Basic Information

Symbol
PKP4
RNA class
mRNA
Alias
Plakophilin 4 P0071 Plakophilin-4 Catenin 4
Location (GRCh38)
2:158456900-158682879
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003628.6
Sequence length
4603.0 nt
GC content
0.4934

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1452.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1542.82 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1393.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005476.4 NCBI
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… 4474 nt 0.4924
NM_001304969.3 NCBI
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… 4600 nt 0.4935
NM_001304970.3 NCBI
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… 4523 nt 0.4941
NM_001304971.2 NCBI
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… 3101 nt 0.5224
NM_001377218.1 NCBI
GCGCCGCCGCUUCCUCCUCUCCCUGCCAGGAGUUGAAGCGGAGCUGCGG… 4751 nt 0.4995
NM_001377219.1 NCBI
GCGCCGCCGCUUCCUCCUCUCCCUGCCAGGAGUUGAAGCGGAGCUGCGG… 4748 nt 0.4996
NM_001377220.1 NCBI
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… 5842 nt 0.4786
NM_001377221.1 NCBI
GCGCCGCCGCUUCCUCCUCUCCCUGCCAGGAGUUGAAGCGGAGCUGCGG… 5420 nt 0.4915
NM_001377222.1 NCBI
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… 4597 nt 0.4931
NM_001377223.1 NCBI
GCGCCGCCGCUUCCUCCUCUCCCUGCCAGGAGUUGAAGCGGAGCUGCGG… 4745 nt 0.4993
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

Armadillo-like proteins are characterized by a series of armadillo repeats, first defined in the Drosophila 'armadillo' gene product, that are typically 42 to 45 amino acids in length. These proteins can be divided into subfamilies based on their number of repeats, their overall sequence similarity, and the dispersion of the repeats throughout their sequences. Members of the p120(ctn)/plakophilin subfamily of Armadillo-like proteins, including CTNND1, CTNND2, PKP1, PKP2, PKP4, and ARVCF. PKP4 may be a component of desmosomal plaque and other adhesion plaques and is thought to be involved in regulating junctional plaque organization and cadherin function. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that plakophilin 4 mRNA was differentially expressed in the hypothalamus during hypothermia, with 15 tags detected in hypothermic samples compared to 6 tags in control samples, identifying it as an RNA marker for hypothermic diagnosis [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2012.04.017].