Basic Information

Symbol
PIP5K1C
RNA class
mRNA
Alias
Phosphatidylinositol-4-Phosphate 5-Kinase Type 1 Gamma PIP5Kgamma KIAA0589 LCCS3 Phosphatidylinositol-4-Phosphate 5-Kinase, Type I, Gamma Phosphatidylinositol 4-Phosphate 5-Kinase Type-1 Gamma Type I Phosphatidylinositol 4-Phosphate 5-Kinase Gamma PtdIns(4)P-5-Kinase 1 Gamma PIP5K1gamma EC 2.7.1.68 Diphosphoinositide Kinase Type I PIP Kinase PIP5K1-Gamma PIP5K-GAMMA EC 2.7.1
Location (GRCh38)
19:3630181-3700487
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_012398.3
Sequence length
5069.0 nt
GC content
0.6358

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2190.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2268.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1181.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001195733.2 NCBI
GGCGGCGCUUGUUGUUCGGCGGCGGCGGUCGCAGCUCGGGUCCCCCUCG… 4985 nt 0.6347
NM_001300849.2 NCBI
GGCGGCGCUUGUUGUUCGGCGGCGGCGGUCGCAGCUCGGGUCCCCCUCG… 3011 nt 0.6490
NM_012398.3 NCBI
GGCGGCGCUUGUUGUUCGGCGGCGGCGGUCGCAGCUCGGGUCCCCCUCG… 5069 nt 0.6358
Summary

This locus encodes a type I phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase. The encoded protein catalyzes phosphorylation of phosphatidylinositol 4-phosphate, producing phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate. This enzyme is found at synapses and has been found to play roles in endocytosis and cell migration. Mutations at this locus have been associated with lethal congenital contractural syndrome. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described.[provided by RefSeq, Sep 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that moderate running exercise significantly shortened methamphetamine-induced conditioned place preference from 6 to 3 days and identified 12 differentially expressed genes in the hippocampus, including the PIP5K1C which was downregulated in the exercise intervention group [Li et al. DOI:10.21037/atm-22-450].