Basic Information

Symbol
PLCB4
RNA class
mRNA
Alias
Phospholipase C Beta 4 1-Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Phosphodiesterase Beta-4 Phosphoinositide Phospholipase C-Beta-4 EC 3.1.4.11 PLC-Beta-4 DJ1119D9.2 (Phopholipase C, Beta 4 (1-Phosphatidylinositol-4,5-Bisphosphate Phosphodiesterase Beta 4)) 1-Phosphatidyl-D-Myo-Inositol-4,5-Bisphosphate Monophosphatidylinositol Phosphodiesterase Triphosphoinositide Phosphodiesterase Inositoltrisphosphohydrolase Phospholipase C, Beta 4 Phospholipase C-Beta-4 Phosphoinositidase C ARCND2A ARCND2B ARCND2 PI-PLC
Location (GRCh38)
20:9067825-9504593
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001377142.1
Sequence length
5674.0 nt
GC content
0.4020

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1461.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1569.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1463.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..................(((..((......)).((((((........))))))...((((((((...(((((((((((....)))))......(((((((((...(((((.(((.((.((((..(((....(((((((...((((....))))((((((((.(((((((.....))))((((.((((..(((((((.((((..(((((((...(((((((((......)).))))(((((..(((((....((((((.......))))))))))))))))(((.((((((((((((((((((.....(((((.((((((.....((((((((((((....))).))))))))).....)))))).))))).(((((((((..((((.(((((((((.......))))).)))).))))......((((((((.(((((((...........)))))))...(((((((....(((..((((......)))))))..)))))))((((((((.(....(((((......))))).....).)))))))).((.((((((((((((.......)))....(((((..((((.....)))))))))..(((((...((......))..)))))..(((((((....((..(((.........(((((..((...(((((....((((((..(((...........((.((((...((((((....)).))))..((((((((((.(((((.....))))).)))).....)))))))))).)).......((((((((..(((........(((((...((((..((((((....)).)))).))))....)))))..........((((....))))(((((...)))))..........(((((((....)))))))..)))..)))))))).........((((((((.((((.((.(((((((..(((..((......))..)))...))))))).))((((((((...)))).))))......)))).))))))))......((((.....))))..)))..)))))).))))).))..)))))........))).))....)))))))...(((((.((.(((..(((((((((((((((((((((((.........((((.(((((.(((.((((.(((((((.(((.((...(((...)))..(((.((....(((((((..(((((((((((((((..((((.....(((..((((.(((.(((((.(((((.(((......))).)).)))))))))))))))..)))))))))))))...........))))).))))..))))))).....)).)))........)).))).))))............((((((((...))))))))..))))))).))).)))))))))))))))..))))))).)))).))))))..))))).)))))...)))))))))))....(((((((....((((.((((((((...........)))))))).)))).)))))))....)))))))).....)))))))))......(((((.(((((.(.(((.((...((.((((..........................((..((.(((.((..(((((........)))))...)).))).))..))..((((...(((((.((.......)).)))))...))))...)))).))..........)).))).)))))).))).))))))))))).........((((((....))))))....))))))))).)))(((....((((((....((((((..(((.....))).......))))))...))))))....))).............)))(((((.(((((.....)).))).)))))((((.((((((((.(((....))))))))))))))).................)))))))..)).)))))).))).))))))))..((((.((.(((((.((.(((((..((((.((....((((((((...............))))))))....)).)))).))))).)).)))).).)).))))..(((((((.............))))))))))))))))))......)))))))....)))..)))).)).)))...)))))((((...))))....))).)))))).((((((((....))))))))....(((.(((((((........))))))).)))........((((((((((((((.(((((....(((((...(((...(((.((((((((((.......(((..((((..((((..((((((((((..(((((((((((..((((((((((((.....))))))((((((..((((((((((((...))))))..))))))((((......)))).))))))