Basic Information

Symbol
PKD2L1
RNA class
mRNA
Alias
Polycystin 2 Like 1, Transient Receptor Potential Cation Channel TRPP3 Polycystin-L PKD2L PKDL PCL Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily P, Member 3 Polycystic Kidney Disease 2-Like 1 Protein Polycystin-2-Like Protein 1 Polycystin-2 Homolog Polycystin-2L1 Polycystin-L1 Polycystic Kidney Disease 2-Like 1
Location (GRCh38)
10:100288149-100330264
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016112.3
Sequence length
2790.0 nt
GC content
0.5319

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1001.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1055.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 641.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001253837.2 NCBI
AAACAGCUGCUCUCAGACGCCUUUCCAUUUGCUCUCUGCUGGCUAGGCU… 2812 nt 0.5324
NM_016112.3 NCBI
AAACAGCUGCUCUCAGACGCCUUUCCAUUUGCUCUCUGCUGGCUAGGCU… 2790 nt 0.5319
Summary

This gene encodes a member of the polycystin protein family. The encoded protein contains multiple transmembrane domains, and cytoplasmic N- and C-termini. The protein may be an integral membrane protein involved in cell-cell/matrix interactions. This protein functions as a calcium-regulated nonselective cation channel. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal nerve ligation induced significant whole-transcriptome changes in injured dorsal root ganglia, with the PKD2L1 being upregulated 6.26-fold six days post-injury [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].