Basic Information

Symbol
PKM
RNA class
mRNA
Alias
Pyruvate Kinase M1/2 THBP1 OIP3 PK3 PKM2 Cytosolic Thyroid Hormone-Binding Protein Thyroid Hormone-Binding Protein 1 Pyruvate Kinase Muscle Isozyme Threonine-Protein Kinase PKM2 Tyrosine-Protein Kinase PKM2 Pyruvate Kinase, Muscle Pyruvate Kinase PKM Pyruvate Kinase 2/3 Tumor M2-PK EC 2.7.1.40 CTHBP P58 Thyroid Hormone-Binding Protein, Cytosolic Epididymis Secretory Protein Li 30 Pyruvate Kinase Isozymes M1/M2 OPA-Interacting Protein 3 Opa-Interacting Protein 3 PK, Muscle Type EC 2.7.11.1 EC 2.7.10.2 HEL-S-30 OIP-3 TCB PK2
Location (GRCh38)
15:72199026-72231819
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002654.6
Sequence length
2305.0 nt
GC content
0.5662

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-852.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -895.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 438.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((..(((.((.((((((((((((((....((((((((.((((((..(((..(((((..(((((((.((((......((((((((..................((.(((.(((........))).))).)).((((....))))))))))))......))))((.(((.((((((((((.((.(..((((.........))))..))).)).....))))).))).))).))..))))...)))..)))))..).))..))))))..))))))))....))))))).....((((((.(((((((...((((((((((.(((....))).))))).)))))...)).)).))).)).)))))))))))...))..)))..)))...((((..((((((...((((((((((((((((.............(((((((.((......)).)).)).))).((((..((((.....))))..))))......))))))))((((....(((((((........((.....))...))))))).)))).((((.(((((.((..((...))..)).))))).))))..((((((.((((.(....(((((.((((.((.(((.....))))))))).)).....)))..).)))).)))))).)))))))).))))))..)))).(((((....(((((((...(((((....)))))(((((((.((((((((((((.((((((..((.......((((((((((.((((...(((((....))))).)))).)))....((((((((((.........))))).))))).)))))))))..)).)))).))))))((((.(((((.((((......(((.((((.((.........)).)))).)))((((((..(((((((((........(((.(((.((((((..(((....(((((.((((.((..(((.((((..(((...(((.......)))..)))..)))).)))..)).))))..(((((((((((....(((((((.(((((.((((((.......))))))).(((((((..((....(((((...((((.....))))......((((((.(((((((((((((((..((......))))))))))...(((((((((.((.((((((..((((((...))))))...)))))).....((((((((.(((((((..(((.(((((...)))))......)))..)))))))...((((..((((((.....(((((((((.....(((................))).))))))))))))))).))))......))))))))((((((.(......).))))))...(((((((...((((.....))))..))))))).(((..((((.((..........))))))...)))..)).)))))))))..((((((....)))).))..)))).(((((((((.(.(((...(.(.(((((((((((...))))))))).)).).)(((((((.(((....((((((((.......))))))))))))))).))).....((((((.(.((.((.((..(.((((...(((.((.((.(((((((((((.....((((((.....)))))).......)))).)).)....)))).)))).)))..)))))..)).)))).))))))).(((((((...(((....((((...(((((..((((......))))))).))....))))..)))..)))))))))))))))))))).......))).)))))).....(((((((.(((((((((.(((((...(((....))))))))..))))))........(((((((((((......))).....((((..((((.(((..((((((((((...(((....)))...)))).....))))))..))).))))...))))(((((................)))))(((.((.((........))))))).))))))))))).)))))))....((((.(((((((..(((((..(.((((.............)))).).....)))))))))))))))))))))))..))))))))))).)).)))))))))))).))))))))).)))..))).))).))).)))))))).))))))))))....)))).))))).)))).....)))))).)))))))..)))))))...)))))...((((.(((......))))))))))..))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.,,,((({{({,.{{.((((((((((((((.,..((((((((.((((((..(((..(((((..(((((((,((((......((((((((.....{{....,,{{...((.(((.(((........))).))).)).||||...,),)}))))))))......))))((.(((.(((((((({(,((.(..((((.........))))..),)})).....))))).))).))).))..))))...)))..)))))..).))..))))))..))))))))..,.))))))).....((((((.(((((((...((((((((((.(((....))).))))).)))))...)),})},)).)).)))))))))))...)}..||||{|,|...((((..((((((...((((((((((((((((...,.,.......((((((,{((.....})),)),}}.,)),((({..{{{{.....)))),.))))......)))}))))((((....