Basic Information

Symbol
PLA2G4D
RNA class
mRNA
Alias
Phospholipase A2 Group IVD CPLA2delta Phospholipase A2, Group IVD (Cytosolic) Cytosolic Phospholipase A2 Delta CPLA2-Delta EC 3.1.1.4 Phospholipase A2 Delta, Cytosolic
Location (GRCh38)
15:42067009-42094562
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_178034.4
Sequence length
4266.0 nt
GC content
0.5427

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1611.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1680.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1125.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((...((((((((......))))))))(((((.((((((((((.....(((((....)))))...)))))))..)))))))).((.(((((((..(((..((((((..(((((..((((((....((((((((.(((....)))((((((((((.......(((((((((((.(((((((((.....(((((((...)))))))((.((.(((....).)).)).))))))))))))))).......))))))).((((((..(((.(((.((((.......))))..)))..(((....))).))).))))))...))))))))))..................(((((.....(((((((((((((.((((((.((((((((.....((((.(((((((....((((.....((((((.....)).)))))))).))))))).))))((((((((((((((...((((((((.(......).)))))))).(((((.(((.((((((...((((((.......))))))...((((((............(((.(((.....))))))(((....(((((((((((.....).))))...))))))...)))(((((((((.(((((.(((...........))).))))).))).))))))(((((((((((...))))).........)))))))))))).....))))))..)))))))).(((((((((((((((((((.((((((..(((((((.((..((((((.(((((.........)))))..(((((((((((((..((((((......))))))))))).(((.........))).((((((((.....(((....((((((((...(((((((((.(((.((((((..((((.(((((....))))).))))..)).)))).))).)))))).............)))..))))))))...))).(((((((((((((..((.((.(((...((((.((((((..(((((((((((......))..))))))(((((((((((.((.(((((((.(....(((((((((((((((((((((((((..(((..((.(((((.((((..(((..(((((.((....)).)))))...))).((.(((((((.(((.(((.((..((((((.......((((........)))).....))))))))))))))))))))).)))).))))))).))....))).....))))))..)))))).((.....))...((((.((......))))))(((.(((((((......))))))).)))(((((((.((((.((((.((((....((((((...)))))).(((..(((((((.(((((((((((...((((...(.(((((((..(((((....(((.((((((.....(((((.(((.(...((((..(((((..((.(((((((..((((((..(((.((((..(((......)))...)))).)))..))))))))).)))).)))))))))))...).))).))))))))))))))..(((((....)))))((((((((((((.(((((((..((((((((.((....)).)))))))).....)))))))((((((..(((((...))))).)))))).......((((.(((.(((...(((((....((.((.((..(((((.......))))).)))).))...)))))..))).))).))))..)))))))))).))(((((.((((((.....))))))..))))).((((((((((((((((((.(((....))).))))(((((((...(((........((((((((...))).))))))))...))))))).................))))))))))))))..(((.....)))..........)).)))..))))))).).......))))..))))))).))...)).))).).)))...))).))))..)))).))))(((((...)))))..............))))))).))))).)))...)))))).))))).)).)))))))))))))((((((..(((((((..((((((..((((((.((((.((((((.......)))))).))))((((..(((..((((((.......))))))..))).))))...((((((((((((((...((((((((..........(((.....((((......)))).......)))..))).))))))))))).....(((((((...((((((((..((((((((.((.(.(((......))).).)).)).))).)))..))))).)))....(((((.....)))))........(((......)))....)))))))...(((..((((((.....)).))))))).........(((.(((((((((((((.(((((((...(((((.((.(((.......((.((.((((((((((((((.(((((((.....(((..((.(((..((((((((((.(.(((((((.(((....)))))))))).).....))))...)))))))))))..)))..))))))))))..)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))).....(((((((((((......)))..))))))))...((((((.(((((((((.(..