....))))))....))))))))).))..))))((((..((((.....))))..))))..((((.....)))))))).))..)))).))))..)))..(((((.(((....))).)))))...)))))))))).)))(((((.(((.((.......))))))))))..)))...)))))....))))).))))(((......)))............(((((((((......)))))))))...))))))).)))...((((((..........)))))).............)))))).((((((((((((((((...)))).))).)))))))))......((((((((............))))).)))....(((.(.((((((..(((((....))))).)))))))..)))))))))))....((((...............)))).(((.......)))....((((((((....(((((((...)))))))...........(((((.((((.....))))..))))).((((((.((((((((((((..((..(((((((((((..((((((.(((...(((((((.((((.((((.....)))).)))).....(((((.((((.(((((..((((((...))))))...(((((...((((((((((((((((((....((((((...((((((((........(((((((.....(((........))).(((.(((((..(((..((((........((.(((((((...(.(((((..((((((((...((((....((........))....))))..)).((((...((((.....))))...))))..((..(((((((.((((((.....(((.((((((....)))))).).))....)))))).(((........)))(((........))).....(((((.(.((((((((.....(((.(((............))).))).....)))))))).).)))))(((......)))....(((((((((((((..((..((((((.((((((((.(((......((...))......))))))..))))).........................((((((((..............(((.(((........))).))).............))))))))..(((((((((............(((((((.........)))).)))...(((((.....)))))(((((((((((((((((((((...((((.(((.(((.(((((((...(((...)))..)).))))).)))))).(((...(((((((..(((.(((........)))((..((((.((((...........))))..))))..)).((...........)).............))).....))))))).))).........))))))))))))))))))))))))).....(((....)))........((((....)))).((((.......))))))))).))))........)))))).)).)))))))))))))..............))))))).)).........(((((.....)))))((((((..(((.(((((...........((((((((((((............(((((((((.....(((.(((.......))))))...))))))))).....)))))))))))).((((...((.((((.............(((((((..(((.(((......))))))))))))).(((..(((....))).)))....)))).)).)))).))))))))))))))))))))...))))).)....))))))).)))))).)))..))))).)))..)))))))((((((...........))))))....(((((((..((..(.(((((.((((..(((((((......((((((((((((..(((((((..(((.((...((.(((....))))).)).))).)))))))...................))))))))))))....)))))))..)))).))))).)..))....((((((..........))))))((((((((..((((....))))....))))))))(((((((...)))))))((((((((.......))))))))..........((((...(((........)))..))))...))))))).(((((((((.((((((.........))))))...............(((((((...((((((..................)))))).....)))))))..............(((.((((((((......(((((((.............(((((((((....))))))).)))))))))......))))))))..))))))))))))......................................(((((((.((((((....((((..((((........))))..))))...))))))))))))).....))))))))..))))))...))))))))))..........))))).)))...)))))....(((((((.......(((((....))))).....)))).)))........((((((((((((((((...(((((((((.((.....))))))))))).(((..((((((((((..........))))))....))))..)))......)))))))))))))))).........(((((.((((((((((.(((..((((.((((..................((((.....))))......(((.(((((((.....))))(((((((....(((.....))))))))))))).)))...))))))))..))).)))))))))).)))))...(((((..........))))).((((((((((((......)))...)))))))))......)))))..)))).))))).......)))))))))).))))))...))))).)).))))...))..)))))))....))))).))))))....((((...)))).((((((((....((.......))...))))).)))(((((....)))))................))))))))...)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{((({.........((....)}......|.((((((........)))))).|((((((((...(((((..((((((((.((((......)))).(((((((..(((..{.((.(((({,.,,,...,,}}}.,|,,.{((((....))))}...