Basic Information
Symbol
PKP4
RNA class
mRNA
Alias
Plakophilin 4
P0071
Plakophilin-4
Catenin 4
Location (GRCh38)
2:158456900-158682879
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_003628.6
Sequence length
4603.0 nt
GC content
0.4934
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1452.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1542.82 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1393.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… | 4594 nt | 0.4933 | |
| AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… | 4471 nt | 0.4923 | |
| AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… | 4471 nt | 0.4925 | |
| AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGG… | 4603 nt | 0.4934 |
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Summary
Armadillo-like proteins are characterized by a series of armadillo repeats, first defined in the Drosophila 'armadillo' gene product, that are typically 42 to 45 amino acids in length. These proteins can be divided into subfamilies based on their number of repeats, their overall sequence similarity, and the dispersion of the repeats throughout their sequences. Members of the p120(ctn)/plakophilin subfamily of Armadillo-like proteins, including CTNND1, CTNND2, PKP1, PKP2, PKP4, and ARVCF. PKP4 may be a component of desmosomal plaque and other adhesion plaques and is thought to be involved in regulating junctional plaque organization and cadherin function. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2015]
Forensic Context
A study in rats demonstrated that plakophilin 4 mRNA was differentially expressed in the hypothalamus during hypothermia, with 15 tags detected in hypothermic samples compared to 6 tags in control samples, identifying it as an RNA marker for hypothermic diagnosis [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2012.04.017].