Basic Information

Symbol
POLR2K
RNA class
mRNA
Alias
RNA Polymerase II, I And III Subunit K RPB10alpha RPB12 DNA-Directed RNA Polymerases I, II, And III Subunit RPABC4 Polymerase (RNA) II (DNA Directed) Polypeptide K, 7.0kDa RNA Polymerases I, II, And III Subunit ABC4 DNA-Directed RNA Polymerase II Subunit K RNA Polymerase II 7.0 KDa Subunit RNA Polymerase II Subunit K ABC10-Alpha RPB7.0 DNA Directed RNA Polymerases I, II, And III 7.0 Kda Polypeptide Polymerase (RNA) II Subunit K HsRPB10a HRPB7.0 RPABC4
Location (GRCh38)
8:100150622-100154005
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005034.4
Sequence length
947.0 nt
GC content
0.3569

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-229.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -247.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 170.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((...((((((.....))))))(((..((((....((((((.......))))))(((((...((((.......(((((..((....))..)))))..))))...)))))..))))..)))....((((((((.....)).)))))).................)))))).(((((((..(((((..(((((((((((((((..(((...(((((.((((((....)))))).)))))(((((((((.(((...((((((...((((.((.((((............)))))).)))).)))))).))).....((((((((((..........)))((((((((((((((((((((((((((((.(.((((....((...))))))).)))))))......(((((((...............))))))).................(((.((((.(((((..(((((((...(((...(((((((((.................((.((((.((((((((((........)).)))))...))).)))).)))))))))))..........))).))))))))))))....)))).)))..(((((((................))))))).((((.....)))))))))))))))).))))))))).......))))))).(((((.(((((.(((((....))))).))))))))))))))))))))))...))))))))))..(((((....))))).......((((((((.(.(((((((((...(((......))).))))))))).).)))))))).........)))))..............((((((..(((((((..............)))))))))))))....)))))....)))))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,..(((((((({,,,{{{{||,,,,,)}}|}|{{{,.,{((,...((((((.......)))))|(((((...((((.,.....(((((..((....))..))))).,))))...))))),.}},..........((((((((.....)).)))))).............,,..}}},})}{((((((..(((((..(((((((((((((((..(({...(((((.((((((....)))))).)))))(((((((((.{{{...((((((...((((.((.((((............)))))).)))).)))))).}}}.....(((((((,{{..........},,((((((((((((((((((((((((((((.{.((((....{{...}})))),.))))))),.....{((((((...............))))))}.,..,.(({{{,{{{{{.|,.,....,||}},,||||||,.....,...(((((((((,..........,,...{({.((((.((((((((((........))}}))))...))).)))).}))))))))))........},,,,,}}}},,,|||,|,..{|||,.,.,..{{(((((,..,...,,,......})))}}}.,{{|},...}}}}}))))))))))).)))))))))...,},.))))))).(((((.(((((.(((((....))))).)))))))))})))))))))}}}...))))))))))..{((((....))))).......((((((((.(.(((((((((...(((......))).))))))))).).)))))))).........)))))..............((((((..(((((((..............)))))))))))))....)))))....))))))}.........,,.,,,...))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005034.4 NCBI
GGAAGUUGGUCUCGACACCUGGACUAGCCGGGUUGUAUUUGGAAACGCG… 947 nt 0.3569
Summary

This gene encodes one of the smallest subunits of RNA polymerase II, the polymerase responsible for synthesizing messenger RNA in eukaryotes. This subunit is shared by the other two DNA-directed RNA polymerases. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the POLR2K gene was upregulated as part of the metabolism of RNA pathway in the colon during septic shock [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].