Basic Information

Symbol
ASTN1
RNA class
mRNA
Alias
Astrotactin 1 ASTN Astrotactin-1 Astrotactin KIAA0289
Location (GRCh38)
1:176857302-177164973
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004319.3
Sequence length
7138.0 nt
GC content
0.5147

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2469.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2600.20 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2512.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((((((.((((((.((((.((((....))))..)).)).)))))).))))))(((((.((((.(((((((((.(((..((((..((.((((((((.(((((((...((((((((..(.(((((..((................))..))))).)..)))))((((((((..((((.(((((((((((...(((....)))...((((((..((((((((((((.(((((((......(((((..((((...((((((.....)))))).......(((((((........))))))).......)))).)))))..((((((.....)))))))))))))((.((((.((.(((.(((.(((((................))))).))))))...)).))))))....((((.(((........)))..))))....((.((....)).)).))))))))))))..))...)))).((((.((....))))))))))))).)))).).....)))..)))))))).)))....))))).....)))))))))))))))))))..))))))))).))))))))).....((((((((...(((((.(((((((...((((.((...........((((((((........)))))))).(((((((...(((((...((((.((((((((((((.......)))))..)))..)))).)))).((((((..((((.((.(((..(((...(((((.(.....((((((........))))))(((((.((((((.((((((((((.((.......(((((.(((((((((((((((......)).)))).))).........(((((((.(((((.(((..((...(((((((..((...)))))))))..))......(((((........)))))....((.((...((((.......))))..)).)).........(((((.((.(((((.((..((...(((...(((((......((((....((((((.(((.(((((.........))))))))(((((.(.....).)))))........))))))...))))......))))))))..)).)).))))).)))).)))))))))))))))))).(((..(((........)))...))).......(((.......)))))))))))))).....)).)))))))).)))))..))).)))))).)))))...)))..((.((.(((((((((((((.((..(((.((((.((((........((((((((((((((((((((((...))))...))))))(((((((.....)).))))).)))))).)))))).((((((((((((((...((((((...((..(((((.((((((((((((.(((((((.....(((((((..(((((....)))))...(((((......).)))).....(((((................)))))))))).)).....))))))).....)))))))))...)))..............(((.(((......))).))).((((.(((..(((.(((((........)))))..........((((((..(((((((......)).)))))..))))))((((.(((((((((..(((.....)))((((..(((((((.....((((......).))).....))))))).))))..))))).)))).))))..(((((((.((((((.((((.......(((((((((.(((...)))..))))))))).((((((((((((((((.............)))))))).........))).)))))(((((((((..(((((((....(((.(((.(.((((((((..((((...)))).))).(((((((...(((.((((...(((.((.....)))))((((((.(((((((((((((.((((((.((.(((((((((.((((..((.(((((((.(.((((((((((...((((((..((......(((((((((.((...)).)))).)))))......))..)))).)).(((.(......))))(((..(((((((((((..(((((.(((((((.(..((((((...((.((((...))))..........(((.....)))(((((.((((((((...((.......(((((.((.((((((((((((.(((.(((((....((((.....((((((.....))))))....))))....))))).)))))(((...)))...))))))))))....)).)))))......)).)))))))).)))))...))...))))..))..).)))))))..)))))..)))...)))).))))))))))))))...((.((((....)))).))..(((..(((...((((((...)))))).)))..)))))).)))))))))).))))...))))..)))))..)).))))))..))))((((((..((.....))...))))))))))))))).)))))))))).)))..((.(((..((((((......))))))..))))).)))))))....))))).)...))).)))))))))).)))).)))))..)))).)))))).)))))))