is thought to occur through a balance between PILRalpha-mediated inhibition and PILRbeta-mediated activation. These paired immunoglobulin-like receptor genes are located in a tandem head-to-tail orientation on chromosome 7. This particular gene encodes the ITIM-bearing member of the receptor pair, which functions in the inhibitory role. Alternative splicing has been observed at this locus and three variants, each encoding a distinct isoform, are described. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in Wistar-albino rats demonstrated that the PILRA gene, identified via microarray analysis as differentially expressed following mild traumatic brain injury, exhibited decreased expression in the first hour post-trauma with a gradual increase thereafter [Colak et al. DOI:10.1016/j.injury.2012.01.021].