Basic Information

Symbol
PLAGL1
RNA class
mRNA
Alias
PLAG1 Like Zinc Finger 1 LOT1 ZAC Pleiomorphic Adenoma Gene-Like 1 Zinc Finger Protein PLAGL1 Lost On Transformation 1 Tumor Suppressor ZAC Pleiomorphic Adenoma-Like Protein 1 PLAG-Like 1 LOT-1 ZAC1
Location (GRCh38)
6:143940300-144064714
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001317162.2
Sequence length
3269.0 nt
GC content
0.4723

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1028.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1090.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317157.2 NCBI
UGAAUAAAUCACUUAGGCGAGAUAUAAAUUGGCUUUGUUCCAUAGCAGA… 3784 nt 0.4384
NM_001317158.1 NCBI
AUGCCCAUCAGAUUUAAUAGUGUGCCUAUUUGGCAGAAAAAUGGGGUCC… 3144 nt 0.4462
NM_001317159.2 NCBI
AGCACUCGGUAAGCUUUCUUCUCUGUCGAACACACUGUGUUUCUGGCUG… 3267 nt 0.4555
NM_001317160.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 2753 nt 0.4642
NM_001317161.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3243 nt 0.4736
NM_001317162.2 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3269 nt 0.4723
NM_006718.5 NCBI
CUCACUCUCCGGGCGGGUGCUGGACGGACGGACGGACGGGGCAGCCGUG… 3261 nt 0.4729
Showing 21 to 27 of 27 entries
Summary

This gene encodes a C2H2 zinc finger protein that functions as a suppressor of cell growth. This gene is often deleted or methylated and silenced in cancer cells. In addition, overexpression of this gene during fetal development is thought to be the causal factor for transient neonatal diabetes mellitus (TNDM). Alternative splicing and the use of alternative promoters results in multiple transcript variants encoding two different protein isoforms. The P1 downstream promoter of this gene is imprinted, with preferential expression from the paternal allele in many tissues. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the PLAGL1 was analyzed as an age-independent control marker in a DNA methylation-based age prediction tool for whole blood, though it was not used in the final predictive model [Naue et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2017.07.015]. In a separate study in mice, the PLAGL1 mRNA was found to be downregulated in cardiac mesenchymal stem cells following HDAC11 overexpression, as identified through RNA-seq analysis [Zhang et al. DOI:10.3390/biom15050662].