...)))..)))))))......((((((((.(((((((........)))..((((.((..((((...)))).)).)))).)))).)))))))).)))))..))..))))))....)).)))))).))))))((....))..(((((((......))))))).......((((((.((........))..)))))).(((((.(((((((.((((.((..(((.((.....((...........)).....)).)))..))..)))).))...)))))..))))).)))).)))).)))..))...))))))))))))))).))..))).)).))))..)))))).....((.(((((.((((...)))).).)))).))........)))))))))))).((((....)))).)).))))...)))).....))))))))))))))))(((((.(((.((((....))))))).)))))(((((........))))).........))))))((((.((.....))..)))).(((((((((((((((...((((((..((...(((((((......((((..(((((((((((((((((...(((((((.(((..........((((((.((((....(((..((......(((.....))).....))))))))).))))))...........(((((((.((....)).))))))).))))))).)))))))))).....((.(((.(..((((.......))))..)))).)))))))))))).((((((......((((.((..((((.....))))..))....)))).....(((((..(((((..(((((((...............))).)))).))))))))))........))).)))...))))......)))))))..(((.((((((((((...((..(((.((..((.(((.((((..(((.....((((((((((.(((.((((((......((((((.......(((.((.((...(((.....((((((((...(((((((..((((((......((.((((((.((((((((..(((....))).......)))))).)))))))).))(((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((............)))))....((((((((...(((((((.(((((.....(((((((.((((.....(((((...(((.(((((((..(((((.((((((((((((((((((...((((.....))))..))))))..)))))))....)))))..)))))........))))))).))))))))(((((.((........)).)))))(((((.....)).)))....)))).))).))))))))).)))..))))...)))))))).......))).)))))))))))))..................)))))....)))).))))))..)))..)).....)))...))))))))))................((((((...))))))..(((.(((((.(.(((((.(..........).))))))))))).)))..(((((............)))))))))))((((((..((((((((.((((...))))))(((((.(((((.((((.........)))).))))).))))).........))))))..)).)))))))))))..)).))))))......)))...)))).))).......)))))).....))))))))).))))))))))......(((((....)))))....(((...((((..(((((((((.(((.((((((((.((((........(((((((...(((((..(((...(((....)))..))).)))))...)))))))(((.(((...))))))........(((((((..((((.....(((((((..(((((((((.......((((..((((((..(((((.....((((((...))))))..((((((((((((.(((.((.....)).))))))(((((.((((.((((.((((((............(((..(((..(((((.....))))))))..)))(((((.....)))))(((((((.((((((((((((........))))))...((((.(.............).))))......((((((((((((...((.((((.(((((.((.......)).))))).))))...))......)))))......))))))))))))).)).))))).......)))))).)))).))))..))))))))))))))..((((....))))..(((((..(((((((((((..........((((..(((..((((((((..((((.((((((..((.(((((((..(((..(((.(((.....)))...)))..)))))))))).)).))...((((...((((............))))))))........))))))))...))))))))..)).)..))))..(((((.((....)).)))))..(((((.(((......)))..))))).........(((((((.(((((.((((........)))))))))..))))))))))))))))))....(((((((((.....).))))))))))))).(((((((((((.....(((........))).....)))))....))))))))))).)))))).....(((.(((.(((((..(((((.((((((((.....((((..((((.(((((......((((((.((((((...)))))).))))))))))).)))).))))......(((((((((((....((((....(((((((((..(((((((...((((((.....(((((..(((((.....((((.((((.(((((((.....((((((((..((((..........)))).)))).)))).(((((.((((((((.((((.((((((((((((((((......))))((((((((((((((((((.(..((....))..).)))))))))...((((.(((..((((.((((..(....)