Basic Information

Symbol
PIP4K2C
RNA class
mRNA
Alias
Phosphatidylinositol-5-Phosphate 4-Kinase Type 2 Gamma PIP5K2C Phosphatidylinositol-4-Phosphate 5-Kinase, Type II, Gamma Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase Type II Gamma Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase Type-2 Gamma PI(5)P 4-Kinase Type II Gamma PIP4KII-Gamma EC 2.7.1.149 FLJ22055 Phosphatidylinositol-5-Phosphate 4-Kinase, Type II, Gamma Phosphatidylinositol 4-Phosphate 5-Kinase EC 2.7.1
Location (GRCh38)
12:57591174-57603418
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024779.5
Sequence length
3176.0 nt
GC content
0.4965

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1077.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1136.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 673.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001146258.2 NCBI
GGUCACGUGACAGCAGCGCAGGUGAGCGCCGCUUCCGGGGUCGGGCGCC… 2887 nt 0.5019
NM_001146259.2 NCBI
GGUCACGUGACAGCAGCGCAGGUGAGCGCCGCUUCCGGGGUCGGGCGCC… 3122 nt 0.4978
NM_001146260.2 NCBI
GGUCACGUGACAGCAGCGCAGGUGAGCGCCGCUUCCGGGGUCGGGCGCC… 3032 nt 0.4957
NM_024779.5 NCBI
GGUCACGUGACAGCAGCGCAGGUGAGCGCCGCUUCCGGGGUCGGGCGCC… 3176 nt 0.4965
Summary

Enables 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity and identical protein binding activity. Involved in 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process; negative regulation of insulin receptor signaling pathway; and positive regulation of autophagosome assembly. Located in several cellular components, including autophagosome; cytosol; and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human traumatic brain injury tissue identified the PIP4K2C as part of a negatively correlated lncRNA-mRNA pair with ENST00000458993 in a co-expression network, based on microarray analysis of differentially expressed transcripts [Yang et al. DOI:10.4103/1673-5374.247467].