Basic Information
Symbol
PLCD1
RNA class
mRNA
Alias
Phospholipase C Delta 1
1-Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Phosphodiesterase Delta-1
Phosphoinositide Phospholipase C-Delta-1
Phospholipase C-III
PLC-Delta-1
EC 3.1.4.11
PLC-III
Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Phospholipase C, Delta 1
Phospholipase C-Delta-1
Phospholipase C I 1
Phospholipase C Δ1
NDNC3
Location (GRCh38)
3:38007496-38029675
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
Forensic psychiatry evaluation
MANE select
Transcript ID
NM_006225.4
Sequence length
2651.0 nt
GC content
0.5994
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1087.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1130.06 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
579.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAGCAGAGGGUGUUGUGAGCAUAAAACACUGGAGGCGGCACUGCCCCG… | 2698 nt | 0.5982 | |
| AUUCAGGUCCCUGCACCGCACUCCGCUCGGACCCCAGGCCGCCGGUGCU… | 2651 nt | 0.5994 |
Summary
This gene encodes a member of the phospholipase C family. Phospholipase C isozymes play critical roles in intracellular signal transduction by catalyzing the hydrolysis of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP2) into the second messengers diacylglycerol (DAG) and inositol triphosphate (IP3). The encoded protein functions as a tumor suppressor in several types of cancer, and mutations in this gene are a cause of hereditary leukonychia. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2011]
Forensic Context
A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the PLCD1 was dysregulated at both the RNA and protein levels in the dorsolateral prefrontal cortex of subjects with opioid use disorder compared to non-psychiatric controls, as identified through integrated RNA sequencing and proteomic analyses [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y]. This multi-omics analysis, integrating RNA sequencing and proteomics, identified the PLCD1 as one of four genes with convergent dysregulation, implicating it within broader angiogenic gene networks and cytokine signaling pathways found to be altered in OUD.