(((((((........{{.....)}...))))))).)))).({{(,(((((.((..{{...,}..}}.}}))}.))))..((((((.((((.(....{{(((.((((.((.{{{.....})))))))).))}..,.,....).)))).)))))).)))))))).))))))..}})),(((((..,.(((((({.{.(((((....)))))(((((((.((((((((((({.((((((.,{(.{,,...{((((((({{{((((...,,,|{}}}}),,}}.))))|))|....((((((((((.........)))))}})))).}))}))),},.)),}))).})))))((((.(((((.((({.{....(((.((({.((.........)).}))).)))((((((..(((((((((........(((.(((.((((((.{(({....(((((.((((.((..(((.((((..((({..(((.......)))}}}))..)))).)))..)).))))..((((((((((,...,(((((((.((({{.((((((.......))))))},(((((((..(,...,({(((,,.((((.....)))).,..,,((((((.(((((((((((((((..((......))))))))))...(((((((((.({.((((((..((((((...))))))...)))))){.(((.,(((...}}}..}))..((((((((((..((((({.,..,{{{.{(((..{(((((((((.,,{{(({.{,,(((((((((.....(({...........},...})}.))))))))))})),)},.)))}})))))).))))|||((({,......),))}}}}...|..}))))).))))))})){{,((((|,.,....,)}}}}},)),,{,..((((....))))...))..}).)))))))))..((((((....)))).))..)))).(((((((((,(.{{{....,,.(((((((((((...))))))))).)).},.(({((({{(((,...((((((((.......))))))))))))))),},).....((((((.(.((.((.((..(.((((...(((.((.((.((((,((((((..,,.((((((.....)))))).....,.)))).}}.)},..)))).)))).)))..)))))..)).))))}})))))).(((((((.,.(((..,,((((,..(((((,.{(((......))))))).))....)))).,)))}.))))))),))}))))))))).......))).)))))).....{((((((.,,,((((((.(((({..,(((....))))))))..))))))........(((((((({((......|||,.,,.((((..((((.(((..((((((((((...(((....)))...)))).....))))))..))).))))...)))),||,,.,|||,|,.,,.....}))},{{({((.((........))))))}.)))))))).}}.)))))))|,,,({{,{(((((((..(((((..{.((((..,,.........)))).}.....)))))))))))))))))))))))..))))))))))).)).)))))))))))).))))))))).)))..))}}))).))).)))))))).))))))))))}..,)))).))))).)))).....)))))).)))))))..))))))),..)))))...|{{{.{{{......})}}))))))..))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001206796.3 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2642 nt 0.5731
NM_001206797.3 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2083 nt 0.5699
NM_001206798.3 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2330 nt 0.5695
NM_001206799.2 NCBI
AAUUAUCCGGCACAUUUUUUAACAAAUGCGUCCUGAUUGUGGAACGCGG… 2595 nt 0.5526
NM_001316318.2 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2525 nt 0.5731
NM_001411081.1 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2642 nt 0.5780
NM_002654.6 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2305 nt 0.5662
NM_182470.4 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2521 nt 0.5724
NM_182471.4 NCBI
GCACAGCAGCUGCACGCGCCGUGGCUCCGGAUCUCUUCGUCUUUGCAGC… 2305 nt 0.5605
Summary

This gene encodes a protein involved in glycolysis. The encoded protein is a pyruvate kinase that catalyzes the transfer of a phosphoryl group from phosphoenolpyruvate to ADP, generating ATP and pyruvate. This protein has been shown to interact with thyroid hormone and may mediate cellular metabolic effects induced by thyroid hormones. This protein has been found to bind Opa protein, a bacterial outer membrane protein involved in gonococcal adherence to and invasion of human cells, suggesting a role of this protein in bacterial pathogenesis. Several alternatively spliced transcript variants encoding a few distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, May 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that exposure to α-particle radiation, specifically targeting Kupffer cells and endothelial cells in the liver, induced a characteristic inflammatory state and altered gene expression profiles [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078]. The PKM was mentioned in the introductory and discussion sections as being over-expressed in response to Kupffer and endothelial cell-specific α-particle exposures, though it was not experimentally studied within the reported microarray analysis.