Basic Information

Symbol
PLAGL1
RNA class
mRNA
Alias
PLAG1 Like Zinc Finger 1 LOT1 ZAC Pleiomorphic Adenoma Gene-Like 1 Zinc Finger Protein PLAGL1 Lost On Transformation 1 Tumor Suppressor ZAC Pleiomorphic Adenoma-Like Protein 1 PLAG-Like 1 LOT-1 ZAC1
Location (GRCh38)
6:143940300-144064714
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001317162.2
Sequence length
3269.0 nt
GC content
0.4723

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1028.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1090.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001289041.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 2767 nt 0.4644
NM_001289042.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 3076 nt 0.4678
NM_001289043.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 3199 nt 0.4686
NM_001289044.2 NCBI
CCUUUUCCGCGCCGCCGAGUCGGAGCUGCGCCGCACGCCCAGCGGCCGC… 3150 nt 0.4692
NM_001289045.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3537 nt 0.4727
NM_001289046.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3518 nt 0.4696
NM_001289047.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3082 nt 0.4744
NM_001289048.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3243 nt 0.4733
NM_001289049.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3188 nt 0.4743
NM_001317156.1 NCBI
AUGCCCAUCAGAUUUAAUAGUGUGCCUAUUUGGCAGAAAAAUGGGGUCC… 3606 nt 0.4567
Showing 11 to 20 of 27 entries
Summary

This gene encodes a C2H2 zinc finger protein that functions as a suppressor of cell growth. This gene is often deleted or methylated and silenced in cancer cells. In addition, overexpression of this gene during fetal development is thought to be the causal factor for transient neonatal diabetes mellitus (TNDM). Alternative splicing and the use of alternative promoters results in multiple transcript variants encoding two different protein isoforms. The P1 downstream promoter of this gene is imprinted, with preferential expression from the paternal allele in many tissues. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PLAGL1 was analyzed as an age-independent control marker in a DNA methylation-based age prediction tool for whole blood, though it was not used in the final predictive model [Naue et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2017.07.015]. In a separate study in mice, the PLAGL1 mRNA was found to be downregulated in cardiac mesenchymal stem cells following HDAC11 overexpression, as identified through RNA-seq analysis [Zhang et al. DOI:10.3390/biom15050662].