Basic Information

Symbol
PKD2
RNA class
mRNA
Alias
Polycystin 2, Transient Receptor Potential Cation Channel TRPP2 PC2 PKD4 Pc-2 Transient Receptor Potential Cation Channel Subfamily P Member 2 Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Type II Protein Polycystic Kidney Disease 2 (Autosomal Dominant) Polycystin-2 Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily P, Member 2 Polycystic Kidney Disease 2 Protein Polycystwin R48321 APKD2 TRPP1
Location (GRCh38)
4:88007629-88077777
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000297.4
Sequence length
5089.0 nt
GC content
0.4502

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1581.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1680.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1308.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000297.4 NCBI
AGGCGGCGGCGGGCGCCGGGAAGAAAGGAACAUGGCUCCUGAGGCGCAC… 5089 nt 0.4502
Summary

This gene encodes a member of the polycystin protein family. The encoded protein is a multi-pass membrane protein that functions as a calcium permeable cation channel, and is involved in calcium transport and calcium signaling in renal epithelial cells. This protein interacts with polycystin 1, and they may be partners in a common signaling cascade involved in tubular morphogenesis. Mutations in this gene are associated with autosomal dominant polycystic kidney disease type 2. [provided by RefSeq, Mar 2011]

Forensic Context

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