((((((....))))))..))))))))))..)).)))).))))))))...........(((.(((..((.((((...(((.(((....))))))..))))))..))).))).))))))..))))))..))))))).)).))))(((.((((.....)))).)))....))).))))))))))((((((.((....))..)))))).......))).))))..)))))))))))))...)))))))).......))))))))))))))...))...)))))))........(((((.....)))))...............((((((((((..((....((((((.((((..(((((((((((((((((((((..((((((((.((((((...)))))))))))))).)))))))).((((((.....(((((((.........(((((.....))))).........)))))))..(((((((....)))).))).)))))).((((((((......))))))))............((((((.((((((.((......((((((.......(((((.....))))).....)))))).....))))).))).))))))(((((((..(((...)))...))))))).(((..(((((...(((......))).)))))..)))..(((((((....))).)))).....))))))))))))).))))))))))...))..))..))))))))..(((((((((........)))))))))........)))))).)))).)))).)).)))))))))......(((((((.....))))))).....((((....(((((((.........)))))))...)))))))).))))))))))((((......))))...((((((......))))))((((((((..............................(((((((((((((((............)))))).....((((((((...((((((....(..((...(((..(((((.((((...(((((.(((((.......))))).)))))...)))).)..))))...)))))..)...))))))))))))))...))))))))).(((....((..(((((...)))))..))....)))((((..((((((((..........)))))..)))..)))).((((((((.....)).))))))....((((((((......))).))))).)))))))).............)))))).)).))))))(((((....)))))...((((((..(((.(((...))).)))..))).))).)))))))))))))))))))))).)))).....))))))..)))))..))))))..))))))))))..))(((............))).......))).))).......(((((..((((((....................)))))).)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.(((.,,{(((((((......)))))))}{((((.((((((((((.....(((({....}))))...)))))))..}))))))|,(({(((((((,,(((,,((((((,,{{(({,,((((((.,,.{{(((,,,|||,..}})))|((((({{{{....,,,|((((((((((.(((((((((.....(((((((...)))))))((.((.(((....}.)).)).)))))))))))))))......})))}}}}.((((((..(((.{((,((({.,,,...}|}},.|}|..(((....|}}.}}},))))))..,)))}}}}}}}....,||,,,|,..{{{{(((((.....(((((((((((({.((({({.((((((((.....((((.(((((({....{(((..{{,{(({{{.,,.,)).,,,,}})).))))))).))))((((((((((((({...((((((((.{......}.)))))))).(((((.(((.((((((...((((((.......))))))...((((((............((,,(((.....))))))(((..,.(((((((((((.....).))))...)))))).,.)))(((((((((.(((((.(((...........))).))))).))).))))))(((((((((({...}))}).........)))))))))))).....))))))..))))))))}(((((((((((((((((((.((((((,.(((((((.({..((((((.(((((..{...,..)))))..{((((({,(((((..((((((......))))))))))).{,,.........|((,((((((((.....(((.{..((((((((...(((((((((.(((.((((((..((((.(((((....))))).))))..)).)))).))).)))))).............)))..)))))))).,.))).(((((((((((((.,((.((,(((..,(({{{((((((..((((((((({(......}}..))))))(((((((((((.((.(((((((.(....((((((((((((((((((({{((({..{{{..||.{{{{{.((((,.,,..,||||,.((,,..||,|||}|,,,|,}.((.(((((((.(({{(((.((..((((((.....,.((((........))))..),.))))))))))))))))))))).))||.|||}}}}||,.,..}}}.....})))|||.,}}))},{{...,,||.,,((((.((,,,...}||||}(((.(((((((......))))))).)))(((((((,((((,{{((.((((....((((({...}))))).,,{||{({{(((.({{((((((({,{.((((..,(.(((((((..(({{{.,..(((.(({({{..|..{{{{{,(((,(,,.((((..(((({.{((.(((((((..((((((..{((.((((..(((......)))...)))).)))..))))))))).)))).))))))),)))}..|,|||,||||||||}|||||.,(((((.,..|}}}}{{(({{{{{{{{,(((((({.{(((({{{{.||...,)),)))))))),....)))))))|||{{{.,|||||..,))))),}}}}||,,.......,,}|||.,||,,,,(({{...||,.|||,.,}}}|}},,,)}}}}))))|{{|{{||...,|||...||..||}.....,},})))))},}.|,(((((.((((((.....))))))