Basic Information

Symbol
POGZ
RNA class
mRNA
Alias
Pogo Transposable Element Derived With ZNF Domain ZNF280E ZNF635 Pogo Transposable Element With ZNF Domain Zinc Finger Protein 280E KIAA0461 Putative Protein Product Of Nbla00003 Zinc Finger Protein 635 Suppressor Of Hairy Wing Homolog 5 ZNF635m MRD37 WHSUS SUHW5
Location (GRCh38)
1:151402724-151459494
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015100.4
Sequence length
6655.0 nt
GC content
0.4837

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2103.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2224.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1730.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001194937.2 NCBI
GUAUCCCUCCGCGGGGCGAGAGGGUCGGUGGGGGGAGUCGGCGUCUCUC… 6628 nt 0.4830
NM_001194938.2 NCBI
GUAUCCCUCCGCGGGGCGAGAGGGUCGGUGGGGGGAGUCGGCGUCUCUC… 6469 nt 0.4815
NM_001410860.1 NCBI
AGACUACCGGCGGCGACGACCACAGGAGGUGAGUGAGCGAGCGAGCCUU… 6452 nt 0.4766
NM_015100.4 NCBI
GUAUCCCUCCGCGGGGCGAGAGGGUCGGUGGGGGGAGUCGGCGUCUCUC… 6655 nt 0.4837
NM_145796.4 NCBI
GUAUCCCUCCGCGGGGCGAGAGGGUCGGUGGGGGGAGUCGGCGUCUCUC… 6370 nt 0.4832
NM_207171.2 NCBI
CAUGGCGGACACCGACCUGUUCAUGGAAUGUGAGGAGGAGGAGUUGGAG… 6163 nt 0.4701
Summary

The protein encoded by this gene appears to be a zinc finger protein containing a transposase domain at the C-terminus. This protein was found to interact with the transcription factor SP1 in a yeast two-hybrid system. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been observed. [provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

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