Basic Information

Symbol
PLAGL1
RNA class
mRNA
Alias
PLAG1 Like Zinc Finger 1 LOT1 ZAC Pleiomorphic Adenoma Gene-Like 1 Zinc Finger Protein PLAGL1 Lost On Transformation 1 Tumor Suppressor ZAC Pleiomorphic Adenoma-Like Protein 1 PLAG-Like 1 LOT-1 ZAC1
Location (GRCh38)
6:143940300-144064714
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001317162.2
Sequence length
3269.0 nt
GC content
0.4723

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1028.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1090.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001080951.3 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 3280 nt 0.4671
NM_001080952.3 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3275 nt 0.4730
NM_001080953.3 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3229 nt 0.4735
NM_001080954.3 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3228 nt 0.4730
NM_001080955.3 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 2729 nt 0.4584
NM_001080956.3 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 2767 nt 0.4640
NM_001289037.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 2688 nt 0.4591
NM_001289038.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 2642 nt 0.4603
NM_001289039.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 2745 nt 0.4539
NM_001289040.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 2714 nt 0.4576
Showing 1 to 10 of 27 entries
Summary

This gene encodes a C2H2 zinc finger protein that functions as a suppressor of cell growth. This gene is often deleted or methylated and silenced in cancer cells. In addition, overexpression of this gene during fetal development is thought to be the causal factor for transient neonatal diabetes mellitus (TNDM). Alternative splicing and the use of alternative promoters results in multiple transcript variants encoding two different protein isoforms. The P1 downstream promoter of this gene is imprinted, with preferential expression from the paternal allele in many tissues. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PLAGL1 was analyzed as an age-independent control marker in a DNA methylation-based age prediction tool for whole blood, though it was not used in the final predictive model [Naue et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2017.07.015]. In a separate study in mice, the PLAGL1 mRNA was found to be downregulated in cardiac mesenchymal stem cells following HDAC11 overexpression, as identified through RNA-seq analysis [Zhang et al. DOI:10.3390/biom15050662].