{{({{.((((((...,{|,,,(({({,,,||}||,,,|||....}}),))),}))))}}))),)..)))..))))))).((((..(((((....((((((.....,,,})))))))))))))(((((((({,{....,))))))))))..(((((.((((((.....((((((((((((....))))))))))))).....)))))).)))))...((((.((.(((((((((((((((,.(((..,{{{|{|..|{{|.|,..{{.,,,{{(((,(((((({{,{{{.{,...,}},}}},||.((((.((........)).))))....,,((((((((((((....(((((((.,,,,,...((((((((((((((((((..,.(((((((((......))))))))}|||{{,,,,,,||}|,|((((.....))))}(((((((((((....,......,|..,,((((.{((((((....{{..(({.......,.(((((..((...{((((..,.{(((({,.(((.,.........{{|{{{{...{(((({....}}.}}},..,{{{((((((.(((((.....))))).))))}}...,}|||}||||{||.......{{{{{(((,,(((,,....,,((({{.,,({{{..(((({{..,,))}}})}.}}}}....))}}}..,...,,.,{{{(,..,|}}}(((((...))))}........,,(((((((....)))))))..,)),,)))))))).......,{({((((((.,,,({(({((,{({{..{{|,,|,.}}}}}))..,.}}}})},,})}.{{((((((((...)))).)))),}}...,}}}.)))))))},,.}},{(((.....)))}.,)))..)))))).)}))).))..))))).}..,...))).}}....))))))}.))))..,},.)))))))).))).{(((((....)))))}....))))).....)))).))))))))).,,..,,,.}||{{....(((..((((((((((.{{.......(((((((..{,.((({(((({{{(((((..(((((.(((((((((((((.(((((((((((..,.{,,(,(,({(({{{.||||.{{{{{{{{{({{((({{,{,{{{{,||{{,{{((({{.,,,(({,..,|||,.,,.,,.........,|.|}}.....,.{{{{|.,,,,((((((({...}}||||||.,|||,|||,.,,.,)}..,|||||}}}}}}}}},|{{,.,...}}}..,,}}}}.}}}}}},..,}}.,})))),.....(((((((....((((.((((((((.,.........)))))))).)))).)))))))....,},.}))}}},})))))}.,,}}},,}}|,|||}|{,||}}},|,,,,,,{,{,{{{{....,.....................((.{({{((({((..,,{(({{{....{|||||{{.,|{||,.,,,}))..((((...(((((.((.......)).)))))...))))...,,||{{{{..{{{..|,||{.,|,..,,||,}||,|{{,|((.((((((.(((..((((((....))))))...))).)))))).))..,|.}||{|||||},..(({((({{({{..,,,))},}.....}))))}.,.}},|||{.....|,....,,.....}}))(((((.(((((.....)).))).)))))((((.(((((((({(({....))))))))))))))).....}}}.},}))..)))))).,...,...........))))}})))....)))))))))))},,.}|,||{{((((,,({,.,((,,,,{|,,...}}}.})})},},,,)))},.}}}}}})}),})))),}))))))..{(((.(({..(((((((.............))))))).})).)))){{{{{....|{|.{(((.{(.((.((((((.{{,{..........}},}..)))))))))))))).)).((((((((....))))))))....(((.(((((((........))))))).))).....{{((((.,,,{,((((({((((((.,..{{{,.....}},,{(({.((((.((,,.{.{{{{.,,.)})}},}),)}}}}))}|.((((..{((((((((((..((((((((((((.....)))))).,,,,,..((((((((((((...)))))),.}))))),{(({{....,,)},},)))},,..))))))....))))))))).)}..))))..,,..,}}}}))))))))..,.,}..,,,|}}}},|||,,..{(((({({....))),}))))..,,))),)))},)))))))))),,)).))))).))))).})}.}))}))))..}}........}))))))))))))))))))..|||.{||||..,,,...}}})),}||,,.......(((((((((......)))))))))...,|,,}}}}.,....,,,,,,.,|,.{{{,,|||{{{.....}}}}.,,,))},}}}|||{{({((((({{((.{{|||,||....,)))))))..}}..,.}})}},,,..})))....)))))))).)))}.,},}.|{,,{(||{{||,...|}))),.),)}))}..},)))),,.,,.)})}|||....,}}.,.,}}}}))}..({|,,.....||}...}}...,,|{,...(((((((...))))))).}))})))).)))).))))))))))))).,})))))))|(((((.((((((((((((..((..(((((((((((..((((((.(((...(((((({.{{{{.((({.....)}}}.||||{{{{,,,(((.,,,,..|||,..||||||},,||||||,{{(((,.,{{,,.,,((.((((((((((....((((((.,.((((((((........(((((((,,,.{(({........}}},|{{,,{(({....,,,{,{{,..||,.{((.(((((((..,({((((({,{(((((.(,,.(((.....,.........)),...))))},},.((((...((((.....))))...))))..{.(((((((((......,.....((..((((((....)))))).,.))....|,(((((((.(({.{...........,))).))))))),.{((((.{.((((((((.....(((.(((............))).))).....)))))))).}.))))|(((......))),..,(((((((((((((..{{..((((((.((((((((.(((...,,.((...)).,,...)))