Basic Information

Symbol
PLOD2
RNA class
mRNA
Alias
Procollagen-Lysine,2-Oxoglutarate 5-Dioxygenase 2 LH2 TLH Procollagen Lysyl Hydroxylase 2 Telopeptidyl Lysyl Hydroxylase Lysyl Hydroxylase 2 Lysyl Hydroxlase 2 EC 1.14.11.4 Procollagen-Lysine, 2-Oxoglutarate 5-Dioxygenase (Lysine Hydroxylase) 2 Procollagen-Lysine, 2-Oxoglutarate 5-Dioxygenase 2 Procollagen-Lysine 5-Dioxygenase Telopeptide Lysyl Hydroxylase Lysine Hydroxylase 2 BRKS2
Location (GRCh38)
3:146035139-146163725
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_182943.3
Sequence length
3749.0 nt
GC content
0.3774

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-944.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1024.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1097.70
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000935.3 NCBI
GCUGCUCCGUGCCUCCACCGACGACCUCACUCAGCUGCGUUACGCGCCG… 3686 nt 0.3757
NM_182943.3 NCBI
GCUGCUCCGUGCCUCCACCGACGACCUCACUCAGCUGCGUUACGCGCCG… 3749 nt 0.3774
Summary

The protein encoded by this gene is a membrane-bound homodimeric enzyme that is localized to the cisternae of the rough endoplasmic reticulum. The enzyme (cofactors iron and ascorbate) catalyzes the hydroxylation of lysyl residues in collagen-like peptides. The resultant hydroxylysyl groups are attachment sites for carbohydrates in collagen and thus are critical for the stability of intermolecular crosslinks. Some patients with Ehlers-Danlos syndrome type VIB have deficiencies in lysyl hydroxylase activity. Mutations in the coding region of this gene are associated with Bruck syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in porcine skin demonstrated that the PLOD2 was significantly increased in response to thermal exposure at 7 days post-injury, as identified via microarray analysis [Price et al. DOI:10.080/15569520903097754]. A study in humans demonstrated that the PLOD2 gene was downregulated in subcutaneous adipose tissue during short-term (0-5 month) weight loss in obese participants [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].