Basic Information

Symbol
PKMYT1
RNA class
mRNA
Alias
Protein Kinase, Membrane Associated Tyrosine/Threonine 1 MYT1 Membrane-Associated Tyrosine- And Threonine-Specific Cdc2-Inhibitory Kinase PPP1R126 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 126 Myt1 Kinase EC 2.7.11.1
Location (GRCh38)
16:2968024-2980813
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004203.5
Sequence length
2061.0 nt
GC content
0.6730

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-978.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1009.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 504.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((((((((((......)))))........((((....))))...((((.......)))).))))))).)))))..((((((((((((((((((((((((((..((((..(((((((..(((.((.((..((((.(((((..(((((....(((((((((........)).).)))))).((....))(((.(((((..(((........))).)))))..))).((((.(((....)))..)))).)))))..))))).))))....)))))))..)))))))...))))...)))))))))))))(((((((((((((((((((((((((.....(((.....((((((((....)))))))).)))...))))).....))).))))..)))))))))(((((..(((((...((((.........)))).......(((((.....)))))....(((((......))))).....(((((((((((((((.....(((((((.((((..(((((..((((......)))).)))))((((((.((.((((.(((...((((.((((((((((...))))).........(((((......(((......))).....)))))(((((.((((......)))).)))))......))))))))).....))).)))))).))))))(((((...)))))((((((((...(((((((((..(((.((((((....)))))).((.(((((((((....((((...)))).)))))...)))))))))..)))))))))))))))))..((((......))))(((..((((((.(((((((((((((.((((((((((((((.((.(((((.(((((((((((((......)))..((((((....))))))((.(.((.(((((((((((((((((.(((((((((((((..(((((((..(..(((..((((((...)))))))))..).)))).)))..))))))))).)))).)))....)))))))))...))).)).)).).))..)))))))))).))))).)).))).......)))))))))(((.((((....))))..))).........)))))))))))))))..(((...)))..))))))...)))))))))))))))))))).....(((((..((((((((((((((..(((.((..(((((.(.((.(((..(((((.......)))))....))).))).)))))..)).)))..)))))))))))))))))))...((((((.(((..(((.((((.(((((...))))).((((((((((.((((..(...((((.....)))).)..))))..))))))))))........)))).)))..)))...))))))..((((((((((((....(((((((((((....((((.((((...(.((((.((((((......))))))..((((((((((((...((((((((((.((((((.((((((((...(((.(((((.(((...(((((((((...)))))))..))...))).))))))))..))))...))).).))))))))..))))))))))))))))))))..)))))...))))))))......)))))))))))...))))..........)))))))))))))))))..((((((((((((...........)))).)))))))))))))...))))).)))).((((((.(.((....)).).))))))....((((((...))))))....(((((.((......(((((.((....(((((((.((((.(((....)))....))))..(((((((.....))))))).................))))))))).)))))....))))))).....((((((....(((.(......).)))...))))))..)))))))))))))......(((((((..........))))))).......................((((....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,.((((((((((((.,{{(......))||({{..{{{,((((....))))...,{{{,.,}}..)))).))))))).))))),.((((((((((((((((((((((((((..((((..(((((((..(((.((.((,.((((.(((((..(((((.,.{((({.{{{{{{,{,...}}.}|}..},},||},,||{({{.(((((..((,.....,,.))}.)))))..,)).{||{.||{...,))).,)))),)))))..))))).))))....)))))))..)))))))...))))...)))))))))))))((((((,{((((((((,,,,(((((.....(({.....((((((((....)))))))).}}}...)))))....})))))))|,{{||||||||((((,..((,,(,..,,,,}}..}}}}}))))..||||.{{({{..},.))))}....(((((......))))).....(((((((((((((((.....(((((((.((((..(((((..((((......)))}.)))))((((((.(,{((((.(((...((({{((((((((((..,|||}|,,.......{{(((,,,...(((......))).....)))}||{{{{.{{||,.,,,,}))),))}}},.....))))))))).....))).)))))).))))))(((((...)))))((((((((...(((((((((..(((.((((({....}))))),({{(((((((((....((((...)))).)))))...)))))})))..)))))))))))))))))..((((......))))(((,.((((((.,((((((((((({,(((((((((((,,,.(({((({,,(((((((((((((......)))|,(((((,,.,.)})))),|,{,||,{,,{(((((((((((((.(((((((((((({..(((((((..(..(({,,((((((...)))))))))..).)))).)))..})))))))).)))).)))....)))))))))}{{||,.,}.||{}.,,.,})})}},)))}},)))}))}))).}}}}..)))))))))(((.((((....))))..))).........))))))))))))))},.(({...})).,)))))).,.))))))))))))))))))))....,({{{{,,{(((((((((((((..(((.((..(((((.,.((.(((..(((((.......)))))....))).)),.)))))..)).)))..)))))))))))))}}}|||{..(.(((,(((..{{.((((({{{.,{{.(({((({.{(((((((,({((,({.({{{((((.....)))).}}),)).},)))),|||||{,||||||.,,.{{{{{.|{.....}.)).}}||||||||{|||}}}.,,{(({((((({{..{,{{.{|||||.||{(((.{(((((......)))))),,||((((((((((...((((((({(({,((((({((,(((({,..((({((((,.{{|}}},||||{|||}}}))))))).})).,,|||,|||}||||,.}|||{{{|,,.},}}))))))}.))))))))))))))))))))}}))).}},,))))))}},.....},})}}}},,)}}})}}}...}}}}}}.)))))),.)))))))))..((((((((((((...........)))),}))))))),))))}}})}},)})))).((((((.{.((....)).).))))))....((((((...))))))....{((((.({......(((((.{{..,.(((((((.,,,,.(((....))).,,.||,...(((((((.....)))))))...,,.,}.........)))))))}),)))))....))))))}.....((((((....(((.(......).)))...))))))..)))))))))))))..{{{{(({((((..........}}}}}}},,..,,.....,,,...)},},.||||,}..}}},.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001258450.2 NCBI
GCGCGUUCACGGGCCGUUCCCCCUCACGGGAGUCCUCCGCCCGGGCGUC… 1854 nt 0.6704
NM_001258451.2 NCBI
GCGCGUUCACGGGCCGUUCCCCCUCACGGGAGUCCUCCGCCCGGGCGUC… 1925 nt 0.6712
NM_004203.5 NCBI
GCGCGUUCACGGGCCGUUCCCCCUCACGGGAGUCCUCCGCCCGGGCGUC… 2061 nt 0.6730
NM_182687.3 NCBI
GCGCGUUCACGGGCCGUUCCCCCUCACGGGAGUCCUCCGCCCGGGCGUC… 2099 nt 0.6732
Summary

This gene encodes a member of the serine/threonine protein kinase family. The encoded protein is a membrane-associated kinase that negatively regulates the G2/M transition of the cell cycle by phosphorylating and inactivating cyclin-dependent kinase 1. The activity of the encoded protein is regulated by polo-like kinase 1. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

A study in humans identified the PKMYT1 as a hub gene significantly upregulated in burn injury tissues with high diagnostic efficacy, demonstrating an area under the curve greater than 0.68 in receiver operating characteristic analysis [Zhou et al. DOI:10.3389/fgene.2022.829841].