..))))),((((((((((((((((((.(((....))).))))(((((((...(((........((((((((...))).))))))))...))))))).,...............)))))))))))))).}}}|}}}}.,}}},,},.,...},.})),.))))))),).}.....)))),}))))))}.))...)),}))}}.}}),,.})),))))}})))),))}}(((((...))))).............,))))))),))))).)))...)))))).)))))}}).)))))))))))))(((({{..(((((((..(((((({,((((((.((((.((((((.......)))))).))))(((({,((({{((({,,.,{{...||||||..,)).))))...|||||{||,{||||...{({{,{{|..,,||,...,||.....||||}},,,,})))},...,,},||||||||||}||||||||....(((((((..{((,(((((..((((((((.((.{.(((......))).}.)).)).))).)))..))))).,,.....(((((.....))))).......,{{,......},)}}..)))))))..,,}}.,{||||({{{{{,,|||},{{{{,.......(((.(((((((((((((.(((((((...((((((((.(((.......{.,((.((((((((((((((.(((((((.....(((,,((,{((,{({{{{|||||.(.(((((((.(((....)))))))))).).....}},,,}})),)))||||}..))).,))))))))))..})))))}})))))))}))))))))))))))))))))))..))))))))))).....(((((((((((......)))..))))))))...((((,,.(((((((((.(..((((({....})))))..)))))))))),{|}.|}}}.||||||,..,}}}}.,.,.|||.|||||...,,,|,,,,,,.,||}..})))))|..,,,|})}})))}}})}}))))),.))))))..))))))).}}.))))(((.((((.....)))).)))....))).)))))))))){(((((.((....))..)))))}.......))).))}}..)))))))))))))...)))))))),}}....}))))))}))))))...)}.,.)))))))....,,..(((((.....)))))..,,...........{(((((((,(..({....((((({.((((..(((((((((((({((((((((..((((((((.((((((...)))))))))))))).)))))))).((((({,({..(((((((......,{.(((((.....))))).........)))))))..,((((((....)))).)))})))))}.((((((((......))))))))............{(((((.{(((((,{,......{({(({.......(((((.....)))))..,,.)))))).....}}}}}|,)}.)))))}{((((((..{{|...})}...))))))).(((..(((((...(((......))).)))))..)))..{{{{,{,,...})}.}}}).....})))))))))))).))))})))))...))..,}..)))))))}..(((((((((........)))))))))........,))))).)))).)))).)).)))))))))......{{((({,....,|||||}}.....||||,,,.(((((((.........)))))))...)))}}))).))))))))))((((......))))...((((((......))))))|{{{((({,,.........,....,,,..,........,,,,,,,||((((((............))))))...,,((((((((...{{((((....,.,{(,..,{||,{{{,{.{{{,...{((((.(((((.......))))).))))}.{{||||...||)},.{,||},,.,)},.}}))))))))))}}.,,,,}}}}}}}.||,....,|.}|||},|||||,,,,.,|||,,||,,{(({{(({({{({.,........)))}|{,..,..,,})}{{|||||{..,,.}).))))))....{((((({{...,,,)),}))))),)})})))),........,,,,})))}),)),))|||}(((((....))))).}||{{,,,{{((({{{{.}})))})))}.))),))),)))))))))))))))))}}))),}}))}....))))))..))))),.)))))),}))))))))))..||({{......}},...))),......})}.})}.,.....(((((..((((((..................,,)))))).)))))..,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_178034.4 NCBI
AGAUUCAUGCUGGUCCUAUCCCACUGGGACCGUCGCUGCCACUCAGCCA… 4266 nt 0.5427
Summary

The phospholipase A2 enzyme family, including PLA2G4D, catalyze the hydrolysis of glycerophospholipids at the sn-2 position and then liberate free fatty acids and lysophospholipids (Chiba et al., 2004 [PubMed 14709560]).[supplied by OMIM, Jun 2009]

Forensic Context

A study in humans screened PLA2G4D as a candidate mRNA marker for vaginal secretion identification from the GTEx database, where it was highly expressed in vaginal secretion samples during qPCR evaluation [Lin et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103376]. However, in preliminary CRISPR–Cas12a reaction testing, this candidate showed a low fluorescence signal and was consequently not selected as the final validated marker for the developed rapid detection platforms.