Basic Information

Symbol
PMAIP1
RNA class
mRNA
Alias
Phorbol-12-Myristate-13-Acetate-Induced Protein 1 NOXA APR Immediate-Early-Response Protein APR PMA-Induced Protein 1 Protein Noxa Adult T Cell Leukemia-Derived PMA-Responsive
Location (GRCh38)
18:59899644-59904305
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021127.3
Sequence length
1899.0 nt
GC content
0.3665

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-494.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -533.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 495.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001382615.1 NCBI
AGAGUUUCCCGGGCACUCACCGUGUGUAGUUGGCAUCUCCGCGCGUCCG… 1917 nt 0.3709
NM_001382616.1 NCBI
AGAGUUUCCCGGGCACUCACCGUGUGUAGUUGGCAUCUCCGCGCGUCCG… 2050 nt 0.3854
NM_001382617.1 NCBI
AGAGUUUCCCGGGCACUCACCGUGUGUAGUUGGCAUCUCCGCGCGUCCG… 2029 nt 0.3918
NM_001382618.1 NCBI
AGAGUUUCCCGGGCACUCACCGUGUGUAGUUGGCAUCUCCGCGCGUCCG… 2044 nt 0.3850
NM_001382623.1 NCBI
AGAGUUUCCCGGGCACUCACCGUGUGUAGUUGGCAUCUCCGCGCGUCCG… 4118 nt 0.3810
NM_021127.3 NCBI
AGAGUUUCCCGGGCACUCACCGUGUGUAGUUGGCAUCUCCGCGCGUCCG… 1899 nt 0.3665
Summary

This gene belongs to a pro-apoptotic subfamily within the BCL-2 protein family, referred to as the BCL-2 homology domain 3 (BH3)-only subfamily, which determine whether a cell commits to apoptosis. In response to death-inducing stimuli, BH3-only members inhibit the anti-apoptotic BCL-2 family members, which under steady-state conditions keep the multi-BH domain proteins BAX and BAK, in an inactive state. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in human and rat skin demonstrated that UVB irradiation induced significant transcriptional up-regulation of the PMAIP1 in both species, with fold changes of 10.7 in human and 12.5 in rat skin at the peak of hyperalgesia [Dawes et al. DOI:10.1371/journal.pone.0093338]. A study in human keratinocytes and mouse skin demonstrated that X-ray irradiation (5 Gy) induced significant gene expression changes, with 16 genes upregulated and 59 downregulated at 3 hours post-exposure [Koike et al. DOI:10.1269/jrr.46.173]. The research identified the PMAIP1 as a proapoptotic gene mentioned in the context of UVB irradiation, though it was not experimentally studied in this specific investigation of ionizing radiation.