..)))).)))).)))))))..))))))))).........((((((....)))))))))).))))))))..........(((((......)))))...............))))..)))))..........((((...((........)).))))....))))))))..))))))).....))))))))..)))))...)))))..((((((((((......((....((((((((.(((((....((((..........))))....)))))))))))..))....))))))))..))))......))).))).)))))))..))))))))))))).((((((((((.(((((((((.......)))))...))))(((((((((.((..((((((((((..((...(((((((((.((((..((((.(((((......))))))))).........(((((.......)))))......)))))))))))))......)).)))).))))))...)).)))).))))).........)))))))))).....))))))).)))))))))))).)))))...))))).))).)))....((((((.(((...((((.(((.......))).)))).((((((((.(((.(((((........))))).))).)).))))))((((((((((.((.(..(((((.(((...((((.((((.......)))).))))..))).)))))..).)).)))))..)))))......))).))))))..((((((....)))))).....)))).......))))))))))))))))..))))..)))))))..)))))))))))).)))(((((...(((((((...)))))))..))))).((((....))))(((.....)))..)))))))))..))))...))))))...)))))))))..)))))))))))))))))))).((((....))))......((((........))))...((((...((((......))))))))..))..))))))))))))..))))))))).(((((.(((((((((......(((((.(((((((...................))))))).))))).(((((((((...(((.(((.((...................)).))).)))...))).))))))................(((((....)))))............))))))))).)))))...........))))..)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{,{{((,{((((((((((((.((((((.((((.((((....))))..}),)).)))))).})))))(((((.((((.(((((((((.(((..(((,,{(,{((((((((.({(((((,{,(({(((((..(,(((((..(({,....,,.....|}.}}..))))).),.}))))((((((((..((({.(((((((((((...(((....)))...((((((,.(((((((((((({{{,,{({..{{,,({{{{{{{......{((({{.....))})))||,.,,,,,})}.}|{{{{..{{{{((((.(((.(.((((((((.{(.((((((.....))))))))|.(((((.((((.((.(((.(((.((((({{,...,},.......))))).))))))...)).))))))},)),.,,.,{{........)).)))}})).).))).))))))).)))))))))))))))..))..,)}}}.({,(,{{....})))))))))))).)))).}.....)))..)))))))).})),},,))))).....}})))))))))))))})))..))))))))).))))))))).,...{{(((((({,.{((((.{{||{{{..,((({,{{.......|||||||||||||....{{{||||}||,{(((,,,,}}}|{{|,.,}||||,{{{(((((((((.......))))}.}))},,||,|{||||{,,,,,,..||||}||.,||}.,{{.,.,{{{{.{,,,,.||{|{{,..,,.,,||||||({(((|(,((({(((((((((((,((,,.({.,({((((((({{{((((((({(......,).)))).)))...,...,{(((((((.((({{,{{(..,{,,.(((((({..((...},})))))}..,|,...{{(({{{,,,,,,..}}|||{,{{{,.,{.,,|({{.,,....||||.|}|,,||..,,,,,{(((((.((.(((((.((,,{{{((({{.(((((,,........{((....)))||}|||}|,|||}},..,{,{|||||||.,((((.,..,{{|{|||,.........,,.,))|,||}}}..,,}|}|||||||,,||.||,|}}||,||}|.}||}||||}}}}})))}}.(({..(((........)))...)))..,,,,,{((,......}}}))))))))))).,,}.)),)))))))),)))),.|))),))||||,}}}},.,{|||{.,,.(({((((((,,(((({.,,,{((({((((,{((({.,...((((((((((((((((((({{(({..,||||...))))),{{{((((.,,,,||.|||||||||||}.|}}}}},,,(((((,((,((({({(((((({..,,}}|||||}|}.||||{||||}(((({{{...,,({,{{|||.(((({....}))))...(((((......),}))).....{{{{{.....,,......,..}}}}}}||||,|,..,,,)))))))..,,,|||||}}}|{.((((((.,...........}.)))))}.},.}|||}}},||||,|||.,|||.(((((........)))))..........{{||||}}{||||||..,,,,)})))))),,)))))|{{,,|(({{|||||.|{|,,...}))),,{{..{||||||}}},.||}|..,..})})))}...))))))))|)))},,)))))}}))),,|||,,({{((((.{{{|||}||||,,,..,.(((((((((.(((...}))..))))))))).||{{{{{,((((((((...