Basic Information

Symbol
PIPOX
RNA class
mRNA
Alias
Pipecolic Acid And Sarcosine Oxidase LPIPOX L-Pipecolic Acid Oxidase Peroxisomal Sarcosine Oxidase Pipecolic Acid Oxidase L-Pipecolate Oxidase PSO EC 1.5.3.1 EC 1.5.3.7
Location (GRCh38)
17:28950513-29057583
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016518.3
Sequence length
2169.0 nt
GC content
0.5182

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-760.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -796.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((.(((((((((((((......((........)).....))))))).)))))).))))).))).((((..((((((.((((((......)))))).))))))((((((.(((((.(((((((.((..(((......)))..)).((((........))))....)))))((((((.(((.(((((((..............(((.(((((((.(((.((((...((((((...)))....))))).))))).)).))).....))))).(((((((....))).))))((((((((((((((((((((((((((((((.((((..((((...(((((((((((((....((........(((.......)))........))..))))))).....))))))...)))).))))...((((((..((......(((.((((((((((((...)))))........(((((.(((((((((......((((((((((((....))))((((.(((..............)))))))))))))))(((..((((..(((........))).))))..)))...((((((.((.(.((((((........((((.....))))....((((.....))))(((((((.((((((((((...)))))))).........)).))).)))))).)))).))))))))))))))))))))))).....(((.((((.....(((......)))......)))).)))....))))))).)))))..))))))...))).))))...))))))))....)))))))))))))))..............))))))))))))))))....((((((((((.((..(((..(((........))).))).))))).))))).)).((((((((.((((((......(((((.....(((((.((((((..((..((((((((.((...((((((......))))))...))..))).)))))((.((((((((((((.(((.((.(......).))))).)))))....))))))).))..........((((((....)))))).))..)))))))))))((((.(((.......)))))))))))))))))).)).))))))......((((.(((..........)))))))...((((((..((((((((((..(((((((((((((..(((((...)))))..((((.((...)).))))((((((((....((((((((((((((......((((.(((((((((((((((......((((...)))))))))))))....))))))))))((.((((((...((((((........((((......))))......(((((..((((.(........(((((.((((........................((((......)))).....(((((((((........((((((((.(((..((((((.((((...((..((.((........)).))..))...)))))).))))..)))))).)))))........))))))))))))).)))))).))))..))))).(((((.((((......))))..))))).)))))).)))))).)))))))....))))).......))))...))))))))((((.(((.(..(((((((.(((((((.............)))))))..)).)))))..)))).)))).................((((((((..((..(((....)))..))..))))))))))))))))))(((((((.(((..((((((...((((((...(((((...((((((.((((....)).)))))))).))))).))))))......))))))..)))))))))).................................)))..))))))))))((((((.(((((((....))))))).))))))(((((((.....((((((((...))))))))..)))))))((((......))))....)))))).)).))))).))))))...(((..........)))(((((...)))))........((((((((.....))))))))..)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({...(({,,,(((((.((((({(((((((......((........)).....))))))).}))))).))))).))).))|({,((((((.((((((......)))))).)))))}.}}},,,((((((({(((((.((..(((......)))..)).((((........))))....)))))|(((((.(((.(((((((..............(((.(((((((.(((.(({{...((((({...})),...}))}}.))))).)).))).....))))).{((((({....})).)))}((((((((((((((((((((((((((((((.((((..((((...(((((((((((({..,.{{..,.....({{.......))}........))..))))))).....))))))...)))).)))).,,((((((..((......(((.((((((((((((...})))).......,((((,{(((((((((,.....(((((((({(((....)))}((((.(((.,.,,.....,,,.}))))))))))))))(((..((((..(((........))).))))..)))...{(((((.(,{(.((((((........((((.....))))....((((.....))))(((((((.((((((((((...)))))))).........)).))),,))))),}))).)))))))))))))))))))))))}||..(((.((((,...,(((......)))}.)...)))).)))....))))))).)))))..)))))).}})))}})))...)))))))),...)))))))))))))))..............))))))))))))))),.,..((((((((((.{{..(((..(((........))).))).}}))).))))).)).{{(,{.{{|||||,|,}}.,}|.,,,.(((((((((((.(((({{.,,,((((((((.{{...((((((......))))))...}}..)))||)))){{.((((((((((((.(((.((.(......}.))))).))))),...})))))).||{{,{,{....((((((....))))))))),},)))},,,,,|{((({,(({{,...,|||||}},|{{{||||||{{|,||,|||.....,{,,,|{{|,..,,.,,,..}}})),,}.|||{{{..((((((((((..(((((((((((((.,(((((,.,|}}}}..|{||.{|,.,)}}}}}}((((((((....((((((((((((({......((((.((((({(((((((((,....,((({...)))))))))))))....)))))}))))((.((((((...((((((........((({....,,|}}}......,{{{(..((((.{........(((((.((((,,....|,.......,........((((......)))).....(((((((((........((((((({.(((..((({((.((((...{{.,((.({........)),})..))...)))))).))))..)))))})}))))........))))))))))))}.})))}|.))}}..))}},.||{{(,{{||......,,,...}}))).)))))).)))))).))))))),...})))).......))))...))))))))((((.(((.(..(((((((.(((((((.............)))))))..)).)))))..)))).)))).................((((((((..{{..(((....)))..}}..))))))))))))))))))((((((,,(((..((((((...((((((...(((((.,.((((((.((({....,).)))))))),))))).))))))......))))))..))))))))))...........................}}}}..)))..))))))))))((((((.{((((((....))))))}.))))))((((|({..,..((((((((...))))))))..,|||,},((((......))))...,)),,,),,)),})))}}))}}}..})))}}....})))))..))))))))))).........((((((({.....))))}}}}.)))))))},.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_016518.3 NCBI
GCCUUCCUCCUCGUCCUUUAGCCGGGAGCCUGUCUUUGCUUGCCUUUGC… 2169 nt 0.5182
Summary

Enables L-pipecolate oxidase activity and sarcosine oxidase activity. Involved in L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via L-pipecolate. Located in peroxisome. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in Apoe-/- mice demonstrated that the peroxisomal enzyme pipecolic acid oxidase (Pipox) was downregulated in the liver following cigarette smoke exposure, an effect associated with dysregulated bile acid and lipid metabolism [Lo Sasso et al. DOI:10.3109/08958378.2016.1150368]. A study in Apoe-/- mice demonstrated that cigarette smoke exposure induced significant proteomic alterations, including the downregulation of the peroxisomal enzyme pipecolic acid oxidase (Pipox), which is involved in lipid and bile acid metabolism [Lo Sasso et al. DOI: 10.3109/08958378.2016.1150368]. These molecular changes, part of a broader dysregulation of metabolic networks, were substantially reduced in mice switched to a candidate modified risk tobacco product or after cessation, indicating PIPOX's responsiveness to exposure changes.