Basic Information

Symbol
PMPCA
RNA class
mRNA
Alias
Peptidase, Mitochondrial Processing Subunit Alpha Alpha-MPP KIAA0123 INPP5E MAS2 Mitochondrial-Processing Peptidase Subunit Alpha Inositol Polyphosphate-5-Phosphatase, 72 KD Cerebellar Ataxia 1 (Autosomal Recessive) Inactive Zinc Metalloprotease Alpha SCAR2 CLA1 P-55 Mitochondrial Matrix Processing Protease, Alpha Subunit Peptidase, Mitochondrial Processing Alpha Subunit Spinocerebellar Ataxia, Autosomal Recessive 2 Peptidase (Mitochondrial Processing) Alpha Cerebellar Ataxia-1 EC 3.4.24.64 CPD3 MPPA
Location (GRCh38)
9:136410630-136427992
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015160.3
Sequence length
2086.0 nt
GC content
0.5676

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-798.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -834.66 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 357.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...((((((.((((((((((((((..((((((((((...)))).(((((.((((.(((.(((((((.(((((..(((((....)))))))))).))))..((...((.((.((.((((..........)).)).)).))))...))....))).))).)))).))))).........((((((..(((((.....(((((((...(((((.(((((.(((.(((..((((((((((.((.(((...........(((((((..(((((((((.(((((........(((..(((((..(((((..(((.((((....((.....))..)))))))..)))))........((((.((((((((..((((.(......))))).))))))))...))))............((((((.(((.(((.(((.((.....)))))..))).))).))))))..((((((((((((.........)))..)))))))))((((((...((..((....)).))...))))))((((((.((..........(((.....)))((((((((((((.(((((((.((((((((.((.....(((.(..((..(((.(((((.((((.................)))).)))))...)))))..).)))..))))))))...((((((.....))))))..((((((....((....))....)))))).(((((.....)))))......(((.((((..(((.((((....))))))))))).)))((((((((((..((((.((((.(((((((((......)))...(((((((.((((((.((((((((((.(.((((((((((........))))))))))).))....((((((....(((..(((.......(((((.....))))))))...)))....))))))......(.(((.(((.((((((.((.(((.(((((..((.((((.....)))).))..))))))))........((.....)))).)))))).)))))).).))))))))..))))))))))))).....)))))))))).)))))))).........))))))....((((.(.(((((((.....(((.(((((((.((.(((((.((.(((((((((.(((((((((((......(((((...((((.((......)).))).)...)))))..........)))))))(((((((...(((((((..(((((....)))))..(((((...............)))))........)))))))))))))).(((...))))))).))).)))))).)).)))))))))).)))))).)......)).)))))...).)))))).))))))).)).))).)))))))...))..)))))).(((.((((......)))).)))......(.((.((((..((((....))))..)))).)).).))))).))))))))....))))))).)).)))))))(((((.(((.......))))))))........((...((((((.....))))))...))((((((.((..........)).))))))))).))))))))))))))).))).).)))).)))))...))))))).)))))...)))))).((..(((((.....)))))..))..)))))).))))).)))).(((((((..((((...))))..)))...))))....((((.(((((........)))))..))))..((((((((((..((...((((...((((((((((((.....(((.(((((((((.(((....))).))))))))))))((((((..(....)..)))))).(((((((((((..(.((....(((((((((.....(((....)))......))))))))).(((((((((.((((...)))).))((.(((((....)).))).)).)))...)))).)).)..))))))))))))))))))).))))..)))))).)))).)))))).......))))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((...((((((.((((((((((((((..((((((({{(,..}}||,(((((.((((.(((.(((((((.(((((..(((((....)))))))))).))))..((...((.((.((.((((..........))})}})),}}))...))....))).))).)))).)))))||....||.((((((..(((((.....{((((((...(((((.(((((.(((.(((..((((((((((,((,(((...........(((((((..({(((((((.(((((........(((..(((((.{(({{{..(({{((((..,.((...,,)}..))))))).,|||}}|.......((((.((((((((.,(({(,,....},)))}}.)))))))).,,|}}}...,||.,,...((((((.(((.(((.(((.((.....))))},.))).))).))))))..((((((((((((.....,...}))..)))))))))((((((...(({,{(....))}))...))))))((((((.,{.,,,......(((....,)})((((((((((((.(((((((.((((((((.((..,,.(((.(..((..(((.(((((.((((,,........,......)))).)))))...)))))..).)))},))))))))..{((((((.....)))))),}((((((....((....}}....)))))).{((((.....))))}......(((.((({..(((.((((....)))})))}))).)))((((((((((..((((.((((.(((((((((......))),{.(((((({,((((((.((((((((,{.,.((((({((((........))))})))))|.|.....{(((((....(((,.(((.......(((((.....)))))))).},)))....)))))}....,.,.(((.(((.(((((({{,.(((,(((((..((.((((.....)))).))..)))))}}).}....,,||,}..,})})})))))).))))}),),))))))))..)))))))))))))..,,.)))))))))).))))))))........,))))))....((((.{.(((((,(,....{((.(((((((.((.(((((.((.(((((((((.(((((((((((......(((((...((((.((......)).))).)...)))))..........)))))))(((((((...(((((({..(((((....)))))..(((((...{.......,...)))))........}))))))))))))){(((...))))))).))).)))))).)).)))))))))).)))))).},.....,),)))))...).)))))).))))))).)).))).)))))))..,))..)))))).{({.((({......)))).)))...,,,|,((.((((..((((....))))..)))).)).}.))))).))))))))....))))))).,,.)))))))(((((.(((.......)))))))),,,,,,..((...((((((.....))))))...})((((((.((.,,...,}.,)}.))))))})).))})))))))))))).))).).)))).)))))...))))))).)))))...)))))).{{.{((({{.....))))),.),.,)))))).)))))))})),((((,,{{{({,..,,||.|,..,,.))})))}...((((.(((((........)))))..))))..((((((((((..(({..{(((...((((((((((((.....(((.(((((((((.(((....))).))))))))))))(((((({.{....}}})))))),(((((((((((..{{({,...(((((((((.....(((....)))......))))))))).{({{{{{((.((((...)))).)){{.(((((....}}.))).),.)))..,)))),)),}..))))))))))))))))))).)))),.)))))).))))})})))).......))))).)))))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282944.2 NCBI
GGAGACGCAAGAUGGCGGCUGUGGUGCUGGCGGCGACGCGGUUGCUGCG… 1991 nt 0.5686
NM_001282946.2 NCBI
GGAGACGCAAGAUGGCGGCUGUGGUGCUGGCGGCGACGCGGUUGCUGCG… 2084 nt 0.5677
NM_015160.3 NCBI
GGAGACGCAAGAUGGCGGCUGUGGUGCUGGCGGCGACGCGGUUGCUGCG… 2086 nt 0.5676
Summary

The protein encoded by this gene is found in the mitochondrion, where it represents the alpha subunit of a proteolytic heterodimer. This heterodimer is responsible for cleaving the transit peptide from nuclear-encoded mitochondrial proteins. Defects in this gene are a cause of spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 2. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the PMPCA was downregulated in the ileum of methamphetamine-treated animals compared to saline-treated controls, identifying it as a differentially expressed gene associated with inflammatory bowel disease pathogenesis in this model [Sun et al. DOI:10.21037/Atm-20-7741].