{....}....))))))))..,,...}})))}}}..,{((((((((,.((((({{,...,||||||||.,||{{.|||||||{.,.{{{{...,..)}}),{|||||||||||..,{{{,({....,|||||{{,(((,(({{{{(((,||{.,||{|||||.||||||||{,|{{|,,||,|{{{|||||,{{|{{{||{{,.,{|{{{(,,((......(((((((({.{{...)).)))).)))))......)),,)})),)).||{,{(,..,,}},,.{{{.,,,,{|||{{,.,|||{{,(({{{|{..|||{{(({...{{|((({{{{||||..,,.,,,..{{{,,..,)))|||,,.{{{{{((({,.....,,,,,,{|||,|||{((({{(((((({({(,(((((,...((((...,.((((((.....)))))).},|}}}}....))}}}.}||||,{,.|||||.,,|||||||}||{{{{|{{||||{..{{{,{|{|{||||||{|||||{{{||{{,,,,|,|,},|||||}}|||..}}|||,,}|}...|||},}||}||||}||}|||,,{{.((({.,,,|}||,||..{{|,,|||,,,{(((({...)))))).}}}..}}}.})}|))))))}}}.))))}.,}|||..,||||,,||,||||||,{||||((((((,,({....,))...)))))}|||||||||{|,|||,||,,{|||..,,.(((..((((((......))))))..)))}},||||,.....|)))..)).,.}.},},))))))))})))}.}}|}|,,||}|,,}}},},)})))))...))}..}})))))}}}}.,||||{{|{,|{|{(((.......,))}..{(({,{{..{{{{,,.}}}}.}|,|||}.||||,}}}|||||{|||,|{{,}..,,))),.}}}))}))),||.||||||{{{..,({..(((((((......)))))))}}..,||{{(({,.((({{{{{{{{|{{||||||,(((((.(((((((.((((.((..(((.((.....((...........)).....)).)))..))..)))),)}...)))))..))))).||||.}}},.)))..,},,.))))})))))),)))})}.})))})}.|||}..||}|||.{{..(,{((((,.,,,..}})))).,,)}))},}},,.}}|||}||||||}|||{((((.,{.||}|{||{||||{{.}|||{{{,{||}|||||||||||||(((((.((,{((((....))))))).))))),,...})))))).,,,,,.......,.||||||((((.(,,....)).,)))).|||,|||(((((({,..||||{{,.......,{|||||.|||||||||}}{{,,,{,{{,{|||||,..}|||||{.{(((.{{((.....((((((.((((....(((..,,......(((.....)}}.....},))))))).))))))...}}}},,,,,||,||{}||}},,)),)))}))}.)))))),.)))))))))}}}|},|},,,|}|,}|||,,.},{,{||||...}))))|||||||||}|||{(({,,,{,...,(({(({{((,,......,||{{{{....{{{{...}}||{||}}|||((.{(((...({{{{{{{{....{{{{((((((((||,.,}}||{{{{{{,{{|||||,,,..||||{{...,||,},,,.,|,|.|||,|})||,....}}}|||.,,}}|}}||,.||,|}}}}},,,}}||,,{((((({(((,(((((({{{(.,(((({{.,,.|{{{,,.{({(({{{(((....,({(((({{.{,(({{,{{|,|{{((({{{{,.((.((((((.((((((((.,(((....))).}.....)))))).)))))))).))(((((((((((((.{((((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((,...........))))},..{((((((((.,.(((((({.((((({..,.{{{(||(,{(({.....(((((...(((.(((((((,.(((((.(((((((((((({(((({...((({.....)))}..))))))..)))))))....)))))..)))))........))))))).))))))))(((((.((........)).)))))((({(.....)},,})....})))})))}},,)))))).)))..)))).}.)))))))).}.,}..}))))}))))))))))),..,,......,,......))))....))))}))))))..))}..}}.....)))...))))))))))||||,...,.,,....||||{|...}},}))||{{{,||||,.|,,,|||}|}.,.,,,,,,),}}))))))),)}}))})|||||}}...}}}},,}))))))),)),((((((..((((((((.((((...))))))(((((.(((((.((((.........)))).))))).))))).........))))))..)).))))))))))))},,.}}}}}|.,,..,}}}..}))))})})}}},...|}}}}}..,..|||||,||,.,,)),)))))......(((((....)))))...,|||}}}||||}}|{{|||{|,.,{{.{{((((((.((((,,......(((((((...(((((..(((...{((....)))..))).)))))...))))))).,.{(({,..||||||,...,,,.{((((((..((({,,...(((((((..{({((((((,,....,((({,,(((({(.,(({{{,{{,,(((({,..,}}}}}),,{|{{|||{{{(({{{{,{{..}}}}}.||||||{{{((.((((.((((.(((({(,.......,,{{{......,(((((((.....)))))))}(({{((((((.....}}}|)|.}}}||.|||||,((((((........)))))}...((((((..(((...{{.{((....))).,,.)))..)))))).......{(((.{((({.((.......)).})))}.)))).