}}}.,})))).........................((((((((......,,......{((.{{{........))|,||}.............))))))))..(((({{((({{......|||}{{(((((.......,.))))},},...(((((.....)))))(((((((((((((((((((((...((((,(((.(((.(((((((...(((...)))..)).))))).)))}}}{(({...((((,,,||||..{{{.,......}},((..((((.((((...........))))..))))..)).{{...........)).,,....,.....,}}.....}})}))}...,......,..))))))))))))))))))))))))),,||,{{{....}}},},.,...((((....)))).{(((.......)))))}))).))))........)))))).)).))))))))))))).,............))))))),)),........|||||.,,,,}||}|(((((({,{(..{{,{{,......,,..((((((((((({.,,,........(((((((((.....(((.(((.......))))))...)))))))))...}}))))))))))))..||........................(((((((..(({.{{,......})))))))))))).|,...,,...,})))}))),,..,,,,.,|{||||{,,}},,,}))))))))}}||,,.,}))),)....))))))).)}),,..}}}.,))},),}},..))))))}((((({...........))))))...,(((((((..,{,.(.(((((,((({,{(({{{{{......((((((((((((..(((((((..(((.((...{(.(((....)))}}.)).))).)))))))................,..)))))))))))).,,,|||||,,,,)))).))))}.}..,,....{(((((..........)))))}((((((((..((((....))))....))))))))(((((({...})))))|((((((((.......))))))))|........|||||,,,|||}|,,,..,|.,..,,,},..}}})))}.{((((((({.{(((((,.,,.....))})))..........,,...(((((((...((((((..................)))))).....)))))))...||.......,{(((.((((((((......(((((((,............,,(((((((....})))))),)})))))))......))))))))..)))))))))))),|,...................,...,,},........{((((((.((((((....{(((..((((........))))..)))}...))))))))))))).....)))))))),.))))))...))))))))))}}.,..,|{|{(((({|,....}))))}.}}|,||{||.......{{(((,,,.|}}}},,.,,}}}}},.,....,,,.((((((((((((((((...(((((((((.((.....))))))))))).((({,{(((((((((..........)))))}...})))).,))),.....)))))))))))))))).......,,|((((,((((((((((.(((..(((,{((({..................,,,{.....,}},......(((.,{,((((.....)))),{{|||{....(((.....}}}}}}}}})))),))}...))))))))..))).)))))))))).)))))...(((((..,.......))))).||||||||||{{.......}.||,|}}}}}))),...,.}}}}}..)))),|}}}}...,,..}})))))))).)))))}.,.)))))}}).))))...))..)))))))....))))).))))))...})))}......|{{{,{{{{{.,,.||......,|||{,,}}}}..,,{((({....}}}))|,.............|||,..,}}|..}}))),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000933.4 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5638 nt 0.4023
NM_001172646.2 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5581 nt 0.4023
NM_001377134.2 NCBI
GUAGCCUGGGCAGGUUGGGGCUGCGAGGCGACAGCUCGGGCUCUGGAGC… 5744 nt 0.4119
NM_001377135.1 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5582 nt 0.4029
NM_001377136.1 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5545 nt 0.4025
NM_001377142.1 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5674 nt 0.4020
NM_001377143.1 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5618 nt 0.4026
NM_182797.3 NCBI
ACACACAGACACACACACGCACACGCACACACGGGCGCGCACACACACG… 5601 nt 0.4019
Summary

The protein encoded by this gene catalyzes the formation of inositol 1,4,5-trisphosphate and diacylglycerol from phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate. This reaction uses calcium as a cofactor and plays an important role in the intracellular transduction of many extracellular signals in the retina. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the PLCB4 in cortical astrocytes, identifying it as a key component of the altered Rap1 signaling pathway associated with methamphetamine-induced glial dysfunction [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].