{{{,,....,}}|((((({..|..(({....))).,})))))),,,,...}}}))).||}|,}}}}.,)))))})))))))}.,{(({....}}}}....{{{,|||||||||{||||{,......((({..|{{..((({((((,.({{{.((((||,.{(.(((((((..(((..(((.{((.....}}}...)))..)))))))))).}}.}}...{|||.,.{|||,.,.........}}||||}},{,,....}}}})))),,,))))))))..)).,..))))..{{{{{.||,,,,)).}}}}}..(((((.(((......)))..)))))....,,|{.(((((((.(((((.((((........)))))))))..)))))))}},,.,,,,,,..,.(((((((((.....}|,)))))))})})),|||||||||||}....,|{,.,,,,||,||....,}}}}}}}},}})))),,}}}.))))))....,(((,({(,(({{{..(((((.{{({((((.....{{{{,,||||,{{{{{,,,,..|||||{.{({(((,,,||}}},.))))))))})}.)))).)))),,,,,,||||||||({{.,,.{{||.,.{((((,,.}}}}|{|{{{|,..|||.}}}.,}}||||{..{{||{,....((((,((((,(((((((,..{{((((((((..((({..........}))).)))).)))).||,...{{({{{{((({{{((((({{((((((((((......))))|||{{((({{(({(({{{.|,.{|...}))..,,))})))))),,,||||.{{{..((((.((((..(....)..)))).)))).)))))))..))))))))),....,...{{((((,,,,|||||||||,,|||||||,,.,.,..,},.)}}))),.....,,....(((((.,.((....)).,.))))}.........,,,....{{{,|{..,(((,{,....,|,||||||{{.}}||,||{{...|||||,,,.,)))),...,)))).}}.}}||||,............,}}|{((({{(((((....((((..........))))....)))))))))))})))}..,}}}}}}}|,,||||,,.,,,,,,,|}||},||||||.}})))})),,)}..)})})}})))))))))||||,,,,...))))}...})}}(((((((((.(({.((((((((((..((..,(((((((((.((((..((((.(((((......))))))))).....,,..,{{,,.......))),,......)))))))))))))..,,..}}.)))).)))))).,,)).)))),,))))......}}))))}))))}),})),}))}))),)}}}})}}}))},))}}}.,,)}))),)}},))),|,,{{{{||||{{.}|.||.}|||||,,,,,...},,{((((((((((.{{{.|||||,.......|||||,|}}.}}..)))))))|{{{((,{|{|.,{{{{,,,.,,{,{{({{{{{{{.....|}}}||,.}},,||})|,|||||{{|{||{|||,|.{{{{{..,,,,,}}}}||}|}}..,|||||}}..))}))}.....}}),...,,,.))}))))})))))))}.,))}}..)))}}||,.}}}}))))}}}},}}}||||||,,|||{{|({{,|}||},,,.,}||{{(,...}}}}),}{,,...,.)))}}},,||||||{{,},....,,,,,,..})),)))))}|||||},,|||}}}},)))}},.|||}},,,}}}},|,.,||||{,,...,.,}}}....||||,,,{|||.....,)))))))),.,,}})}}})))))))),,}}))))))),|{{{,.{{(((({{,......(((((.(((((((...,{{..........,,,))))))).))))).,,||||||,,|.|||,|||.||...................}|.}}}.},)}},}}},))))}),||,.......,|{{{{{|{{{.,,|,,....,}},..,}},)))}))))).}))},......|||..,,},.,)).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001286164.2 NCBI
AUCGCAGCGCUAGGAGGAAGGCGGCCGGGGCUCAAGAUGGCUUUAGCCG… 4013 nt 0.5557
NM_001364856.2 NCBI
AUCGCAGCGCUAGGAGGAAGGCGGCCGGGGCUCAAGAUGGCUUUAGCCG… 7162 nt 0.5156
NM_004319.3 NCBI
AUCGCAGCGCUAGGAGGAAGGCGGCCGGGGCUCAAGAUGGCUUUAGCCG… 7138 nt 0.5147
NM_207108.3 NCBI
AUCGCAGCGCUAGGAGGAAGGCGGCCGGGGCUCAAGAUGGCUUUAGCCG… 3714 nt 0.5622
Summary

Astrotactin is a neuronal adhesion molecule required for glial-guided migration of young postmitotic neuroblasts in cortical regions of developing brain, including cerebrum, hippocampus, cerebellum, and olfactory bulb (Fink et al., 1995).[supplied by OMIM, Jun 2009]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that exosomes from adipose-derived stem cells expressed more of the ASTN1 than those from fibroblasts, promoting SIRT1 expression and enhancing endothelial progenitor cell function under hyperglycemic conditions, indicating its application in diabetic wound healing [Cheng et al. DOI:10.1093/burnst/tkae043].